С расширением обители понадобилась мельница, поскольку со времени основания обители братии приходилось молоть зерно на ручных жерновах, что вызывало сильный ропот среди части братии. Преподобный Александр увещевал ропщущих, но со временем таких становилось все больше, тем более, что братия обители самостоятельно сеяла хлеб и собирала большой урожай, а обмолоть большое количество зерна на ручных жерновах затруднительно. Тогда преподобный всерьез задумался о строительстве мельницы.

Вскоре ему пришла мысль устроить мельницу за счет двух озер, находившихся вблизи от Свирской обители. Одно из этих озер располагалось ниже монастыря, другое — на одном уровне с обителью. И вот однажды преподобный собирает братию и идет с ними копать канал для воды, дабы она текла из верхнего озера в нижнее. Помолясь, они стали раскапывать возвышенности и делать ров для воды. Их работа была успешна — вскоре вода, с шумом и грохотом, как вспоминал впоследствии очевидец Иродион, устремилась из верхнего озера в нижнее. Преподобный и вся братия, увидев такой напор воды, даже испугались, что они ошиблись и вода разрушит монастырские постройки.

Преподобный Александр начал молиться о спасении обители от разрушения и Господь услышал его молитву — вода обтекла вокруг монастырской ограды и протекла в нижнее озеро. А вскоре на этом протоке была устроена водяная мельница, благодаря которой облегчились многие труды братии.

Вслед за мельницей преподобный Александр задумал построить каменный храм во имя Святой Троицы. Но когда он рассказал об этом братии, они восприняли идею своего настоятеля с сомнением, сочтя преподобного нерассудительным. Монастырь был небогатым, а строительство каменного храма было очень дорогостоящим, так что даже в больших городах в то время большинство храмов были деревянными.

Однако скепсис братии не остудил горячего желания преподобного украсить монастырь каменным храмом. Преподобный Александр был уверен — Бог не оставит его, главное приступить к делу. Действительно, преподобному Александру удалось быстро найти нужную глину недалеко он монастыря, и он вместе со всей братией начал копать глину и изготавливать кирпичи для строительства храма. Но собственных средств Свирской обители на строительство каменного храма все-таки не хватало, поскольку наиболее дорого стоило нанять мастеров — архитектора и строителей.

Тогда преподобный Александр посылает своих учеников — Антония, Леонтия и Иродиона — к великому князю Василию III с просьбой послать в обитель мастеров для строительства храма. Великий князь Василий живо откликнулся на просьбу преподобного — он не только послал в монастырь собственных великокняжеских строителей, но и сделал значительное денежное пожертвование на строительство и благоукрашение Троицкого храма, в ответ прося у преподобного благословения и молитв.

Благодаря пожертвованию Василия III Троицкий храм был построен очень быстро. В 1526 году, по благословению Новгородского архиепископа святителя Макария, храм был освящен. Выделенных великим князем средств хватило не только на строительство каменного Троицкого храма, но и на устроение новых келий и других помещений, в частности, трапезной.