Работу на новом месте Анатолий Иванович начал с должности заместителя начальника конструкторского отдела.

Но в 1953 году изменились политическая и государственная власть в стране. 5 марта скончался глава СССР Иосиф Виссарионович Сталин. 26 июня был арестован по обвинению в шпионаже и заговоре с целью захвата власти Лаврентий Павлович Берия. 23 декабря по приговору Специального присутствия Верховного суда он был расстрелян.

После ухода с политической сцены отца сын Сергей Лаврентьевич Берия был уволен из своей конструкторской организации, ранее преобразованной в КБ-1, и в июле 1953 года вместе с матерью интернирован на одной из подмосковных госдач, затем также был арестован и до конца 1954 года содержался в одиночном заключении сначала в Лефортовской, а затем в Бутырской тюрьмах.

Постановлением Президиума ЦК КПСС от 17 ноября 1954 года был лишен степеней кандидата и доктора физико-математических наук, звания лауреата Сталинской премии и воинского звания «инженер-полковник».

А до этого 22 декабря 1953 года состоялось секретное решение Высшей Аттестационной Комиссии СССР № 6с «Об отмене решения Высшей аттестационной комиссии от 22 марта 1952 г. об утверждении С. Л. Берия в ученой степени доктора физико-математических наук». В этом решении было записано, что «кандидатская и докторская диссертации Берия С. Л., как установлено проверкой, не являются его личным трудом, а являются изложением работ большого числа научных сотрудников, расчетчиков и инженеров».

Президиум ЦК 27 ноября 1954 года назначил С.Л. Берия и его жене Н.Т. Берия административную ссылку в уральской столице Свердловске, но при условии, что Сергей откажется от фамилии отца и примет девичью фамилию жены Гегечкори. При этом разрешил Сергею Лаврентьевичу работать в свердловской закрытой организации НИИ п/я 320 (ныне НПО автоматики – ФГУП «Научно-производственное объединение автоматики имени академика Н. А. Семихатова». Адрес: Екатеринбург, ул. Мамина-Сибиряка, 145. Академик АН СССР, Герой Социалистического Труда Николай Александрович Семихатов был главным конструктором систем управления всех советских баллистических ракет для подводных лодок ВМФ и ряда оперативно-тактических ракет сухопутных войск СССР). В этой организации Сергей Алексеевич Гегечкори стал работать по ракетной тематике в должности старшего инженера. Через десять лет ссылки было разрешено С.Л. Берия (уже под своей фамилией) и его семье переехать в Киев. На Украине он проработал в п/я 24 (ныне ГП НИИ «Квант») ведущим конструктором, начальником сектора, начальником отдела. Позднее он был привлечен к работе в Отделении новых физических проблем Института проблем механики Академии наук Украинской ССР в качестве заведующего отделом системного проектирования-главного конструктора комплекса. С 1990 по 1999 годы С. Л. Берия – научный руководитель, Главный конструктор киевского НИИ «Комета» (ранее – Киевский филиал ЦНПО «Комета»). С 1999 года – был на пенсии. Умер в 2000 году в возрасте 75 лет.

С П.Н. Куксенко новое руководство страны расправилось гораздо мягче. С августа 1953 года он был заместителем Главного инженера КБ-1 по научной работе. Никогда еще в НИИ и КБ не было у главного инженера заместителя по научной работе. Привычнее быть таким заместителем у главного конструктора. Одним словом, пожалели Павла Николаевича, все же настоящий доктор наук. Но написавший диссертацию за сына расстрелянного бывшего руководителя НКВД. Позже руководство страны после снятия Н.С. Хрущева смилостивилось. Павлу Николаевичу доверили должность более интересную. С сентября 1967 года он стал научным руководителем отдела научно-технической информации Центрального конструкторского бюро “Алмаз”. До декабря 1978 года Павел Николаевич обеспечивал кадры ЦКБ «Алмаз» публикациями издательств мирового масштаба, что позволяло кадрам впитывать в себя мировые научно-технические сведения. С декабря 1978 года он ушел на пенсию.