Угнетенные иноверцами, православные народы стали взирать на Русского Царя как на своего покровителя и будущего освободителя. В первую очередь Русские Государи, конечно, должны были позаботиться о частях Русской земли, подпавших под польско-литовское владычество, продолжая этим дело своих предков — объединение Руси. Вместе с этим, границы Руси нужно было обезопасить от остатков Орды, делавших набеги на русские окраины. Последняя задача блестяще начала выполняться покорением в 1552 году Казанского царства. С этим радостным событием совпало рождение Царского первенца — Димитрия. В 1553 году Царь Иоанн опасно заболел и, составив духовную грамоту, потребовал от двоюродного брата Владимира Андреевича и бояр присягу на верность наследнику Димитрию. Однако многие приближенные не пожелали целовать крест, так как в малолетстве Царя правительницей стала бы Царица Анастасия, а главное значение должны были получить ее родственники — Захарьины. Опасаясь опять боярских смут, они хотели объявить наследником князя Владимира Андреевича. Царский брат Юрий, скончавшийся впоследствии, не оставив потомства, тогда не упоминался, так как, очевидно, не считался способным быть твердым Царем. После долгих споров, которые слышал больной Царь, все присягнули Димитрию, но это своеволие навсегда осталось в памяти Иоанна. В неверности своему наследнику Иоанн усмотрел неверность и ему самому. Царь выздоровел, и сначала все продолжалось по-прежнему. Малолетний Димитрий через несколько месяцев умер. В 1560 году скончалась Царица Анастасия, любимая Царем и народом, оставив сыновей Иоанна и Феодора и дочь.

После ее смерти начался мрачный период жизни Иоанна. С недоверием относясь к окружающим, он везде видел измену. Начались казни. В 1564 году он уехал в Александровскую слободу и объявил, что не хочет больше царствовать. Оставшись без законного Государя, все пришли в страшный ужас. Никто не думал о другом Царе. Народ, бояре и духовенство умоляли Иоанна вернуться. Иоанн вернулся, поставив условием, что ему не будут мешать выводить измену; все соглашались, чтобы Царь правил как ему угодно, лишь бы не оставлял Царства. Видя везде измену и заговор, Иоанн начал казни, думая, что этим он исполняет священный долг возложенного на него Богом Царского служения: давать благоустройство своей земле, очищая государство от злых людей.

В поисках измены Царь опустошал целые города (Новгород). Никто не мог быть уверенным, что завтра его не постигнет царский гнев. В 1569 году погибли двоюродный брат Царя князь Владимир Андреевич со своим семейством и вдова родного брата Юрия княгиня Иулиания. Государство было разделено на опричнину — собственно Царская область, населенная особо преданными слугами-опричниками, и земщину — все остальное государство, управлявшееся обычным порядком, через бояр. Бывало, что казнь производил сам Иоанн. Все ужасались, но молчали, а в песнях, в которых вспоминается это время, народ становится на сторону Царя и считает, что на самом деле Грозный Царь выводил измену и лихих людей. Ревностный Первосвятитель Русской Церкви святой митрополит Филипп не вытерпел того, что творилось, и громко обличил Царя. Но Иоанн не внял голосу Святителя и на него самого воздвиг гонение; святой Филипп безропотно отправился в ссылку и предпочел получить мученический венец, чем вызвать возмущение против Царской власти. В 1574 году Иоанн поставил над земщиной крещеного пленного татарского царя Симеона Бекбулатовича с титулом Великий князь Симеон всея Руси, назвав себя Московским князем Иваном, и, как обыкновенный подданный, писал челобитные: «Государю Великому князю Симеону Бекбулатовичу Иванец Васильев со своими детишками с Иванцем да с Феодорцем челом бьет, Государь, смилуйся, пожалуй». Через два года, однако, Иоанн Васильевич лишил Великого князя Симеона власти и сослал его в Тверь. Под конец жизни разделение Руси на опричнину и земщину было уничтожено Иоанном, все время не забывавшим, что отчиною его является не только все Московское Государство, но и части Руси во главе с Киевом, подпавшие под иностранное владычество. И находясь на высоте своего Царского величия, и отделяясь от власти, Иоанн оставался в глазах всего народа тем же прирожденным и Богом данным Государем, а все остальные власти существовали лишь пока это угодно было Царю. Иоанн хорошо сознавал, в чем заключаются сила и преимущество его власти. «Мы, смиренный Иоанн, Царь и Великий князь всея Руси по Божию изволению, а не по многомятежному человеческому хотению,» — писал он, побежденный Стефаном Баторием, своему победителю, выборному польскому королю. И в светлые, и в мрачные дни своего Царствования он всячески старался сохранить преемственность Русской Царской власти вне зависимости и влияния «многомятежных человеческих хотений».

Когда после смерти его первенца Димитрия в 1554 году у него родился сын Иоанн, то Иоанн Васильевич взял со своего двоюродного брата Владимира Андреевича запись, по которой князь обязывается после смерти Царя признавать Царем родившегося Царевича Иоанна и не отступать от него, хотя бы к этому подговаривал родной брат родившегося Царевича. Этим Иоанн Васильевич хотел у своих будущих детей отнять всякие возможности к выступлениям против старшего брата. В случае же смерти Царевича Иоанна и остальных Царских детей князь Владимир обязывался выполнять завещание Царя, сохраняя должное почтение к его вдове. В 1572 году Иоанн Грозный составил духовное завещание. В нем он благословлял сына своего Иоанна «Царством Русским, шапкой Мономаховою и всем чином Царским», а второму сыну Феодору оставлял удел в 14 городов, но и этот удел оставался частью Государства Московского. Феодор не только должен был во всем покоряться старшему брату, но и переносить его гнев и милость. Иоанн Грозный не оставил после себя потомства. Наследником сделался Феодор. Иоанн не считал его способным твердо держать скипетр, так как Феодор был более склонен к монашеской рясе, «чем Царской порфире». «Звонарем тебе быть, Федя, а не Царем,» — говаривал ему Царь Иоанн. Однако он не умалял его прав на престол по первородству.

Задумавши в 1582 году жениться на племяннице английской королевы, Иоанн хотел отпустить свою супругу Марию Нагую, так как считал полезным породниться с Английским королевским Домом и для этого можно было пожертвовать рабой, то есть подданной. Но посол должен был предупредить английскую королеву, что дети от нового брака получат лишь уделы, а Царем будет Феодор, потому что дело «иначе статься не может». Брак, впрочем, не состоялся, и Иоанн остался жить с Марией Феодоровной Нагой. От этого брака в 1582 году родился сын, как и скончавшийся маленький первенец Царя, названный Димитрием. Иоанн Васильевич предполагал учредить опеку на случай своей смерти, но все время оставался неизменен в мысли, что Царем после него будет Феодор. 18 марта 1584 года Иоанн Васильевич Грозный скончался, и старший из бывших в живых сыновей, Феодор, стал Царем.

Как только Царь Иоанн скончался, в народе распространился слух, быть может, из личных целей пущенный некоторыми боярами, что Царя Иоанна извел боярин Богдан Вельский, воспитатель маленького Димитрия, и что он хочет извести и Царя Феодора. Произошло волнение, и народ бросился в Кремль на защиту Царя. Волнение было прекращено тем, что Вельский был выслан в Нижний Новгород. Димитрию в удел дали Углич и послали его туда с матерью и дядьями. В России по всей земле было известно, что Царевич Феодор не любит светской жизни, и опасались, как бы он не отказался от принятия Царской власти. Поэтому вскоре съехались представители духовенства и населения, 4 мая состоялось заседание образовавшегося таким образом Земского Собора, который обратился к Феодору Иоанновичу с просьбой не откладывать венчания на Царство. На Вознесение 31 мая Царь Феодор венчался на Царство. Главным его боярином сначала был его родной дядя Никита Романович Захарьин, который управлял всеми делами. После его смерти в 1586 году Царь Феодор поручил правление государством своему шурину Борису Годунову, сам почти совершенно удалившись от государственных дел. Борис Годунов осуществлял, можно сказать, всю полноту Царской власти, лишь действуя от имени Царя. Детей у Феодора Иоанновича не было, и Наследником являлся подраставший в Угличе Царевич Димитрий. 15 мая 1591 года св. благоверный Царевич Димитрий был найден убитым в своем дворе. Среди народа распространился слух, что убийцы были подосланы Борисом Годуновым, желавшим сделаться самому Царем. Жители Углича, растерзавшие убийц, были строго наказаны, так как следственная комиссия, посланная из Москвы Годуновым, объявила, что Царевич зарезался сам и что растерзанные были невинные люди. Но этому сообщению не верили. В 1592 году у Царя родилась дочь Феодосия, но скоро умерла. В 1596 году скончался Царь Феодор Иоаннович, не объявив никого наследником. С его смертью пресекся род Великих князей и Царей Московских.