Иван Папанин вспоминал: «Самую большую опасность для нашего судоходства представляли подводные лодки противника, а к ней в 1942 году добавилась еще и минная угроза. Командование Северного флота обратило особое внимание на организацию противолодочной и противоминной обороны, но средств для этого явно не хватало. Как отмечает военный историк Б. А. Вайнер, „за кампанию 1942 года надводные корабли обнаружили 32 подводные лодки противника, наши лодки — 25, самолеты — 15, причем атакованы были 34 лодки, из них 7 потоплены. Но все же результаты были еще недостаточными и далеко не соответствовали масштабам подводной угрозы: береговыми пунктами радиоразведки в 1942 г. подводные лодки обнаруживались 684 раза“».

Не только военные корабли и союзные конвои были объектом атак немецких подводных лодок. В. В. Дремлюг с корабля «Мурманец» 16 июля 1942 года оказался очевидцем нападения на полярную станцию в заливе Малые Кармакулы на западном побережье Новой Земли. «Около двух часов ночи, когда мы со вторым помощником капитана находились в штурманской рубке, раздались частые орудийные выстрелы. Выскочили на мостик и увидели сквозь туман подводную лодку, которая обстреливала гидросамолеты и здание полярной станции. Быстро оценил создавшуюся обстановку появившийся на мостике капитан П. И. Котцов. Он отдал приказ начать обстрел из пулеметов артиллеристов, суетившихся у орудия на палубе немецкой подлодки. Несколько удачных очередей из наших крупнокалиберных пулеметов заставили подлодку погрузиться и покинуть Малые Кармакулы. Позже из архивных документов стало известно, что это была немецкая субмарина U-601».

Через два месяца Дремлюг стоял на утренней вахте и заметил среди обломков льда «подозрительный бурун». В бинокль увидел перископ подводной лодки. На корабле объявили боевую тревогу, однако подлодка атаковать не стала, сделала полукруг, полностью погрузилась и ушла. Капитан приказал направить «Мурманец» во льды, куда немецкие лодки не заходили.

Примерно в то же самое время подлодки обстреляли полярные станции на мысе Уединения и мысе Желания (эту атаку провела лодка U-255, и вполне возможно, что именно ее видели с «Мурманца»). «Это было второе по счету нападение на нашу зимовку, — пишет Зиновий Каневский в книге „Цена прогноза“. — В июле того же года немецкая лодка разрушила артиллерийским огнем дома и склады на полярной станции „Малые Кармакулы“ на той же Новой Земле. При обстреле погиб один человек, четверо получили ранения. И вот снова атака на маленькую полярную станцию. Зачем? Причин несколько. Во-первых, гитлеровцы хотели отвлечь внимание от крейсера „Адмирал Шеер“, создав впечатление, будто они ведут исключительно подводную войну, вернее, войну с участием одних лишь подводных лодок. (После выполнения боевого задания „Шеер“ мог бы незаметно выскользнуть из карских вод.) Во-вторых, скромная станция „Мыс Желания“ была важнейшим наблюдательным пунктом и радиометеостанцией на выходе из Баренцева моря в Карское».

Полярники на мысе Желания не сразу смогли разглядеть сквозь утренний туман, какой корабль ведет обстрел их жилых помещений, радиостанции, складов. Радист послал отчаянное сообщение: «Напало неприятельское судно, обстреляло, горим, горим, много огня». Тем временем два летчика полярной авиации, оказавшиеся на станции, пробрались к пушке, замаскированной за баней, и открыли ответный огонь по лодке. U-255 предпочла уйти. На станции жертв не было, и радиоаппаратура не пострадала. Сгорел склад с продуктами, однако спустя какое-то время летчик Черевичный сбросил полярникам немного продовольствия, которое позволило продержаться до подхода транспортного судна.

С подлодкой, напавшей на станцию в Малых Кармакулах, чудом не столкнулся пароход «Рошаль». Его штурман Ю. Д. Жуков в своем мемориальном очерке «Союзники» так рассказывал об этом: «12-го июля мы благополучно зашли в становище Малые Кармакулы, где грузили для архангелогородцев ящики с кайровыми яйцами, собранные на знаменитых местных птичьих базарах. Небольшой рейд Кармакул пуст не был. Кроме нас на якоре стоял большой американский транспорт, а под самым берегом, тоже на якорях, покачивались две летающие лодки „Каталина“, кстати, тоже полученные по ленд-лизу. Отход был назначен на утро 18-го июля, но вечером объявился немецкий разведывательный самолет, сделавший круг над рейдом. Стоило самолету улететь, как американец сразу снялся с якоря и был таков. Вечерний, вне расписания, прилет самолета, поспешный выход из порта американца не понравились капитану Сушихину, он долго бродил по мостику, будто к чему-то принюхиваясь, и решил утра не дожидаться. В 22.37 мы тоже снялись с якоря и направились в Белушью губу. Нам и тут повезло. Как потом выяснилось, после нашего ухода в Малых Кармакулах стряслась беда. Немецкая подводная лодка умудрилась забраться на этот внутренний рейд и из пушки сперва потопила обе „Каталины“, а затем артогнем сожгла все постройки становища, включая продовольственные склады. Ночевавшие на берегу экипажи летающих лодок, возглавляемые полковником Мазуруком, не пострадали, а дежурившие на самолетах два летчика погибли…».

В конце июля 1942 года немецкая подводная лодка обстреляла два гидросамолета полярной авиации на юго-западном берегу Новой Земли. Пароход «Крестьянин» потопили 1 августа у берегов Новой Земли в районе Белушьей губы. 17 августа у острова Матвеев близ входа в пролив Югорский Шар подводная лодка атаковала торпедами буксиры «Норд» и «Комсомолец», которые тянули баржи с рыбаками, строителями и семьями полярников, а потом расстреляла из пулеметов неуправляемые баржи и людей, пытавшихся спастись вплавь. 23 августа в районе острова Белый потоплен пароход «Куйбышев».

Оказалась печальной и судьба гидрографического судна «Академик Шокальский». Эта моторно-парусная шхуна в конце июля покинула порт Диксон и направилась к восточному берегу Новой Земли. В районе мыса Спорый Наволок все та же немецкая подводная лодка U-255 обстреляла из пушки и потопила корабль. Моряки успели уничтожить карты, метеосводки и всю секретную документацию. По свидетельствам выживших участников той экспедиции, немцы намеренно опрокинули их единственную шлюпку. Выбравшихся на льдины моряков расстреливали из пулеметов. Погибли 11 человек, в том числе гидрохимик из Арктического института Б. Н. Футерман. Был ранен гидролог А. В. Иванов. «Когда подлодка наконец удалилась, оставшиеся в живых кое-как залатали изрешеченную пулями шлюпку, пустив в ход собственную одежду, — писал в книге „Цена прогноза“ известный полярник Зиновий Каневский. — Семнадцать человек во главе с начальником экспедиции В. С. Большаковым двинулись в путь на веслах. Им удалось добраться до берега Новой Земли. Они развели костер, но не успели обогреться и выпить кипятку, как к берегу подошла та же подводная лодка. Люди бросились под защиту каменных глыб, но гитлеровцы не спешили преследовать их. Они столкнули шлюпку в воду, вывели ее на буксире в море, а затем подводная лодка с ходу протаранила ее… Люди на берегу оказались в совершенно безнадежном положении: без шлюпки, без пищи, без теплой одежды, мокрые, замерзшие, обессилевшие… Но они не пали духом. Семнадцать человек двинулись пешком на юг вдоль восточного побережья Новой Земли. Несколько суток продолжался этот беспримерный переход. Им пришлось преодолеть широкие, многокилометровые ледники, спускающиеся с горных вершин в Карское море, перепрыгнуть, переползти по снежным „мостам“ через множество ледниковых трещин, перейти вброд бессчетное число речек, ручьев с ледяной водой. Они шли, как в бреду, полуживые от потрясения, полураздетые, голодные, с кровоточащими обмороженными ногами». Три человека погибли от ран и переохлаждения во время этого похода, но все остальные смогли добраться до залива Благополучия. Там их подобрал мотобот «Полярник», специально посланный с Диксона искать людей с «Академика Шокальского».