Аппарат правительства был одним из важнейших элементов госуправления: он координировал и контролировал работу ведомств, а также выступал арбитром в конфликтах между ними. Политический кризис и управленческая чехарда, начавшиеся с отставкой Черномырдина в марте 1998 года, привели к его дезорганизации. К приходу Шувалова он на глазах утрачивал даже минимальный профессионализм, будучи открытым разного рода случайным (в том числе, вероятно, и коррупционным) воздействиям извне.
Восстановление его дисциплинированности и профессионализма было необходимо.
Не имея своей «команды» и будучи стеснен в кадровых изменениях (большинство серьезных сотрудников аппарата имело политическую поддержку), Шувалов, подобно многим великим, превратил свою слабость в источник силы, провозгласив проведение коренных изменений за счет четких правил, а не смены людей, введя строгий регламент деятельности и жестко формализовав процедуры работы. Он даже заставил всех сотрудников аппарата сдать экзамен на знание собственных прав и обязанностей (нечто подобное сделал Чубайс, возглавив в 1996 году администрацию президента).
Жесткость Шувалова, по рассказам аппаратчиков, часто переходившая в обыкновенное хамство, породила множество легенд.
Так, заверения, что он создал в Белом доме единую компьютерную базу, странны, так как электронная система работы с документами существовала уже в 1998 году (и эффективно использовалась лоббистами «Газпрома» для борьбы с направленными против него инициативами). Нормальная же электронная почта и доступ в Интернет отсутствовали у ряда сотрудников (включая секретариат премьера) и после ухода Шувалова из Белого дома.
Вероятно, что в пропагандистских целях он действительно лично отлавливал на проходной опоздавших чиновников, – но это имело место едва ли не один раз. Заверения же, что он заставлял опоздавших цитировать Конституцию, смехотворны, так как даже сейчас (и тем более тогда) большинство чиновников не сможет сделать этого даже под страхом смерти.
Шувалов отнюдь не был «лютым зверем» и, наводя порядок, старался улучшить быт сотрудников: так, добился открытия во внутреннем дворе здания правительства комфортабельного кафе «Восточный дворик». Но, поскольку жесткий контроль за рабочим временем и общее психологическое давление никто не отменял, сотрудники сочли это провокацией для выявления недисциплинированных. В результате они предпочли ходить в обычные буфеты, а кафе угасло без посетителей.
Заслуга Шувалова – повышение дисциплинированности и эффективности аппарата правительства, который стал под его руководством самостоятельной силой, противостоящей не только министрам, но и премьеру. В итоге, не имея возможности самому стать премьером, он после жесткого конфликта с Касьяновым был вынужден уйти, уступив свой пост руководителю секретариата премьера.
В июне 2003 года Шувалов стал помощником президента В.В. Путина, а в октябре – заместителем руководителя его администрации.
Он сформулировал «презумпцию избыточности государственного вмешательства», ставшую идеологическим обоснованием отказа государства от целого ряда своих неотъемлемых обязательств.
Помимо «курирования проблематики удвоения ВВП», борьбы с бедностью и военной реформы, он готовил административную реформу, которая должна была стать реформой прежде всего правительства и, вероятно, позволила бы ему вернуться в Белый дом «на белом коне».
Обеспечив дисциплину и наведя минимальный порядок в аппарате правительств, Шувалов демонстрировал, тем не менее, феноменальную управленческую безграмотность, пытаясь, например, создать формализованный механизм количественной оценки эффективности деятельности каждого чиновника «по личному вкладу в общий результат». Этот менеджерский аналог создания «вечного двигателя» отвлек на себя колоссальные силы и способствовал управленческой катастрофе 2004 года, когда безграмотная административная реформа была реализована после отставки Касьянова и парализовала правительство (сорвав среди прочего введение общей валюты с Белоруссией и переориентировав ее на вынужденное пестование собственного патриотизма).
После панического увольнения Касьянова в феврале 2004 года в результате разоблачения «заговора Березовского» Шувалов рассматривался в качестве кандидата в премьеры, но на фоне Фрадкова показался неприемлемо самостоятельным и способным создать свой политический ресурс. В конце 2004 Шувалов сменил Илларионова на посту представителя президента в «большой восьмерке».
Шувалов рассматривался как возможный преемник Путина в 2008 году, но окончательный выбор делался между Медведевым и С. Ивановым, которые, как отмечали СМИ, не выдвигали условий выдвижения в президенты, – похоже, в отличие от Шувалова, что показывает как его амбициозность, так и неадекватность.
Медведев хотел назначить Шувалова главой своей администрации, но тот прозорливо предпочел стать первым заместителем Путина в правительстве. Он курировал широкий ряд вопросов экономической политики, в которой разбирался как предельно идеологизированный юрист либеральных взглядов. Именно он в апреле 2010 года заявил об отказе России присоединяться к ВТО в составе Таможенного союза и указал на необходимость этого присоединения до создания общего рынка с Белоруссией и Казахстаном; именно он, когда для Запада возникла угроза реинтеграции постсоветского пространства вокруг России с ее отказом от ВТО, форсировал ее присоединение к ВТО. В результате кабальных условий этого присоединения рост ВВП резко затормозился, инвестиционный рост сменился спадом, но зато неприемлемая для Запада интеграция постсоветского пространства вокруг России столкнулась с новыми трудностями.
В сентябре 2011 года после отставки Кудрина (с которым Шувалов конфликтовал с 2006 и которого в 2007 обвинил в неисполнении обязательств по стабильности налоговой системы) Шувалов стал полностью курировать весь экономический блок правительства.
На выборах в Госдуму он возглавлял список «Единой России» по Приморью (так как с 2008 года возглавлял правительственную комиссию по развитию Дальнего Востока, Забайкальского края, Бурятии и Иркутской области), но затем отказался от поста спикера Госдумы, предпочтя сохранить дающий реальную власть пост вице-премьера и в правительстве Медведева.
В 2012 году выступил с идеей регулирования единым органом всех финансовых рынков. Идея «мегарегулятора» была реализована в июле 2013 управленчески наихудшим образом – включением Федеральной службы по финансовым рынкам в Банк России, что лишило правительство возможности влиять на финансовую систему.