Религиозная проблема стала еще одной частью непростого наследства, доставшегося термидорианцам от монтаньяров. Времена дехристианизации прошли, однако после закрытия множества церквей, попыток ввести культ Верховного существа, борьбы с «фанатизмом» (как нередко называли тогда религию) статус священников и католической церкви в целом (не говоря уже о других церквях) оставался весьма неопределенным. Члены Конвента успели себя зарекомендовать как люди, не одобряющие атеизм, но поддерживающие антиклерикализм. И хотя еще 16 фримера (6 декабря 1793 года) по предложению Робеспьера был принят декрет, запрещавший препятствовать свободному отправлению культа, в условиях диктатуры монтаньяров он не работал: священники продолжали восприниматься как люди подозрительные, католическая религия казалась плохо совместимой с Республикой.

Год спустя эту тему вновь поднял аббат Грегуар. Известный в прошлом депутат Учредительного собрания, один из инициаторов присоединения первого сословия к третьему на этапе Клятвы в зале для игры в мяч, Грегуар принял Гражданское устройство духовенства и до избрания в Национальный Конвент успел побывать епископом. В Конвенте он активно участвовал в работе Комитета по народному образованию и прославился при Термидоре своими докладами о гибельности культурной политики монтаньяров.

1 нивоза III года Республики (21 декабря 1794 года) в длинной речи Грегуар призвал ради единства французского народа начать принимать законы, которые обеспечили бы французам мирное пользование свободой и закрепили бы равенство. Конвент аплодировал оратору ровно до тех пор, пока он не перешел к религиозным вопросам, используя ту же аргументацию, к которой прибегал некогда Локк: насилие не может воздействовать на умы, государство не вправе управлять мыслями. Намеренно сгущая краски, вспоминая Нерона и Карла IX, депутат призывал задуматься над тем, что свобода совести есть даже в деспотической Турции, но отсутствует в просвещенной Франции. «Народ, у которого нет свободы совести, скоро и вовсе останется без свободы!» – провозгласил он. Однако, как только Грегуар предложил обсудить, действительно ли, как считают многие, католицизм несовместим с Республикой, коллеги начали его перебивать. Предлагаемый им декрет о свободе совести так и не был принят, депутаты наотрез отказались обсуждать религиозные вопросы. «Быть хорошим мужем, хорошим сыном, хорошим отцом, хорошим гражданином – вот единственная религия республиканца», – заявил один из них.

Свобода вероисповедания была провозглашена лишь 3 вантоза (21 февраля 1795 года). В этот день Комитеты общественного спасения, общей безопасности и законодательства предложили компромисс, который оказался приемлемым для большинства депутатов. С одной стороны, свободу совести гарантировали Конституция и предпосланная ей Декларация прав человека и гражданина. Хотя Конституция в действие не была введена, ее одобрил народ, и декрет лишь фиксировал существующее положение дел. С другой стороны, церковь отделялась от государства: оно больше не платило жалование священникам, как это предусматривало Гражданское устройство духовенства в компенсацию за лишение служителей церкви десятины. Государство не предоставляло для богослужений никаких помещений; священникам запрещалось отправлять культ вне специально отведенных для этого мест и появляться в церковном облачении.

Таким образом, декрет фиксировал новое отношение к церкви: государство отказывалось от вмешательства в вопросы веры, а религия становилась частным делом граждан.