Выехав в Тверь, Московский Государь отдал Тверское Великое княжество своему старшему сыну Иоанну Иоанновичу, так как его мать, первая супруга Иоанна Васильевича, Мария Борисовна, была родной сестрой последнего Тверского Великого князя и, таким образом, Иоанн со стороны матери являлся потомком Тверских князей. Великий князь Иоанн старался и внутри Московского княжества сократить уделы. Два его брата умерли бездетными, и он большую часть их уделов присоединил к Великокняжеской области, дав остальным двум братьям лишь по несколько городов; братья должны были оказывать полную покорность, и когда один из них, Андрей, был заподозрен во властолюбивых стремлениях, то был с сыновьями своими посажен под стражу до смерти, и на все хлопоты об освобождении Иоанн, опасаясь смуты за наследство, отвечал: «Жаль мне брата, но освободить его не могу». Собрав в одно государство почти всю северо-восточную Русь, Иоанн простер свои взоры и на Русь, подпавшую польскому и литовскому владычеству, откуда стремились к нему бывшие удельные князья и народонаселение, предпочитая служить Православному Русскому Государю, чем чужеземному и иноверному. Литва принуждена была признать за Иоанном титул «Государя всея Руси».

По смерти первой своей супруги Иоанн Васильевич в 1472 году женился на племяннице последнего Византийского Императора Софии Фоминишне Палеолог и, как единственный православный Государь, возглавлявший громадное православное государство, сделался вместе с этим преемником Византийских Царей, защитником и покровителем всего православного мира. Как внешний знак этого, он принял Византийский герб, соединив его с Московским — св. Георгием Победоносцем, и в сношениях с иностранными государями стал именоваться Царем всея Руси и Императором, продолжая называться в актах внутреннего управления, по большей части, по-прежнему Великим князем. Наследником Иоанна III Васильевича считался его старший сын, Иоанн Молодой, рожденный от первого брака. Во избежание споров о престолонаследии, Иоанн III, по примеру своего отца, назвал и наследника Великим князем, и государственные дела решались от имени обоих Великих князей. В 1490 году Иоанн Молодой скончался. Возник вопрос, кто будет теперь наследником? После Иоанна Молодого остался сын Димитрий. Кроме того, у Иоанна Васильевича было 5 сыновей от брака с Софией, среди коих старшим был Василий. Со времени установления нового порядка престолонаследия подобного случая не было на Руси, и в данном случае нельзя было поступить «по старине». В то же время порядок престолонаследия не был установлен и регламентирован каким-нибудь законом, и Великому князю предстояло решить, внук ли Димитрий или сын Василий является его преемником по теперешнему порядку. Приближенные Иоанна разделились на сторонников того и другого, стремясь доставить престол наиболее желательному для себя кандидату. Верхи московского боярства не любили Софии, так как именно с ее приездом в Москву Русский Великий князь превратился в Самодержавного Государя, единолично решавшего все дела, и бояре потеряли свое прежнее влияние и приглашались на совет, лишь когда Великий князь того пожелает. Опасаясь влияния Софии и в случае воцарения сына ее Василия, они усердно поддерживали Димитрия. София Фоминишна убеждала своего мужа передать престол Василию. Великий князь Иоанн Васильевич, понимая, что, по принципу права первородства, после Иоанна Младшего наследником должен быть Димитрий, не поддавался на увещевания супруги и склонился на сторону прав внука.

Сторонники Софии стали убеждать Василия поднять восстание и погубить Димитрия, самому сделаться наследником. Заговор был открыт в декабре 1497 года. Главные заговорщики были казнены, а Василия Великий князь посадил под стражу; София тоже была в опале. В начале 1498 года Великий князь торжественно венчал внука на Царство. Это было первое венчание на Царство на Руси после Владимира Мономаха. Посредине Успенского собора было поставлено три седалища — для Митрополита, Великого князя и его внука. Сначала был отслужен молебен Богородице и святителю Петру, после чего Митрополит и Великий князь сели на свои места, а Димитрий стал перед ними. Великий князь сказал: «Отец Митрополит, Божиим изволением, от наших прародителей Великих князей старина наша оттоле и до сих мест; отцы наши Великие князья сыновьям своим старшим давали Великое княжение; и я было сына своего первого Ивана при себе благословил Великим княжением; но волею Божией сын мой Иоанн умер, у него остался сын первый Димитрий, и я его теперь благословляю при себе и после себя Великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским; и ты бы его, отец, на Великое княжение благословил». Митрополит приказал Димитрию стать на свое место и, возложивши на него руку, прочитал молитву о даровании ему Царства; потом, взяв приготовленные на аналое бармы и шапку Мономаха, передавал их Великому князю, а Великий князь возлагал их на внука. После многолетий, приветствий и поучений Митрополита и Великого князя, была отслужена литургия. При выходе Димитрия в шапке и бармах из церкви старший после Василия, его дядя Юрий, трижды осыпал его золотыми и серебряными деньгами.

Венчав внука на Царство, Великий князь Иоанн вскоре, однако, начал раскаиваться в своем поступке. Димитрий был безвольною и безхарактерною личностью, находившейся под полным влиянием матери, которая, в случае воцарения его, и сделалась бы фактической правительницей государства. Мать его, дочь молдавского господаря Елена, была главной покровительницей распространяемой тогда на Руси жидовской ереси, а ближайшими советниками ее были именитые бояре Ряполовский и Патрикеевы, весьма недовольные установлением на Руси Самодержавной власти и мечтавшие ограничить Великокняжескую власть боярами и по смерти Иоанна самим распоряжаться, пользуясь слабостью Царя.

В 1499 году Великий князь казнил Ряполовского, а Патрикеевы были пострижены в монашество. В то же время увещания Митрополита и горячая деятельность ревнителей Православия, возглавляемых святыми Геннадием, архиепископом Новгородским, и преподобным Иосифом Волоцким, заставили Великого князя переменить свой взгляд на жидовствующую ересь. Еще в 1494 году православным удалось добиться ухода на покой жидовствующего митрополита Зосимы и поставления в митрополиты строгого православного Симона. Но под влиянием княгини Елены Великий князь не придавал особого значения этой ереси. Теперь же Иоанн III стал понимать, какую опасность представляет эта ересь для Церкви и государства и какое зло может произойти, если у власти окажутся ее приверженцы. С другой стороны, если Димитрий по праву первородства был ближайшим наследником Российского Великокняжеского Престола, то Василий, по матери происходивший от Византийских Царей, имел преимущественное право на наследование герба, титула и преемства власти их — того, что особенно возвысило Московского Великого князя в глазах всего православного мира.