Резкие перемены жизненного уклада вызывали недовольство не только в народе, но и среди представителей дворянства.
В 1686 году Петр учредил Преображенский приказ – орган политического сыска, который возглавлял жестокий, но верный Петру, князь-кесарь Федор Ромодановский. Вторым подобным органом стала Тайная канцелярия. В первые годы она существовала параллельно с Преображенским приказом. После смерти Петра была упразднена, но спустя несколько лет – восстановлена под названием Канцелярия тайных и розыскных дел.