Через девять лет после возобновления обители, в день Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, выпускник Московской Духовной Семинарии Сергий Смирнов поступил на послушание в Святогорскую Успенскую пустынь. Спустя полгода, в марте 1854 года, указом Харьковской духовной консистории, по сношении с московским епархиальным начальством и по представлению настоятеля, он был определен в число послушников обители. Как человеку грамотному и имевшему духовное образование, ему было дано послушание помощника письмоводителя. Архимандрит Арсений, отмечая ревность молодого послушника к исполнению возложенных на него обязанностей, писал, что он «поведения весьма хорошего и к послушанию способен и усерден».
С момента поступления в обитель молодой послушник Сергий Смирнов находился в духовном общении с глинскими подвижниками, перешедшими на жительство в Святогорскую пустынь, и обучался у них молитвенному деланию, послушанию и смирению.
1 сентября 1855 года после прохождения двухлетнего искуса он подал настоятелю обители архимандриту Арсению прошение о постриге: «Находясь во вверенной Вам Пустыни с 1853 года в числе послушников и проходя возлагаемые на меня послушания с любовию и усердием, я вместе с тем готовил себя к подвигам иноческой жизни; ныне, при Божией помощи, возымел усердное желание принять монашество, если Господу угодно будет и начальство меня того удостоит.
Почему осмеливаюсь всепокорнейше просить Ваше высокопреподобие: благоволите употребить Ваше ходатайство где следует о удостоении меня монашеского сана».
Видя его ревность в исполнении послушания и твердое намерение принять монашество, настоятель Святогорской пустыни архимандрит Арсений ходатайствовал о его постриге в представлении епископу Харьковскому и Ахтырскому Филарету: «Вверенной мне Пустыни указные послушники: 1-й Сергий Смирнов, 2-й Алексей Горденин, 3-й Иван Яковлев, 4-й Петр Овсянников, 5-й Авксентий Котляревский, 6-й Авраам Зуев, 7-й Платон Герасименко, 8-й Иван Беспалый, 9-й Авксентий Некрылов и 10-й Иван Алексенко – подали мне прошения, коими изъявляют решительное свое желание принять монашеский сан, с тем вместе и просят меня исходатайствовать им сей сан у высшего начальства.
Почему, представляя сих лиц на архипастырское благоусмотрение и милость Вашего Преосвященства, всеуниженнейше прошу вместе с братиею: благоволите удовлетворить сих лиц по их прошению, Причем необходимостию считаю донести Вашему Преосвященству, что по заведываемой мною обители в настоящее время мантийных монашеских вакансий имеется четыре».
Спустя два месяца последовал указ Святейшего Синода о дозволении постричь в монашество послушников Святогорской Успенской пустыни Сергия Смирнова, Алексея Горденина, Ивана Яковлева и Петра Овсянникова.
2 марта 1856 года послушник Сергий Смирнов был пострижен в мантию с именем Софроний, что в переводе с греческого означает «здравомыслящий», во имя святителя Софрония Иерусалимского.
14 августа 1857 года монах Софроний был рукоположен во иеродиакона епископом Харьковским и Ахтырским Филаретом (Гумилевским), Определенное ему послушание письмоводителя выполнял ревностно, архимандрит Арсений отмечал, что он «поведения прекрасного, в послушаниях весьма исправен и проходит с усердием и ко мне почтителен».
В декабре 1857 года произошло событие, оставившее в душе отца Софрония глубокий след. Направляясь после епископской хиротонии из Санкт-Петербурга на Ставропольскую кафедру, Святогорскую пустынь посетил святитель Игнатий (Брянчанинов). Спустя сорок лет в письме к настоятелю Николо-Бабаевского монастыря он с благоговением вспоминал, что «сподобился лицезреть епископа Игнатия во время его проезда… по хиротонии».
16 августа 1861 года иеродиакон Софроний был рукоположен во иеромонаха архиепископом Макарием (Булгаковым), преемником Владыки Филарета (Гумилевского) на Харьковской кафедре, и приступил к исполнению чред служения. С годами не ослабела ревность отца Софрония к выполнению послушаний, архимандрит Герман отмечал, что он «поведения очень хорошего и способен».
Архиепископ Филарет (Гумилевский). Середина XIX в.
Митрополит Макарий (Булгаков). Вторая половина XIX в.
Отец Софроний находился в духовном общении со всеми современными ему святогорскими подвижниками, Особенно сблизился он с преподобным Иоанном (Крюковым). По свидетельству А. Ф. Ковалевского, составителя жизнеописания затворника, наряду с другими источниками, «материалами для него послужили устные рассказы самого затворника о себе, своей мирской и монашеской жизни до поступления в затвор, записанные со слов его одним из близких к нему святогорских иноков – иеромонахом Софронием».
Святогорская Успенская пустынь. Вход в келью преподобного Иоанна Затворника. Конец ХХ в.
Господь сподобил отца Софрония присутствовать при блаженной кончине подвижника. «Литургию 11 августа совершал в больничной церкви иеромонах Софроний, пользовавшийся доверенностью и расположением затворника… После литургии иеромонах Софроний зашел в келлию затворника… „Не было ли вам, отец Иоанн, какого извещения, когда вы скончаетесь?“ – спросил он… „Сегодня“, – утвердительно отвечал затворник…
‹…› Часы проходили, настал полдень, наконец день стал клониться к вечеру… Отец Софроний, оставшийся в больнице, ожидал его кончины.
‹…› В 5 часов 30 минут пополудни затворник начал видимо тяжело дышать… Устремив потухающий взор свой на икону Спасителя и с молитвою на устах, испустил последний вздох, предав в руце Его свою святую душу… Лик почившего светился оттенком радости и покоя».
Духовная закваска, полученная отцом Софронием в Святогорской пустыни, принесла обильные плоды в последующие годы его служения.
Видя в отце Софронии монаха высокой духовной жизни, способного к управлению братией и принимая во внимание его безупречное двадцатилетнее служение в священном сане, архимандрит Герман, как благочинный монастырей Харьковской епархии, рекомендовал его в 1881 году к назначению на должность настоятеля Свято-Димитриевского Ряснянского монастыря, расположенного в окрестностях села Рясного Ахтырского уезда Харьковской губернии.