Вскоре после расстрела протоиерея Иоанна Восторгова в Петербурге оплакивали другого маститого пастыря – протоиерея Алексия Ставровского, почти 90-летнего старца. После убийства Урицкого он был арестован как заложник. Из Петербурга его вместе с другими перевели в Кронштадт, а там арестованных вывели на плац, выстроили и объявили: «Каждый десятый будет расстрелян в возмездие за Урицкого, а остальных отпустят!» Рядом со старцем стоял совсем юный священник, на которого выпал страшный жребий. Тогда отец Алексий сказал ему: «Я уже стар, мне недолго осталось жить, в жизни я получил все, что было можно. Жена моя старуха, дети мои все на ногах. Иди себе с Богом, а я стану на твое место!» Он был расстрелян, а останки его брошены в воды Финского залива. Спасенного священника скоро снова задержали и убили.
Протоиерей Философ Николаевич Орнатский родился 21 мая 1860 года в Череповецком уезде Новгородской губернии в семье сельского священника.
Первое образование Философ Николаевич получил в Новгородской Духовной семинарии, а затем поступил в Санкт-Петербургскую Духовную Академию, которую блестяще закончил в 1885 году.
После окончания Академии Философ Николаевич женился и вскоре был рукоположен во диакона (26 июля 1885 года) и во иерея (28 июля 1885 года).
Незаурядные способности отца Философа, пламенного проповедника и талантливого организатора, стали привлекать к нему все большее внимание как верующего народа, так и начальствующих – церковных и городских властей. 90-е годы были временем необычайного подъема церковных культурно-просветительского, миссионерского и благотворительного движений. Церковь стремилась активнее участвовать в решении насущных вопросов общественной жизни, и отец Философ сразу же оказался в самом центре этой работы.
Широкую известность не только в столице, но и во всей России приобрело Общество религиозно-нравственного просвещения в духе Православной Церкви, председателем которого отец Философ являлся в течение 25 лет, начиная с 1892 года. Общество было создано с целью противостоять надвигающимся на Россию анархии, безбожию и инославным религиозным течениям. Члены Общества вели большую духовно-просветительскую работу, особенно на рабочих окраинах Петербурга. Их стараниями в столице и окрестностях было возведено 8 церквей, при которых были созданы различные просветительские учреждения – воскресные школы, православные содружества молодежи, общества трезвости, народные церковные хоры и другие. Самым крупным из них стал храм в честь Воскресения Христова у Варшавского вокзала, служивший центром Александре-Невского общества трезвости.
Вторым важнейшим поприщем отца Философа являлось участие в работе Петербургской Городской Думы. В апреле 1893 года он был избран в Думу гласным от петербургского духовенства и ревностно исполнял свои депутатские обязанности вплоть до 1917 года.
Усердные труды отца Философа Орнатского на благо Церкви и ближних были отмечены, и 14 ноября 1898 года он был удостоен сана протоиерея.
В течение многих лет отец Философ был редактором журнала «Санкт-Петербургский Духовный Вестник» и цензором столичных журналов «Отдых христианина» и «Воскресный благовест».
Немалых сил, времени и стараний требовали от отца Философа и его семейные обязанности. У супругов Философа и Елены Николаевны Орнатских было десять детей, и все они выросли верующими, благочестивыми людьми. Родители служили для них живым примером исполнения заповедей Евангелия. В 1914 году, с началом Первой мировой войны, Орнатские передали свою обширную квартиру на Невском проспекте под лазарет для раненых защитников Отечества, а сами переехали в небольшое казенное жилище на Казанской улице.
В течение 20 лет отец Философ являлся духовным сыном святого праведного Иоанна Кронштадтского, и это оказало сильное влияние на духовное становление молодого петербургского пастыря. Будучи убежденным сторонником прославления преподобного Серафима Саровского, он принимал самое деятельное участие в подготовке и проведении Саровских торжеств.
Христова любовь и многолетняя дружба связывали отца Философа с будущим Святейшим Патриархом Тихоном (в то время архиепископом Ярославским и Ростовским). Владыка Тихон любил служить в Троицком храме Общества религиозно-нравственного просвещения на Стремянной улице и высоко ценил духовно-нравственные качества и организаторский талант петербургского пастыря.
За свои неустанные труды на пользу Православной Церкви отец Философ неоднократно представлялся к высоким наградам от Государя Императора Николая II и Святейшего Синода, а 10 октября 1913 года распоряжением митрополита Владимира (Богоявленского), будущего священномученика Киевского, с Высочайшего Его Императорского Величества соизволения, протоиерей Философ Николаевич Орнатский был назначен настоятелем Казанского собора Петрограда.
Отец Философ Орнатский принимал деятельное участие в работе Всероссийского Поместного Собора 1917–1918 годов и был одним из ближайших сподвижников будущего священномученика Вениамина (Казанского), митрополита Петроградского и Гдовского. После октябрьского мятежа 1917 года отец Философ решительно выступил против насилия и антицерковной политики большевиков и вместе с владыкой Вениамином был в числе наиболее активных организаторов многотысячных крестных ходов в защиту Православной Церкви.
Не страшась ни угроз, ни шальной пули, выходил отец Философ на улицы мятежного Петрограда, чтобы нести слово о мире и Христовой любви сбитым с толку, запуганным, ошалелым от крови и вседозволенности толпам революционных матросов, солдат, горожан. 19 января 1918 года во время вооруженной попытки захвата Александро-Невской Лавры у него на руках скончался протоиерей Петр Скипетров, смертельно раненный святотатцами.
Уже в этот день отец Философ зачитал с амвона Казанского собора воззвание Святейшего Патриарха Тихона, в котором Первосвятитель Церкви обличал врагов правды Христовой и предавал их анафеме. После выхода декрета об отделении Церкви от государства отец Философ часто выступал против отмены большевиками преподавания в школах Закона Божия и призывал верующих всеми силами защищать православные святыни от поругания. А 24 января 1918 года, выступая на очередном пленарном заседании Поместного Собора в Москве, протоиерей Философ Орнатский произнес знаменательные слова, как бы предвещая ими свою скорую мученическую кончину: «Пора сказать, что разбойники взяли власть и управляют нами. Мы терпели, но терпеть далее невозможно, потому что затронуто Святое Святых русской души – Святая Церковь… На сознательное мученичество идти не следует, но, если нам нужно пострадать и даже умереть за правду, – это надо будет сделать».
Бесстрашие батюшки не могло не вызвать лютой ненависти у новых властей, и в августе 1918 года вместе с двумя сыновьями он был арестован чекистами, а затем расстрелян. Точная дата и место мученической кончины отца Философа Николаевича Орнатского, его сыновей Николая и Бориса и иже с ними убиенных 30 мучеников неизвестны. Предположительная дата расстрела – 5 сентября 1918 года, место казни – неподалеку от Финского залива, между Аигово и Ораниенбаумом.
Во Святом Крещении будущий новомученик был наречен Философом в честь святого мученика Философа Александрийского и подобно своему небесному покровителю удостоился от Господа первохристианского мученического венца.