Русские медики сочли целесообразным координировать все усилия, для чего на объединённые совещания приглашались главные врачи всех медицинских учреждений, представители сербских властей. Начальником санитарной организации г. Ниша и консультантом всех русских отрядов в Сербии был назначен С. К. Софотеров, прекрасно зарекомендовавший себя в период Первой балканской войны.
8 февраля 1915 г. на рассмотрение правительства Сербии был представлен разработанный С. К. Софотеровым план мероприя тий для улучшения санитарного состояния Ниша и его окрестностей (приблизительно 60 км), по решению сербского правительства полностью перешедшие под медицинский надзор русских. Город был разделён на четыре участка, каждый из которых был поручен контролю особого врача и его помощнику. Они были наделены соответствующими полномочиями и усилены бригадой дезинфекторов с дезинфекционными аппаратами. По признанию Софотерова, за основу был взят русский земско-участковый принцип санитарной организации.
По соглашению с сербским правительством в Нише был создан особый городской Совет из пяти лиц, куда вошли представители военных и гражданских властей, епископ Нишский Досифей, председатель городской общины и С. К. Софотеров. Совет был наделён обширными полномочиями, в его функции входил надзор за проведением санитарных мероприятий в рамках намеченного плана. Этот Совет находился в тесной связи с Комитетом при миссии, ведающим всеми русскими учреждениями. Все организационные мероприятия Совета оплачивались из средств Комитета.
Понимая, что эпидемии нельзя победить только медицинскими средствами, Комитет счёл своим долгом действовать решительно сразу в нескольких направлениях. Наряду с прямыми методами борьбы с инфекционными заболеваниями Комитет придавал огромное значение усилению питания беднейшего населения для повышения его иммунитета. По представлению князя Трубецкого Главное управление РОКК 7 марта 1915 г. выделило 50000 рублей для организации борьбы с заразными заболеваниями в Сербии и организации помощи беднейшим слоям населения.
Нишское городское управление приняло активное участие в этом деле и составило списки наиболее нуждающихся, а также выдавало особые карточки на право получения обедов. В четырёх районах города были открыты столовые, в которых в этот период было подано 283000 обедов. Около вокзала было оборудовано специальное помещение, где всякий приходящий бесплатно мог получить горячий чай. В отчете в МИД князь Г. Н. Трубецкой отметил, что кормление населения сослужило немалую службу в деле прекращения эпидемии, так как среди беженцев было большое количество людей, которые несколько месяцев не имели горячей пищи.
На средства, пожертвованные Петроградским городским комитетом по оказанию помощи Сербии, Комитету удалось открыть в Белграде такие же столовые, как в Нише. В итоге в Белграде было выдано свыше 230000 обедов. Кроме того, был послан вагон вещей и деньги (около 6000 рублей) российским консулам в Скопье и Битоле, которые смогли оказать серьёзную помощь различным сербским организациям, в первую очередь госпиталям.
Решался также вопрос, как разместить приехавших беженцев, как накормить и одеть тысячи детей. Был разработан план, по которому из России должны были получить 5000 киргизских кибиток из кошмы для размещения беженцев. Но, к сожалению, первый транспорт, около 12 вагонов, пришёл как раз перед отступлением сербских войск из Ниша.
Особое внимание Комитета привлекали дети беженцев, нуждающиеся не только в горячей пище, но и уходе и присмотре. По инициативе епископа Досифея и активном участии княгини М. К. Трубецкой в конце марта 1915 г. Комитет открыл приют, пользуясь помещением при церкви Святого Николая на окраине Ниша. В его основу было положено учреждение, открытое в период балканских войн А. П. Гартвиг.
Первоначально это был дневной приют на 150 человек, где дети получали чай, горячую пищу, молоко, более слабые – какао. Беднейшим из них выдавалось бельё и платье. Круглых сирот, около 40 человек, разместили в небольшом домике, который наскоро отремонтировали. Общий надзор за детьми взяли на себя бесплатно две сербские учительницы. Однако епископ Досифей полагал, что в дело воспитания следует внести и русский элемент. В Александринском госпитале (прибыл в мае 1915 г.) нашлась сестра Лидия Лебедева, которая пожелала работать с детьми. Под её руководством дети приобрели интерес к русскому языку, отлично пели русские песни, некоторые могли даже вести разговор по-русски. Кроме того, в окрестностях Ниша, в живописном монастыре Святой Петки, был устроен санаторий для туберкулёзных детей.
Не ограничиваясь поддержанием собственных учреждений, Комитет решил взять на себя помощь «Русскому павильону» (1-я резервная больница Ниша). Комитет оплачивал двух из пяти работающих там сестёр и одну прислугу. Предметом заботы российской миссии было и население разорённых австрийцами областей. В донесении товарищу министра иностранных дел А. А. Нератову от 31 марта 1915 г. Трубецкой рассказал о тяжёлом положении населения в этих краях и попросил усилить помощь. Посланник сообщил, что с ходатайством об оказании возможно более широкой материальной поддержки на нужды продовольствия в разорённых областях он также обратился во Всероссийский союз городов. Получив поддержку, в том же месяце по просьбе сербского правительства Комитет при миссии экстренно закупил на 3000 рублей продукты (бобы, фасоль, рис и сало) для наиболее пострадавших западных уездов Сербии. Подобные акции совершались затем регулярно.
Многосторонняя деятельность Комитета была прервана ходом военных действий. 5 октября австро-венгерские войска начали наступление на Белград. Спустя несколько дней болгарская армия вторглась в Сербию и Македонию. Через две недели боёв сербское сопротивление было сломлено на всех участках фронта. В телеграмме от 15 октября 1915 г. Трубецкой сообщил в МИД, что сербское руководство рекомендовало всем иностранцам покинуть Ниш. В такой ситуации посланника не могла не беспокоить судьба российских учреждений на территории Сербии. Вскоре Г. Н. Трубецкой сообщил, что из-за большого наплыва раненых и невозможности их полной эвакуации часть персонала русских больниц изъявила готовность остаться в Нише. Фактически на территории, оккупированной неприятелем, остались Александровский госпиталь в полном составе (8 врачей, 27 медсестер) и в 10-й резервной больнице две русские медицинские сестры.
Г. Н. Трубецкой, высоко оценивая деятельность Комитета, сделал вывод о том, что громадная работа, проделанная русскими людьми, была возможна только благодаря необыкновенной отзывчивости РОКК и различных общественных учреждений, городов, земств, союзов, которые жертвовали значительные суммы.