Дефолт стал не только экономической, но и идейной, ценностной катастрофой: поколение менеджеров и предпринимателей, сформировавшееся в конце 80-х и в 90-е годы в рамках либеральной идеологии, столкнулись с ее лживостью и разрушительностью. Либерализм утратил свою социальную базу, погрузив исповедовавших его в отчаянную борьбу за выживание.
В схожем положении оказалось и олигархическое сообщество. Ограничение правительством Е.М. Примакова и Центробанком В.В. Геращенко спекуляций и угроза расследования преступлений прошлого сделали их врагами олигархии. Березовский отреагировал на это наиболее остро и бросился в атаку, возглавив кампанию по дискредитации правительства Е.М. Примакова, не сознавая, что делает это ценой еще большей дискредитации себя.
13 ноября он опубликовал открытое письмо директору ФСБ В.В. Путину, в котором заявил о подготовке покушения на свою жизнь якобы по поручению прежнего руководства Управления ФСБ по борьбе с оргпреступностью. Через 4 дня сотрудники этого управления в масках провели показанную ОРТ пресс-конференцию, подтвердив, что получили приказ убить Березовского и Хусейна Джабраилова, брата известного чеченского бизнесмена, и обратились к обществу с просьбой защитить их от преступного руководства. Единственный выступавший без маски связанный с Березовским подполковник ФСБ Литвиненко (тогда известный в узких кругах склонностью к садистским пыткам предпринимателей, не хотевших платить дань ему и его покровителям) сообщил о подготовке покушения на высокопоставленного налоговика.
Это было частью кампании по дискредитации и дезорганизации новой власти, которой оказался Е.М. Примаков в ситуации недееспособности Ельцина и испуганности его окружения, но ответ последовал уже через две недели.
27 ноября в Интернете были размещены 18 документов, в основном связанных с борьбой Березовского за «Связьинвест», но и обвиняющих его в убийстве Старовойтовой (мол, та шантажировала его угрозой разоблачения его связи с аферистом Лернером). Там же сообщалось о создании в 1994 году спецподразделения ФСБ, охранявшего Березовского. Это было первым размещением в Рунете политического компромата.
В январе 1999 года было сообщено о наличии у Березовского личной спецслужбы – частного охранного предприятия «Атолл» (впервые о нем стало известно в августе 1996 из-за задержек Березовским зарплаты), занятой как минимум слежкой и сбором компромата на его врагов и партнеров. Шпионаж «Атолла» за членами «семьи» Ельцина (и то, что Березовский мог быть в курсе их действий и склонностей), не прибавило ему популярности в ней.
По словам руководителя «Атолла», работавшего с Березовским с 1994 года (что позволяет предположить, что «Атолл» и был созданным для его охраны спецподразделением ФСБ), тот потратил на его создание 3,5 млн. долл. Содержание обходилось в 300–400 тыс. долл, в месяц, в том числе 100 тыс. шло на агентуру. С 1995 «Атолл» записывал все разговоры в доме приемов «ЛогоВАЗа», где собиралась связанная с Березовским часть элиты страны (возможно, разговоры записывались и до того, но другими его людьми). В ходе одного из конфликтов Березовского и Гусинского каждый из них, похоже, отдал своей спецслужбе приказ убить конкурента, но их руководители договорились не развязывать войну на уничтожение; возможно, слепое исполнение ими приказа избавило бы страну от многих бед.
Генпрокуратура возбудила уголовное дело и провела безрезультатную серию обысков в «Атолле», но Березовский, перепугавшись, спрятался в Швейцарии и избавился от него, сначала сократив, а затем и прекратив его финансирование. В результате свою политическую деятельность он продолжил без глаз и рук, что еще более снизило ее эффективность и разумность.
В ходе нарастающего скандала Ельцин в начале марта уволил Березовского с поста исполнительного секретаря СНГ «за регулярные действия, выходящие за рамки полномочий… и невыполнение поручений председателя Совета глав государств СНГ» (то есть самого Ельцина).
2 апреля 1999 года лидеры стран СНГ утвердили отставку, а уже 6 апреля генпрокуратура вынесла постановление о заключении под стражу Березовского и его помощника, заместителя гендиректора «Аэрофлота» Глушкова. 14 апреля это решение было отменено, но дело продолжалось.
Следователи считали, что два заместителя гендиректора (Глушков и Красненкер, в СССР писавший для Березовского диссертации «на заказ») и главный бухгалтер Крыжевская «ввели в заблуждение» гендиректора маршала Шапошникова, убедив его сосредоточить 80 % свободных валютных средств «Аэрофлота» на счетах швейцарской фирмы Andava, среди основных акционеров которой были Березовский и Глушков. Только в 1996–1997 годах через нее прошло 252 млн. долл., из которых около 40 млн. были украдены. Обвинения против Березовского были выделены в отдельное дело, а «дело "Аэрофлота"» закончилось лишь в 2004: обвиняемые были признаны виновными в нетяжких преступлениях и отпущены как отбывшие наказание или по амнистии. В 1999 году скандал достиг такой интенсивности, что его гендиректор Окулов специально заявлял, что у Березовского «нет ни одной акции "Аэрофлота"» и называл его контроль «мифом». Благодаря замене руководства это уже было так.
Испугавшись расследования и заявлений Е.М. Примакова о необходимости борьбы с криминалом, Березовский напряг все свои возможности – как по влиянию на «семью», так и по медийной дискредитации премьера. Он уже не осознавал, что из закулисного манипулятора сам превратился в простое орудие против Е.М. Примакова в руках тех, кого привык считать пешками своей гениальной игры.
Окружение Ельцина смертельно боялось пользовавшегося почти всеобщей поддержкой премьера. Когда делегация во главе с Ю.Д. Маслюковым договорилась с МВФ (благодаря титаническим усилиям прежде всего зампреда Центробанка Т.В. Парамоновой и Министра финансов М.М. Задорнова), дав Е.М. Примакову поддержку и России, и Запада, Ельцин уволил его как опасного конкурента. Березовский приписал эту победу себе, но решение было принято хотя и в соответствии с его мольбами, но без его участия.
После отставки Е.М. Примакова в едва оправившейся от дефолта стране начался политический кризис. Либеральные реформаторы бросились обратно во власть, – а Березовскому, так сильно ударившему по ним после «Связьинвеста», места уже не было.
Похоже, он принял участие в хаотичной грызне за выбор преемника уже не способного управлять страной Ельцина, сорвав освобождение генерала МВД Шпигуна, которое должно было состояться 12 июня 1999 года. Это ослабило позиции премьера Степашина, а Шпигун, в котором отпала надобность, был после долгих мытарств убит чеченскими бандитами.
Березовский начал подготовку к парламентским выборам и к разрешению нараставшего политического кризиса усилением медиаресурсов.
Еще весной 1999 года он купил 37,5 % акций МНВК «ТВ-6 Москва», в создании которой участвовал после краха ГКЧП, доведя свою долю до 75 %. В июле купил издательский дом «Коммерсантъ», выпускавший наиболее влиятельную тогда деловую газету и ряд эффективных еженедельников. Формально издательский дом принадлежал его учредителям-журналистам, но, похоже, к дефолту 1998 года попал под контроль владельца банка СБС-АГРО Смоленского, потерявшего в результате дефолта свой бизнес и влияние. (В 2004 Фридман рассказал, что Березовский угрожал ему, когда он собрался дать кредит журналистам «Коммерсанта», хотевшим выкупить его; Березовский оспорил это заявление и отсудил в Лондоне 50 тыс. фунтов ущерба репутации и 1,5 млн. фунтов судебных издержек.)
К концу 1999 года медиа-группа Березовского, не оформленная официально, включала телеканалы ОРТ и ТВ-6, «Наше радио», «Независимую газету», «Новые известия», ИД «Коммерсантъ» (издававший, помимо газеты, журналы «Власть», «Деньги», «Домовой» и «Автопилот»), самостоятельный тогда журнал «Огонек», и малоизвестные газеты «Свежий номер» и «Московская комсомолка».
Перед выборами Березовский придумал и навязал «семье» Ельцина, перепуганной отсутствием перспективы и очевидной силой губернаторов, объединявшихся вокруг Лужкова и Е.М. Примакова в блок «Отечество – Вся Россия», идею создания новой «партии власти» – не идеологизированного, объединяющего авторитетных в стране людей предвыборного блока "Мужики". Итоговое название «Единство» впоследствии трансформировалось в «Единую Россию».
«Семья» и реформаторы были тогда полностью деморализованы и готовы за малые обещания сдать власть Лужкову, но Березовский, страдавший от гепатита и практически находясь в бреду, переломил ситуацию.
Его пути вновь разошлись с Гусинским, считавшим губернаторов единственной реальной силой и потому поддержавшим через НТВ Лужкова и Е.М. Примакова. Березовский же видел разрозненность, а главное – глубочайшую, вплоть до психологической, зависимость «губернаторской вольницы» от федерального центра и ее готовность подчиниться любым, сколь угодно слабым, но демонстрирующим уверенность его представителям. Поэтому Березовский приложил силы для формирования «Единства», а главное – превратил ОРТ в инструмент информационной войны против Лужкова и Е.М. Примакова. Фраза Доренко, его «телекиллера» того времени, «Казалось бы, при чем здесь Лужков?» обогатила русский язык, а Е.М. Примакова довели до того, он в прямом эфире позвонил, чтобы пожаловаться на информационный беспредел и выплеснуть свои чувства, в аналитическую программу поддерживающей его НТВ.
В августе 1999 года, когда банда Басаева вторглась в Дагестан, а в России начали взрывать жилые дома, взошла звезда директора ФСБ В.В. Путина. Рассмотрев всех мыслимых «политических тяжеловесов» того времени (на поверхности в этой роли побывали Аксененко со Степашиным), «семья» и обе враждующие олигархические группировки (Чубайса и Березовского), схватились за него, как за соломинку. Березовский, похоже, наравне с Чубайсом и «семьей» стал одной из главный движущих сил, продвигавших В.В. Путина в президенты (правда, его заявления о финансировании кампании В.В. Путина были ложью; насколько можно судить, этим занимался Абрамович).
Его отчаянные и бездоказательные обвинения последующих лет в том, что «ФСБ взрывает Россию», позволяют предположить, что он знал больше, чем говорил, – но не мог поделиться своим знанием. Его связи с боевиками не позволяют допустить, что он мог находиться в стороне от организации рейда Басаева и взрывов домов в Москве, а влияние на ФСБ могло быть использовано для отдачи приказов ее представителям. Тогдашние слухи, что именно Березовский дал Басаеву деньги «на войну», были подкреплены Ахматом Кадыровым, утверждавшим, что накануне вторжения в Дагестан Березовский дал Басаеву миллион долларов «для укрепления дружбы между народами».
А до того, по словам боевика Арсанова, «вице-президента Ичкерии» при Масхадове, Березовский передавал Басаеву 2 млн. долл, на «восстановление завода в Чири-Юрте»…
Консолидация общества вокруг власти в противодействии террору обеспечила победу «Единства» и отодвинула «Отечество – Всю Россию» на третий план. Но для подавления губернаторской вольницы «Единство» вступило в союз с КПРФ, – и, лишь поглотив с ее помощью «Отечество», вернуло КПРФ в положение оппозиции.
Теракты объединили общество и сделали его символом и.о. премьера В.В. Путина, который политически выразил его стремление к самоуважению и порядку после долгих лет кромешного хаотического воровства.
Естественно, что их символ – Березовский – не мог прийтись «ко двору», хоть В.В. Путин и считал его «неординарным и творчески мыслящим человеком, с которым полезно периодически общаться».
Но это было впереди, а в октябре 1999 года Березовский пошел в Госдуму по одномандатному округу Карачаево-Черкесии. Встречаясь с избирателями, он на голубом глазу заявил: «Мой христианский долг – построить вам мечеть!» В ноябре с него были официально сняты обвинения по «делу "Аэрофлота"», и в декабре он стал депутатом.
В парламентские группы не входил, в декабре записался в комитет по международным делам, но влияния на принятие решений уже не имел: его власть ушла вместе с Т. Дьяченко, способной вертеть Ельциным.