Святитель Иннокентий родился 26 августа 1797 года в глухом селе Ангинском Иркутской губернии, в бедной семье пономаря местного храма и при крещении был наречен Иоанном. Скромность происхождения и неприметность места рождения не предвещали мальчику ни высокого положения в обществе, ни славы, которыми Господь удостоил его впоследствии за подвижническую жизнь. На шестом году жизни он лишился отца и познал горечь сиротства. В 1806 году девятилетний отрок Иоанн был определен в Духовную семинарию города Иркутска. Знаменательно, что незадолго до его приезда в Иркутск, в 1806 году, в Вознесенском монастыре этого города совершилось обретение мощей святителя Иннокентия Иркутского, имя и апостольское служение которого суждено было воспринять будущему просветителю Америки и Сибири.
На протяжении одиннадцати лет обучения в Иркутской Семинарии юный Иоанн проявил блестящие способности в усвоении глубоких основ богословия, риторики, филологии, позволившие ему позднее достичь поистине выдающихся успехов в своей просветительской деятельности.
В семинарский период жизни у будущего святителя проявились такие христианские добродетели, как смирение, безыскусная доброта и исключительное трудолюбие. Его необыкновенные успехи и примерное поведение побудили ректора семинарии в 1814 году присвоить ему фамилию «Вениаминов», в память скончавшегося в том году епископа Иркутского Вениамина (Бакгрянского), глубоко почитаемого паствой.
В 1817 году Иоанн Вениаминов окончил семинарию и в том же году принял сан диакона, а в мае 1821 года был рукоположен во пресвитера в Иркутском Благовещенском храме, где проходили первые годы его пастырского служения. С первых лет своего священства отец Иоанн заслужил всеобщее расположение и любовь прихожан «за небывалое в Иркутске пастырское дело», частью которого были его воскресные беседы с детьми по изъяснению Святого Евангелия.
Иркутский период жизни оставил неизгладимый след в памяти Святителя. Впоследствии, совершая свое архипастырское служение, он никогда не забывал о своем церковном служении, проведенном на любимой родине.
Однако избраннику Божию было суждено совершить свое просветительское служение на поприще апостольских трудов в отдаленнейших землях, и прежде всего в Русской Америке, где он продолжил миссию, начатую в 1794 году иноками нескольких северных русских обителей на острове Ко дьяк Алеутского архипелага. В 1822 году Святейший Правительствующий Синод вынес решение о направлении из Иркутска священнослужителя-миссионера на Алеутские острова. Движимый апостольской ревностью, отец Иоанн Вениаминов явился к Преосвященному Михаилу (Бурдукову), епископу Иркутскому, и заявил о готовности принять на себя это служение. Уже в мае 1823 года 26-летний миссионер со всей семьей отправился в необычайно трудный и опасный по тому времени путь. В июне следующего года путешественники прибыли на главный остров Алеутского архипелага Уналашку. Первой заботой отца Иоанна было изучение языка местных жителей и возведение храма Вознесения Господня, который он строил своими руками вместе с островитянами, обучая их одновременно различным ремеслам. Возведенный храм был освящен им в июле 1826 года и стал центром христианского просвещения для алеутов Уналашки и окружающих островов. Подвергаясь опасностям и лишениям, пастырь на утлых челноках переплывал с острова на остров и распространял проповедь Слова Божия среди местных жителей. Ревностный миссионер сумел быстро освоить шесть наречий местных племен и для более распространенного алеутско-Лисовского языка составил азбуку из славянских букв и грамматику и перевел на него Евангелие от Матфея, катехизис и наиболее употребительные молитвы и церковные песнопения. Им был создан на алеутском языке краткий курс православной догматики и нравственности «Указание пути в Царство Небесное», написанный просто и доступно.
Отец Иоанн Вениаминов организовывал училища, в которых обучались грамоте до 600 мальчиков, построил больницу и сиротский дом, боролся с распространенными среди местных жителей пьянством и полигамией и почти полностью изжил эти пороки. После десяти лет пребывания отца Иоанна на острове Уналашка все жители архипелага были им крещены. С благословения епископа Иркутского Михаила в 1829 году он совершил путешествие на американский материк в Нушегак и здесь проповедовал Слово Божие жителям побережья Берингова моря и крестил уверовавших.
В 1834 году отец Иоанн был переведен на остров Ситка в город Новоархангельск – центр русских владений в Северной Америке, где стал служить в соборном храме во имя Архангела Михаила. На протяжении четырех лет пребывания на этом острове он привел в спасительную ограду Церкви Христовой множество язычников из местного народа индейцев-колошей, которых до прибытия Иоанна Вениаминова никто не стремился приобщить к вере Христовой из-за сильной приверженности к язычеству и жестокости.
Несмотря на все трудности миссионерского дела, великий просветитель на всем протяжении своего 14-летнего пребывания в Русской Америке находил силы и время для фундаментального изучения быта, культуры, языков, обычаев местного населения, климата, флоры и фауны и оставил капитальные научные труды в области этнографии, географии и лингвистики, за что позднее был избран почетным членом Российского географического общества и почетным членом Московского императорского университета.
Острая необходимость обратить внимание Святейшего Правительствующего Синода на неотложные нужды миссионерской и приходской деятельности в Русской Америке побудила отца Иоанна Вениаминова предпринять поездку в Санкт-Петербург, куда он прибыл в июне 1839 года и встретил живое участие со стороны членов Синода, которых ему удается убедить принять решение об учреждении постоянной Духовной Миссии в северной части американского континента. За миссионерские заслуги перед Русской Православной Церковью святителем Филаретом (Дроздовым), митрополитом Московским, он был возведен в сан протоиерея.
В Санкт-Петербурге в ноябре 1840 года отец Иоанн получает горькое известие о кончине в Иркутске его супруги Екатерины Ивановны.
Совершив паломничество в Троице-Сергиеву Лавру и к святыням Киева, по совету святителя Московского Филарета, протоиерей Иоанн 29 ноября принял монашество с именем Иннокентий в честь святителя Иннокентия Иркутского и на следующий день был возведен в сан архимандрита.
В декабре 1840 года Святейшим Правительствующим Синодом учреждается новая епархия: Камчатско-Курильская и Алеутская с центром в городе Новоархангельске. Первым архипастырем новообразованной епархии становится Преосвященный епископ Иннокентий (Вениаминов), хиротония которого была совершена 15 декабря 1840 года в Казанском соборе Санкт-Петербурга. Одиннадцать лет кафедра епископа Иннокентия находится в Новоархангельске. В это время ярко проявляется его архипастырский талант. Преосвященный предпринимает множество трудных путешествий по Камчатке и Восточной Сибири, окормляя свою паству, заботится о подготовке клира из местных жителей Аляски и Сибири, об устройстве новых духовных миссий. Отеческой добротой располагая к себе коряков, чукчей и тунгусов, он успешно распространяет среди них Слово Божие. Везде, где Преосвященный епископ Иннокентий осуществлял свое святительское служение, Православие неуклонно росло и крепло.
В апреле 1850 года владыка Иннокентий возводится в сан архиепископа, через два года к его епархии присоединяется обширная Якутская область. В сентябре 1853 года он прибывает в город Якутск, переводит книги Священного Писания на якутский и тунгусский языки, созидает храмы Божии, благоустраивает приходы, занимается призрением сирот. В апреле 1859 года в Троицком соборе города Якутска начинают совершаться богослужения на якутском языке.
По кончине святителя Московского Филарета, 5 января 1868 года Преосвященный Иннокентий был назначен на кафедру митрополита Московского и Коломенского и занимал ее одиннадцать лет.
Вскоре по назначении на кафедру древней Российской столицы митрополит Иннокентий учреждает Православное миссионерское общество и девять лет руководит им. «Господу угодно, – писал он, – чтобы и здесь, в центре России, в летах преклонных, я не оставался чуждым миссионерской деятельности, которой по воле Промысла Божия в отдаленных окраинах Отечества посвящена была моя жизнь с ранней молодости». Усилиями святителя Иннокентия миссионерская деятельность Русской Православной Церкви значительно расширилась – церковный народ научился почитать своей святой обязанностью воспомоществование делу распространения и утверждения православной веры среди язычников.
На древней Московской кафедре митрополит Иннокентий проявлял глубокую архипастырскую мудрость и знание жизни. Святитель принимал близко к сердцу нужды московского духовенства и стремился их облегчить. Он заботился о благоустройстве духовных учебных заведений своей епархии, открыл училище иконописи и других искусств для бедных детей и сирот, преобразовал епархиальное Филаретовское училище в учебное заведение для дочерей клириков, преимущественно не получающих никаких пенсий и пособий, основал обширную Островскую богадельню, учредил пособия заштатному духовенству, их вдовам и сиротам.
Будучи священноархимандритом Троице-Сергиевой Лавры, митрополит Иннокентий много сил отдал благоустройству обители, обеспечил развитие ее благотворительного служения. По благословению святителя началось издание «Троицких листков», получивших широкую известность в верующем народе. В Святейшем Синоде он поднимал вопросы духовного совершенствования монашеской жизни в обителях. В Московской Духовной Академии устроил храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В течение всей архипастырской деятельности святитель вызывал любовь духовенства и паствы своей добротой, доступностью, простотой в обращении.
Не оставлял великий просветитель и забот о Русской Православной Церкви в Северной Америке. По его инициативе Святейший Синод определил город Сан-Франциско местом для архиерейской кафедры.
Почувствовав приближение своей кончины, святитель Иннокентий 27 марта 1879 года, в Великий Вторник, попросил совершить над ним Таинство Елеосвящения. 29 марта, в Великий Четверг, он приобщился Святых Таин. 31 марта, в Великую Субботу, в 2 ч. 45 мин. равноапостольный святитель почил о Господе.
5 апреля 1879 года приснопамятный митрополит Московский и Коломенский Иннокентий был погребен в Троице-Сергиевой Лавре.
Апостольская проповедь святителя Иннокентия распространялась на огромную территорию, охватывавшую Аляску и Чукотку, Алеутские, Командорские и Курильские острова, Восточную Сибирь, Амурский край, Камчатку и Дальний Восток. Святитель Иннокентий просвещал светом Христовой веры алеутов, колошей, курильцев, эскимосов, кенайцев, чугачей, камчадалов, олюторцев, негидальцев, монголов, самогирцев, гольдов, гиляков, коряков, тунгусов, чукчей, якутов и китайцев.
6 октября 1977 года Священный Синод определил: приснопамятного митрополита Иннокентия, святителя Московского, апостола Америки и Сибири, признать в лике святых, благодатью Божиею прославленных.
13 октября 1994 года, в канун праздника Покрова Пресвятой Богородицы, в Троице-Сергиевой Лавре совершилось торжественное обретение честных мощей святителя Иннокентия.