Со смертью Фридриха папе оставалось только одолеть упорную несговорчивость римлян. После весьма длительных препирательств насчет избрания консулов стороны согласились на том, что избирать консулов будет по обычаю народ, но консулы смогут вступать в должность лишь после того, как дадут клятву послушания церкви. Этот договор принудил антипапу Иоанна бежать в Монте Альбано, где он вскоре и скончался.

К тому времени умер также Вильгельм, король Апулии, и папа вознамерился завладеть этим королевством, благо единственным наследником Вильгельма остался его побочный сын Танкред. Однако бароны не пожелали признать папу и потребовали, чтобы Танкред стал королем. Папский престол занимал тогда Целестин III. Желая вырвать королевство из рук Танкреда, он устроил так, что императором стал Генрих, сын Фридриха, и при этом обещал ему королевство Неаполитанское, с тем чтобы церкви были возвращены принадлежавшие ей владения. Дабы облегчить дело, он извлек из монастыря уже немолодую дочь Вильгельма Констанцию и выдал ее замуж за Генриха. Так основанное норманнами королевство Неаполитанское перешло от них к немцам. Император Генрих, приведя сперва в порядок дела в Германии, явился в Италию со своей супругой Констанцией и четырехлетним сыном Фридрихом и без особого труда завладел престолом, ибо Танкреда уже не было в живых, а после него оставался только грудной младенец по имени Рожер. Спустя некоторое время Генрих умер в Сицилии, и Неаполитанское королевство унаследовал Фридрих, а императором благодаря содействию папы Иннокентия III избран был Оттон, герцог Саксонский. Однако не успел Оттон венчаться императорской короной, как ко всеобщему удивлению он объявился врагом папы, занял своими войсками Романью и решил напасть на Неаполитанское королевство. За это папа отлучил его от церкви, так что все от него отшатнулись, и императором избрали Фридриха, короля Неаполитанского. Фридрих явился в Рим принять корону, однако папа отказался короновать его, опасаясь его могущества и надеясь изгнать его из Италии, как перед тем Оттона. Возмущенный Фридрих двинулся в Германию и, успешно воюя против Оттона, победил его. Пока все это совершалось, Иннокентий скончался. Он прославился многими блистательными делами и, кроме всего прочего, учредил в Риме госпиталь Святого духа.

Преемником его стал Гонорий III, при коем основан был орден святого Доминика, а также в 1218 году орден святого Франциска. Этот папа короновал Фридриха, которому Иоанн, потомок Балдуина, короля Иерусалимского, еще пребывавший в Азии с остатками христиан, дал в жены одну из своих дочерей. В числе приданого оказался титул короля Иерусалимского. Вот почему все короли неаполитанские именуются с тех пор также иерусалимскими.