Османской империи не удалось разбить армию Бонапарта в Египте, однако постепенно у Турции стали появляться союзники. Неготовность республиканцев пойти на всеобщий мир заставила Павла I отказаться от роли миротворца, тем более что он, будучи протектором Мальтийского ордена, очень болезненно воспринял захват острова Бонапартом. В ноябре под давлением Англии и на волне недовольства оккупацией Рима войну Франции объявило Неаполитанское королевство. Оно освободило Рим, но французы ответили на это завоеванием Пьемонта: сардинского короля заставили отказаться от остававшихся у него территорий в Северной Италии и удалиться на Сардинию. Затем французская армия вновь заняла Рим и погнала неаполитанцев к югу.

Врагам Франции стало понятно, что настало время вновь объединить усилия. В декабре 1798 года была подписана конвенция между Российской и Османской империями, позволявшая русским судам пройти через проливы в Средиземное море. А несколько дней спустя оформился союз между Россией, Англией и Неаполем, имевший целью прежде всего освобождение от французов территорий захваченных итальянских государств. Правда, Неаполитанское королевство новый альянс от поражения не спас: союзники не успели прийти ему на помощь. Его войска оказались разбиты, сам Неаполь был оккупирован, а король бежал на Сицилию. Пьемонт присоединили к Франции, а на территории Южной Италии, вопреки желанию Директории, которая предпочла бы использовать ее как разменную карту в дипломатической игре, была создана очередная – Партенопейская – республика, названная так по древнему наименованию Неаполя.

К началу 1799 года из активных участников Первой коалиции нейтралитет сохранили лишь Пруссия и Австрия. Пруссия не поддалась на уговоры французов заключить более тесный союз, но не захотела и участвовать в коалиции. Хотя Англия и Россия предлагали ей субсидии и 40 тысяч российских солдат, они не достигли успеха. Отсутствие Пруссии в определенной степени компенсировалось стремлением стран коалиции согласовывать свои действия и тем, что впервые за годы революционных войн российская армия под командованием Суворова пришла в Европу. А вот Австрия своим согласием пропустить русские войска спровоцировала гнев Франции, и та в марте 1799 года объявила императору войну. В связи в этим в апреле переговоры в Раштатте были прерваны, а большинство французских представителей убиты венгерскими гусарами. Вскоре к коалиции присоединился и король Швеции.

Сердцем Второй антифранцузской коалиции, как и Первой, стала Англия. Основной вопрос, который стоял перед англичанами: «Мы сделали слишком мало или слишком много?» Привел бы более высокий приоритет войны с Францией к лучшим результатам или разумнее было беречь ресурсы? Итогом этих обсуждений явился разработанный Гренвилем план, согласно которому русской армии совместно с английским десантом предстояло нанести удар по Нидерландам, австрийцы, пройдя через Германию и Швейцарию, должны были выйти к Рейну, а русским, австрийцам и туркам предстояло освободить Италию при поддержке местного населения: ожидалось, что оно поднимет восстание против оккупантов. Во Франции рассчитывали на мятеж роялистов запада и юго-запада и на появление в Провансе генерала Пишегрю во главе армии, состоящей из русских и эмигрантов. Победа казалась тем более близкой, что Директория не могла опереться на лучших полководцев: Бонапарт был в Египте, Гош скончался еще в конце 1797 года, Моро побаивались и сомневались в его лояльности.

Война началась для Франции неудачно. Из четырех генералов, которые должны были действовать против Австрии, только Массена, воюя в Швейцарии, добился некоторых успехов. Еще хуже обстояло дело на Апеннинском полуострове. С декабря 1798 года в центральной и особенно южной Италии активизировалось повстанческое движение, отстаивавшее монархические и религиозные ценности. Основу его составляли крестьяне и городской плебс. Народ, который, согласно революционной пропаганде, должен был поддержать «освобождение от тирании», на деле поднялся против захватчиков, создавая партизанские отряды.

С появлением в северной Италии Суворова совместные действия русско-австрийских войск сделали положение французов безнадежным. Север был освобожден всего за несколько месяцев: к концу апреля Милан, а к концу мая Турин. В июне рухнула Партенопейская республика. Армия эрцгерцога Карла угрожала войскам Массена в Швейцарии.

Директория попыталась переломить ситуацию, отправив в начале июля в Северную Италию генерала Жубера, однако он задержался, предоставив Суворову возможность собраться с силами. В результате 15 августа превосходившая французов по численности австро-русская армия разгромила войска Жубера в битве при Нови недалеко от Генуи, в которой 30-летний генерал был смертельно ранен. В сентябре неаполитанцы и англичане освободили Рим.

Спасением для Франции стали разногласия среди союзников. Австрию не радовали успехи русских войск, Россия же подозревала, что император стремится в одиночку воспользоваться победами Суворова в северной Италии. Приказав эрцгерцогу Карлу двинуться на Нижний Рейн, австрийцы планировали, что Швейцарией займутся размещенные там русские войска, с которыми соединится Суворов. Однако активность французов на Рейне заставила Карла выступить, не дожидаясь полного развертывания русской армии. 25–26 сентября 1799 года русско-австрийские войска под командованием генерала Римского-Корсакова были разбиты в битве при Цюрихе французской армией Массена. Суворов же после знаменитого перехода через Альпы остался с Массена один на один и принял решение с боями отходить на восток. Русско-английский десант в Голландии также потерпел неудачу, и в октябре Россия вышла из состава коалиции.