Знак пробела. О будущем гуманитарных наук. М.: Новое литературное обозрение, 2004. 864 с.
The Transformative Humanities: A Manifesto. New York and London: Bloomsbury Academic, 2012. 318 p.
От знания – к творчеству. Как гуманитарные науки могут изменять мир. М.-СПб.: Центр гуманитарных инициатив, 2016. 480 с.
Проективный словарь гуманитарных наук. М.: Новое литературное обозрение. 2017. 612 с.
Философия возможного. Модальности в мышлении и культуре. СПб.: Алетейя, 2001. 334 с.
The Philosophy of the Possible: Modalities in Thought and Culture. Boston, Leiden et al: Brill Academic Publishers, 2019, 300 pp.
Проективный философский словарь: Новые термины и понятия. СПб.: Алетейя, 2003 (соредактор с Г. Л. Тульчинским, автор предисловия и 90 статей). 512 с.
The Phoenix of Philosophy: Russian Thought of the Late Soviet Period (1953–1991). New York and London: Bloomsbury Academic, 2019, 296 pp.
Религия после атеизма. Новые возможности теологии. М.: АСТ-пресс, 2013. 416 с.
Новое сектантство. Типы религиозно-философских умонастроений в России 1970–1980-х гг. Самара: Бахрах-М, 2005, 256 с.
Cries in the New Wilderness: from the Files of the Moscow Institute of Atheism. Trans. and intr. by Eve Adler, Philadelphia: Paul Dry Books, 2002. 236 p.
Russian Spirituality and the Secularization of Culture. New York: Franc-Tireur USA, 2011. 154 p.
Transcultural Experiments: Russian and American Models of Creative Communication (with Ellen Berry). New York: St. Martin’s Press, 1999. 340 p. (of 23 chapters, 16 are written by Mikhail Epstein).
After the Future: The Paradoxes of Postmodernism and Contemporary Russian Culture. Amherst: University of Massachusetts Press, 1995. 392 p.
Все эссе: В 2 т. Т. 1. В России (1970–1980-е); т. 2. Из Америки (1990–2000-е). Екатеринбург: У-Фактория, 2005. 544 с. + 704 с.
Амероссия. Избранная эссеистика / Amerussia. Selected Essays (серия «Параллельные тексты», на русском и английском). М., Серебряные нити, 2007. 504 с.
Парадоксы новизны. О литературном развитии XIX–XX веков. М.: Советский писатель, 1988. 416 с.
Постмодерн в русской литературе. М.: Высшая школа, 2005. 495 с.
Ирония идеала: Парадоксы русской литературы. М.: Новое литературное обозрение, 2015. 384 с.
Поэзия и сверхпоэзия. О многообразии творческих миров. СПб.: Азбука, 2016. 480 с.
Russian Postmodernism: New Perspectives on Post-Soviet Culture (with Alexander Genis and Slobodanka Vladiv-Glover). New York, Oxford: Berghahn Books, 2016. 578 p.
Философия тела. СПб.: Алетейя, 2006. 194 с.
Любовь. М.: РИПОЛ классик, 2018. 568 с.
Relativistic Patterns in Totalitarian Thinking: An Inquiry into the Language of Soviet Ideology. Kennan Institute for Advanced Russian Studies, Occasional Paper, No.243. Washington: The Woodrow Wilson International Center for Scholars, 1991. 94 p.
PreDictonary: An Exploration of Blank Spaces in Language. San Francisco: Atelos, 2011. 155 p.