Бывшие удельные князья, поступившие на службу Московских князей, хотя и помнили свое происхождение, все же считались членами Царского Дома и являлись обыкновенными боярами — холопами Царя. Встал вопрос: кому быть Царем? Опекуншей оставшегося без наследников Царства и его правительницей считалась, когда умер Царь Феодор, его вдова Царица Ирина; подобно тому, как и прежде, вдовы Великих князей управляли при малолетнем наследнике. Но на 9-й день после смерти супруга Царица постриглась с именем Александры и отказалась принимать участие в государственных делах. Государство осталось без главы. Казалось, что лучшим выходом из создавшегося положения было, если бы Борис Годунов, приняв Царский титул, продолжил бы управлять Россией, что он с таким умением делал в течение восьми лет именем Царя Феодора.

После бурного Царствования Иоанна Грозного Царствование Феодора Иоанновича было отдыхом и успокоением для Руси. Были произведены весьма благодетельные для населения мероприятия, были защищены от неприятеля границы. Первосвятитель Русской Церкви был возвышен из митрополичьего в высший патриарший сан. Все это происходило при непосредственном участии Бориса Годунова. О смерти Царевича Димитрия уже перестали говорить, и Борис Годунов как правитель приобрел всеобщее расположение. Поэтому, когда народу сообщили, что Царица постриглась, сейчас же раздались голоса: «Да здравствует Царь Борис Феодорович». Патриарх Иов горячо поддерживал это, считая Бориса Годунова умным государственным деятелем и благочестивым христианином. Борис отказался принять Царскую власть и уехал в Новодевичий монастырь к своей сестре, вдовствующей Царице-инокине, которая тоже отказалась благословить брата на Царство. Тогда был созван Всероссийский Земский Собор. Земский Собор вслед за Патриархом решил умолять Бориса быть Царем. Указывалось на его родство с последним Царем, на то, что будто Иоанн Грозный, умирая, поручил Феодора заботам Бориса Годунова, что от скончавшегося Царя был поставлен во главе государства, показал при нем свою государственную мудрость и является теперь лучшим его преемником. Громадный крестный ход во главе с Патриархом отправился в Новодевичий монастырь, причем духовенство угрожало отлучить Бориса от Церкви, если он и дальше будет упорствовать. Искренно или притворно, Бог весть помышления человеческие, отказавшийся прежде от престола Борис теперь согласился принять престол от Земского Собора, как бы уступая лишь настоянию Патриарха и всего русского народа. Царица-инокиня благословила его. Через несколько месяцев Борис венчался на Царство, причем, указывая на ворот своей сорочки, обещал и последнюю сорочку разделить с бедными своего Царства. В грамоте о восшествии на Престол Бориса Годунова и в приветственной речи Патриарха указывались вышеприведенные его права на престол. Присягали не одному Борису, а также сыну его и дочери, то есть династии. Подобно тому, как прежде Русь принадлежала своему княжескому роду, позднее Московскому Царскому, хотя власть сосредоточивалась в руках старшего в порядке первородства ее члена, так и теперь Царский Престол переходил всему роду Годуновых, хотя Самодержавную власть восприял единолично Борис.

Сын Бориса Феодор, в силу самого вступления на престол отца, делался Наследником Престола по установившемуся со времен Иоанна Калиты обычаю.

Первое время царствования Бориса было продолжением его прежней деятельности как правителя, и было много сделано для благосостояния страны. Но потом вследствие неурожаев начался голод, и появились разбойничьи шайки. Борис, вступивший на Престол, хотя и по всенародному избранию, но помнивший, что права его на доставшийся Престол были не исключительны, что были и другие лица, которые могли иметь такие же, или даже большие, чем он, права на наследование Престола после Царя Феодора, стал преследовать тех, которые, как ему казалось, могли считать себя обойденными. Борис боялся, чтобы кто-нибудь из них не выступил претендентом теперь, воспользовавшись начавшимися несчастиями. Но бояться нужно было не их. В народе воскресли слухи о причастности Годунова к убийству Царевича Димитрия, и начали говорить, что Бог карает Русь за то, что на Престоле сидит убийца законного Наследника. В 1604 году в Польше явился человек, который объявил, что он Димитрий, спасшийся от подосланных к нему Борисом убийц, убивших по ошибке другого мальчика, и что он зовет русских людей помочь сесть ему на прародительский Престол. К нему стал стекаться народ. При поддержке римского папы и поляков Лжедимитрий составил войско и перешел границу Московского Государства. Борис и Патриарх сделали все возможное, чтобы изобличить самозванца, кроме того, Борис сделал все, что было в его силах, чтобы облегчить народные несчастья. Ничто не помогало. Перед тенью законного Царя исчезла любовь к мудрому правителю, всенародным избранием восприявшему Царский венец. Народ массами переходил на сторону Лжедимитрия, считая, что лишь воцарение законного Царя прекратит Божий гнев. Переходили на сторону самозванца и многие бояре, хотя и не верившие ему, но ненавидевшие Бориса за то, что он возвысился над ними и, не имея особых прав по рождению, утвердился на престоле Московском. Взволнованный успехом самозванца, Царь Борис скоропостижно скончался, и на престол вступил его сын Феодор. Московское Государство опять присягнуло роду Годуновых: вдове Царице, молодому Царю и его сестре. Однако вскоре Царский воевода Басманов, посланный против самозванца, со всем войском перешел на сторону последнего. В Москву прибыли посланные Лжедимитрия, и москвичи восстали против того, кому недавно присягали, думая, что защищают права более законного наследника Московских Государей. Годуновы из Царского дворца были перевезены в свой прежний боярский дом, а к самозванцу было отправлено посольство с повинной грамотой. Через 10 дней прибыли новые посланные от самозванца, которые свели с кафедры Патриарха Иова, отправили его в Старицкий монастырь и сослали родственников Годуновых. По их же поручению пять человек отправились в дом Годуновых и зверски умертвили Феодора Борисовича и его мать. 20-го июня 1605 года Лжедимитрий, восторженно приветствуемый народом, въехал в Москву. Вдова Иоанна Грозного инокиня Марфа (Нагая) признала его своим сыном, Шуйский, производивший расследование об убийстве Царевича Димитрия, также много способствовал торжеству самозванца, так как всенародно объявил, что Царевич в действительности спасся от подосланных убийц, и вместо него погребен попов сын. Однако после вступления Лжедимитрия в Москву, он начал втихомолку говорить, что новый Царь — самозванец, а настоящий Царевич убит. Прежнее показание он, очевидно, дал, чтобы добиться низложения Годуновых. Уличенный, Василий Шуйский был приговорен к смертной казни, но, уже приведенный на плаху, помилован Лжедимитрием.

Лжедимитрий во всем старался показать, что он настоящий Царевич и законный Царь. Он возвысил и приблизил к себе мнимых родственников и, не боясь других претендентов на престол, вернул всех сосланных Борисом. Лишь родственники Бориса и наиболее ревностные его приверженцы были удалены. В своем правлении Лжедимитрий показывал довольно большую государственную мудрость и даже значительно упорядочил правительственную систему. Однако, что неприятно поражало москвичей — это пренебрежение новым Царем народных обычаев, церковных уставов и обрядов, а также благоволение, которое он оказывал пришедшим с ним немцам и полякам. Особенное возмущение вызвала его женитьба на польской панне Марине Мнишек, не желавшей оставить католичества. Казанский митрополит Ермоген и коломенский епископ Иоасаф требовали крещения «царской» невесты, но за это были высланы из Москвы. Патриарх Игнатий, поставленный по желанию Лжедимитрия вместо Иова, благословил брак без перекрещивания Марины, хотя брак был совершен по православному чину, а перед ним она была коронована в Московские Царицы и причащена Святых Таин.

Неудовольствием народа решил воспользоваться Василий Шуйский. Он поехал к стоявшему возле Москвы отряду войск и объявил ему, что на Престоле сидит самозванец с женой еретичкой, предающий Православную веру. Отряд решил свергнуть самозванца. Но так как народ, несмотря на недовольство поступками Лжедимитрия, все же видел в нем настоящего, законного Царя, то нужно было действовать с хитростью. В ночь на 17 мая отряд был введен в Москву. С криками: «Поляки хотят убить Царя», ударили в набат, и народ побежал толпами ко дворцу спасать Царя. Василий Шуйский с крестом в одной руке и мечом в другой подъехал ко дворцу во главе отряда. Заговорщики кинулись во дворец и потребовали от Лжедимитрия сознаться в самозванстве. Он уверял, что он настоящий Димитрий и пробовал защищаться, но был убит. Марфа (Нагая) объявила, что убитый вовсе не сын ее и она признавала его лишь из страха. безпорядки, сопровождавшие смерть самозванца, длились два дня. Обезображенный труп был сначала выставлен на показ, а потом сожжен, а пеплом зарядили пушку и выпалили на запад, «туда, откуда пришел польский свистун».