После разорения пустыни на поляне осталась только могила отца Софрония, на кресте была его фотография в полный рост. Почитатели отца Софрония всегда ходили к нему на могилку, несмотря на преследования со стороны властей. На могилке верующие встречались, общались между собой, там же встречались и сестры. В 1950-е годы были и крестные ходы с иконами и крестами, их разгоняла милиция, а некоторых людей арестовывали.
Жительницы села Никольского на могиле старца Софрония. 1970-е гг.
В 1960-х годах в лесу, где находится могила старца, случился пожар. Во время тушения пожара начальник чернухинского отделения милиции приказал снести бульдозером могилу и распахать землю в этом месте. Вскоре после этого он погиб, попав под поезд. Бульдозерист, исполнивший приказ, упал с моста вместе с трактором в реку и также погиб. А огонь тогда, при пожаре, лишь дошел до Софрониевой поляны – развернулся и ушел обратно.
В 1992 году по благословению митрополита Нижегородского и Арзамасского Николая началось восстановление Софрониевой пустыни. Руководство этими работами было возложено митрополитом Николаем на иеродиакона Владимира (Комендантова). Большую помощь в восстановлении пустыни оказали: А, Н. Захаров, глава администрации Арзамасского района, П. А. Коннов, директор колледжа № 68 города Арзамаса, Г. В. Бадин, директор ОАО «Арзамасэлектросети», Ю. Н. Попов, главный врач Чернухинской больницы, В. Н. Чиж, в бытность генеральным директором ОАО «Арзамасдорремстрой», и многие другие. Продолжают помогать пустыни в ее нуждах мэр Арзамаса А. Н. Мигунов, генеральный директор ОАО «Арзамасагропромстрой» Ф. М. Голышев, заместитель директора арзамасского филиала ОАО «Волга-Телеком» Н. М. Голышев, директор Арзамасского лесхоза А. Н. Лукьянов и другие. На средства благотворителей был построен храм, келейный корпус, сооружена сень над источником, устроена купальня, возведены различные хозяйственные постройки.
Ныне исполнилось еще одно пророчество старца Софрония о том, что монашеская жизнь на месте его подвигов возобновится. В настоящее время в Софрониевой пустыни по благословению епископа Нижегородского и Арзамасского Георгия подвизается многоопытный пастырь протоиерей Владимир Цветков с двадцатью послушницами, среди которых две инокини. Сестры совершают установленное молитвенное правило, читают неусыпаемую Псалтирь. В воскресные и праздничные дни в домовом храме совершается Божественная литургия. Во все дни, когда это разрешено церковным уставом, на могиле старца Софрония служатся панихиды. По завету старца Софрония в пустыни нет электричества, поэтому сестры живут по афонскому времени.
Протоиерей Владимир Цветков с насельницами Софрониевой пустыни. 2003 г.
Сестры выполняют различные послушания: ухаживают за коровами, лошадью и курами, летом выращивают овощи на подворье в селе Ковакса Арзамасского района, что в десяти километрах от пустыни. Возрождая традиции, существовавшие в пустыни при жизни старца Софрония, две сестры занимаются иконописью. Две сестры выполняют золотошвейное послушание: к празднику Успения Пресвятой Богородицы ими была вышита великолепная плащаница, одна из сестер переводит с греческого языка древние патерики.
16 марта 2003 года, в праздник Торжества Православия, Софрониеву пустынь посетил епископ Нижегородский и Арзамасский Георгий в сопровождении благочинного монастырей архимандрита Кирилла (Покровского), секретаря епархии протоиерея Николая Быкова, благочинного Арзамасского округа иерея Сергия Жулина, игумении Серафимо-Дивеевского монастыря Сергии (Конковой), а также мэра Арзамаса А. Н. Мигунова, главы администрации Арзамасского района А. Н. Захарова и других попечителей пустыни. Была отслужена панихида на могиле старца Софрония, после чего Владыка с гостями осмотрел пустынь. Владыка обратился с приветственным словом к протоиерею Владимиру Цветкову с сестрами, пожелал помощи Божией и Царицы Небесной в их трудах и благословил иконками преподобного Сергия Радонежского. Игумения Сергия преподнесла сестрам иконки преподобного Серафима Саровского и подарки от Серафимо-Дивеевского монастыря. За трапезой в келейном корпусе шла речь о перспективах развития Софрониевой пустыни. В настоящее время в пустыни по благословению епископа Георгия ведется строительство храма в честь Иверской иконы Божией Матери. В планах – строительство второго келейного корпуса, часовни над источником старца Софрония и купальни, гостиницы для паломников, скотного двора и других хозяйственных построек, В осуществлении этих планов отцу Владимиру с сестрами помогают предприниматели из Санкт-Петербурга. Активное участие в восстановлении пустыни принимает группа студентов Арзамасского государственного педагогического института.
Отец Софроний говорил: «Кто меня будет поминать, за тех и я буду молиться». Чудотворная сила его молитв проявляется и в наши дни. Около десяти лет назад священник церкви Смоленской иконы Божией Матери в селе Выездном отец Алексий ехал с рабочими на лошади в восстанавливавшуюся пустынь. Стоял ноябрь, глубокие колеи на дороге, всегда заполненные водой, подмерзли, их припорошило снегом, но под лошадью лед проваливался. Лошадь боялась наступать на лед и не хотела идти дальше, тогда один из рабочих взял её под уздцы и повел, В это время возница сильно стегнул лошадь, она рванулась, упряжью сдавила руку рабочего и протащила его на некоторое расстояние в таком положении. Получив травму, рабочий не хотел ехать дальше, но отцу Алексию все же удалось убедить его не возвращаться назад. Когда добрались до пустыньки, рука рабочего сильно опухла, посинела и «остекленела». После молитвы у могилы старца рабочий положил на нее свою больную руку и почувствовал, что боль, к его несказанному удивлению, тут же прекратилась.
После этого в течение трех дней бригада рубила сруб. Намокшее дерево было на редкость твердым, приходилось прикладывать большую физическую силу. Рабочий тот трудился вместе со всеми, не чувствуя боли.
До сего дня память преподобного Софрония почитается народом Божиим. По установившейся традиции 24 марта – день тезоименитства старца – особо отмечается жителями села Никольского. На эти торжества собираются многочисленные паломники, духовенство и миряне, служатся панихиды по старцу Софронию, в доме Клавдии Ивановны Коклиной накрываются поминальные столы.
Почитание старца Софрония как великого угодника Божия не прекращалось со времени его блаженной кончины и распространилось далеко за пределы Нижегородской епархии. И ныне не зарастает народная тропа к его могиле и чудотворному источнику в основанной им пустыньке. Преодолевая немалые трудности пути, в Софрониеву пустынь приходят паломники не только из окрестных сел, но и из Нижнего Новгорода, Москвы, Санкт-Петербурга и по молитвам святого старца получают благодатную помощь. Духовные почитатели старца с благоговением ожидают его прославления в лике святых как преподобного Софрония Святогорского и Арзамасского. И это будет воистину обретением для Святых Гор и для города Арзамаса нового небесного заступника и покровителя.
Епископ Нижегородский и Арзамасский Георгий (Данилов) совершает литию на могиле старца Софрония. 16 марта 2003 г.