31 марта 2018 года в Кембридже состоялась большая панихида по Хокингу. По словам его троих детей, она была «инклюзивной и традиционной, чтобы отразить широту и разносторонность его жизни», имея в виду открытый атеизм отца. В сопровождении сотен людей, выстроившихся вдоль улицы и аплодирующих, шесть носильщиков из колледжа Хокинга внесли его дубовый гроб в церковь Святой Марии. Он был украшен белыми лилиями и белыми розами, которые символизировали Вселенную и Полярную звезду. Церковный колокол прозвонил 76 раз – по одному разу за каждый год жизни Хокинга.

Церемонию провел пастор Кэлли Хэммонд, декан колледжа Хокинга Гонвилл-энд-Киз, хор которого исполнил хорал Beyond the Night Sky, написанный и впервые исполненный по случаю его 75-летия. На мероприятии присутствовало около 500 гостей, в том числе гитарист группы Queen и астрофизик Брайан Мэй, писатель Алан Беннетт и основатель космической компании SpaceX Илон Маск.

Эдди Редмэйн, сыгравший Хокинга в биографическом фильме 2014 года «Теория всего», за который он получил «Оскар», прочитал отрывок из Книги Екклесиаста «Всему свое время» (3:1-11), а королевский астроном Мартин Риз – из «Апологии Сократа» Платона (главу 40). Старший сын Хокинга Роберт произнес прощальную речь вместе с его бывшей ученицей Фэй Доукер. Во время похорон по просьбе и за счет Хокинга в церкви Уэсли была организована трапеза для нуждающихся, на которой присутствовало более 50 человек.

15 июня прах Хокинга был захоронен в Вестминстерском аббатстве в Лондоне. Урна находится в «Уголке ученых» между Исааком Ньютоном и Чарльзом Дарвином. Последним ученым, похороненным в Вестминстерском аббатстве до Хокинга, был Лауреат Нобелевской премии по физике 1940 года Джозеф Дж. Томсон, первооткрыватель электрона.

Чтобы дать публике шанс поучаствовать в церемонии прощания, семья Хокинга решила разыграть 1000 билетов. На участие подали заявки более 25 000 человек из 100 стран. Разрешалась любая дата рождения до 31 декабря 2038 года: шутка, достойная легендарного чувства юмора Хокинга – вдруг среди желающих окажутся и путешественники во времени из будущего. (28 июня 2009 года он организовал коктейльную вечеринку для таких путешественников во времени в Кембридже, приглашения на которую разослал в газеты лишь на следующий день – 29 июня, но никто не пришел, что он интерпретировал как аргумент против существования машин времени.) Неизвестно, однако, присутствовали ли гости из будущего на его похоронах.

Церемонию провел декан Вестминстера Джон Холл. Библейские чтения также прозвучали в исполнении дочери Хокинга Люси («Послание к римлянам» 12:9-21) и актера Бенедикта Камбербэтча, сыгравшего Хокинга в фильме ВВС 2004 года («Книга премудростей Соломона» 7:15-24). Астронавт Тим Пик прочитал отрывок из «Королевы Маб» Перси Биши Шелли (подобающий Хокингу: «В молчании своём красноречивом // Летела каждая сквозь глубину пространств»). Выступили также двое друзей Хокинга: Мартин Риз и лауреат Нобелевской премии по физике Кип Торн. Музыкальное сопровождение составили «Планеты» Густава Холта и «Полет валькирий» Рихарда Вагнера, произведения, которые Хокинг очень ценил при жизни.