В 1492 году евреям, бежавшим от испанской инквизиции, было позволено поселиться в Португалии в обмен на финансирование восьми крестовых походов. Евреи играли заметную роль в торговле и промышленности расширяющейся Португальской империи. Но когда в 1497 году португальский король Мануэль I женился на дочери короля Испании, невеста настояла на том, чтобы евреи, и португальские, и высланные из Испании, покинули Португалию либо крестились и перешли в католичество. На принятие решения им дали десять месяцев. Однако спустя всего три месяца король Мануэль отдал приказ собрать всех евреев в портах. Они решили, что их выставят из страны, но вместо этого им сообщили, что евреям запрещено покидать Португалию. У них отняли детей, и всем евреям приказали перейти в христианство. Отказавшихся убивали или крестили насильно. Эти новообращенные и их потомки стали называться Новыми христианами или марранами, что означало «свиньи».

Король Жоао III (1521–57) в 1536 году позволил Великой инквизиции католической церкви утвердиться в Португалии, однако в первые три года допускался только сбор информации об еретиках и христианах-отступниках, никаких действий. Особой мишенью Инквизиции стали общины марранов — внешне христианские, но, как подозревалось, тайно практикующие иудаизм. Однако король не позволял Инквизиции развернуться в полную силу — он нуждался в Новых христианах, их ремёслах и торговых связях. В Инквизиции нарастало недовольство.

Потом, в 1539 году, на всех церквях Лиссабона появились сообщения, объявляющие, что Иисус не был Мессией. Арестовали молодого маррана Мануэль да Коста, который после пыток сознался, что несёт за это ответственность. Да Косту казнили, шокированный народ, подстрекаемый священниками, потребовал, чтобы Португалию очистили от еретиков. И король, наконец, даровал Инквизиции позволение забирать марранов, мусульман и лютеран, к коим относили любого, у кого найдут Библию, переведенную на португальский. Любой новообращённый христианин, заподозренный, что втайне вернулся к прежней иудейской или мусульманской вере, считался еретиком и мог быть арестован, подвергнут пыткам и казнён. Так началась эпоха террора инквизиции.

Возможно, читателям интересно, что стало с маленьким королём Себастьяном, королём-ребёнком из этого романа. В 1578 году, в возрасте двадцати четырёх лет, он сел на корабль и отправился на войну, помочь низложенному правителю Марокко, Абу Абдалле Мухаммеду II Саади разгромить его дядю, которого поддерживали турки. Португальцы потеряли несколько торговых факторий в Марокко, которые имели важное значение на пути в Индию. В сражении при Эль-Ксар-Кебире — битве трёх королей — Себастьяна последний раз видели прорывающим линию обороны врага, предполагается, что он был убит.

После него королём стал двоюродный дед, кардинал Генри, царствовавший до самой своей смерти в 1580 году, потом португальский трон занял дядя Себастьяна, Филипп II Испанский. Хотя позже Филипп заявил, что вернул тело Себастьяна и захоронил в монастыре в Белеме, продолжали ходить слухи, что Себастьян выжил в той битве и его взяли в плен с целью выкупа, и что настанет день, когда он вернётся и потребует обратно свой трон.

В течение многих лет появлялись люди, выдававшие себя за Себастьяна, утверждая, что он, а не Филипп — законный король Португалии. Последнего из самозванцев повесили в 1619 году. Но слухи продолжали жить, и спустя столетия родилась легенда, что подобно английскому королю Артуру, Себастьян просто спит и когда-нибудь вернётся как O Encoberto, или «погребённый», чтобы помочь стране в серьёзной опасности. Вера в возвращение Себастьяна поддерживалась до девятнадцатого столетия.