Все ганзейские города, за исключением Висбю, Кракова и шведских городов, находились на территории либо Священной Римской империи, либо Тевтонского ордена. Еще в XIV в. ганзейцы называли себя «купечеством Римской империи Германии». Но на деле Ганза и Священная Римская империя были двумя различными политическими образованиями, которые сделали лишь несколько робких и недолговечных попыток действовать согласованно.
Правда, в самом начале Лотарь III, и особенно Генрих Лев, который был наместником императора Священной Римской империи на севере Германии, откровенно поощряли немецкую торговую экспансию на Балтике. Привилегии, дарованные Любеку Фридрихом I и Фридрихом II, тоже можно считать доказательством положительных сдвигов в том направлении. Но после ослабления имперской власти на севере Германии в середине XIII в. императоры сосредоточили все свои силы на восстановлении своей власти на юге Германии. Ганза действовала независимо от них. Более того, взяв на себя ответственность за защиту немецкой торговли в Северной Европе, заняла их место. Когда же император Священной Римской империи вмешивался в дела на Севере, он выступал скорее как правитель имперских городов, а не как император. Правда, имперских городов в тех краях было очень мало. Если не считать Любека, таковыми можно назвать только Дортмунд, Гослар и, чуть дальше, Нордхаузен и Мюльхаузен в Тюрингии.
В Средние века только один император, Карл IV Люксембургский, выказывал по отношению к Ганзе истинный интерес. В начале своего правления он проявлял скорее враждебность, чем дружелюбие. Он отказался поддерживать Ганзу в войне с датчанами. Немало беспокойства вызвала и статья в Золотой булле, которая запрещала образование городских союзов. Но его отношение изменилось после победы ганзейцев над Данией. В 1375 г. он лично поехал в Любек и пробыл там десять дней, председательствуя на заседании городского совета и называя членов городского совета «господами». Похоже, он планировал укрепить связи Ганзы и Священной Римской империи, о чем свидетельствовали приобретение им Лужицы и марш на Бранденбург. Возможно, он собирался вести более активную политику на севере Германии, которая в экономике проявлялась в более тесных отношениях между Богемией, Северным морем и Балтикой через Эльбу. Любек как будто не слишком тепло отнесся к подобным планам. Как бы там ни было, после смерти Карла IV три года спустя о его замыслах забыли. Никто из его преемников не пытался воплотить их в жизнь. Второй раз император удостоил Любек своим приездом лишь через 500 лет – речь идет об императоре Вильгельме I.
В XV в. император Сигизмунд также вмешивался в ганзейские дела, но только как посредник в ссоре Любека и Ганзы.
Конфликт разгорелся после того, как городской совет Любека проявил враждебность к патрициату. Мир был восстановлен, но дальнейшего сотрудничества не случилось. Позже Сигизмунд обращался к Ганзе за помощью против гуситов, но сам он никогда не думал поддерживать Ганзу в чем-либо. Наконец, в XVI и XVII вв. Габсбурги пытались сделать Ганзейский союз партнером в своей (совместно с Испанией) европейской политике. Но ганзейцы проявили нежелание принимать участие в их планах, особенно потому, что к тому времени политическое положение осложнилось религиозными разногласиями. Поэтому, вероятно, можно сказать, что за много веков Священной Римской империи и Ганзе так и не удалось сотрудничать.
Поскольку все ганзейские города находились на территории, подвластной какому-либо светскому или духовному правителю, и формально подчинялись ему, одной из главных проблем, которую приходилось решать Ганзе, оставалась проблема отношений города и местного правителя. В XIII и XIV вв. курфюршества были еще так слабы, что не могли препятствовать развитию городов или успешно противостоять образованию городских союзов. Главная сила городов заключалась в их богатстве. Оно позволяло предоставлять займы правителям, у которых всегда не хватало денег, а в обмен получать атрибуты независимости, среди прочего право взимать пошлины и рыночные сборы, возводить укрепления и судить преступников. Почтение, выказываемое местному правителю, обычно уравновешивалось признанием привилегий. Граф, курфюрст или герцог мог въезжать в тот или иной город, лишь подчиняясь строгому протоколу. Иное положение наблюдалось лишь во владениях Тевтонского ордена. До сражения при Танненберге (1410) прусские города находились в довольно плотном подчинении у великого магистра и могли проводить в жизнь решения Ганзы только с его одобрения.
Начиная со второй половины XIV в. постепенное укрепление власти местных правителей нарушило прежнее равновесие. Курфюрсты, графы и герцоги делали все, что в их силах, чтобы вернуть свою власть над почти независимыми городами. Они пытались навязать городам экономическую политику, которая благоприятствовала бы их собственным интересам. Подобная политика зачастую противоречила отношениям отдельных городов с Ганзейским союзом. Из-за этого возникали многие запутанные конфликты, иногда связанные со сходными спорами в Нидерландах и на юге Германии. В 1388 г., после сокрушительного поражения Швабского городского союза, архиепископ Кёльна напал на Дортмунд, хотя решающего успеха не достиг. И в 1396 г. герцог Брауншвейгский при поддержке герцога Мекленбургского совершил неудачную попытку силой овладеть Люнебургом, которому помогали Любек, Гамбург и несколько саксонских городов. Сознавая всю степень угрозы, ганзейские города старались обороняться против амбиций правителей. Но как мы уже видели, попытка укрепить Ганзу с помощью tohopesate, военного и политического союза, почти не имела практического результата. Более эффективными оказались региональные союзы, особенно союзы вендских и саксонских городов. Такие союзы часто прибегали к оказанию военной или финансовой помощи любому городу, подвергшемуся нападению местного правителя. Кроме того, правители не допускались к разрешению любого спора между городами.
К счастью для городов, солидарность между местными правителями была не больше, чем между городами. В 1443 г. король Дании, герцоги Мекленбурга и Брауншвейга и маркграф Бранденбурга собрались вместе, стараясь придумать, как подчинить себе города, но никаких совместных действий они не предприняли. Особенно ожесточенной борьба стала ближе к середине XV в., когда правители достигли некоторых успехов. Самым значительным стал успех маркграфа Бранденбурга, который вынудил города, находящиеся в его владениях, особенно Берлин и Франкфурт-на-Одере, выйти из Ганзы. На западе герцог Гелдерна в 1466 г. захватил Арнхайм. Однако, несмотря на резкое отставание в военной сфере, города обычно выходили из таких нападок победителями. Начиная с 1440 г. прусские города объединились со знатью против нападок Тевтонского ордена; в результате великий магистр Пауль фон Руссдорф вынужден был подать в отставку. Такое унижение влиятельного владыки имело далекоидущие последствия. Штеттин, с помощью вендских городов, отразил нападение маркграфа Бранденбурга. На западе архиепископу Кёльнскому, несмотря на огромные усилия, так и не удалось захватить Зост (1444–1447). Однако самым ярким символом поражения местных правителей и победы городов стало поражение Карл а Смелого, союзника крупнейших немецких князей, под стенами Нойса.
Тем не менее совершенно ясно, что такие битвы против местных правителей в XV в. в отдаленной перспективе очень вредили ганзейским городам. Некоторым из них, например Дортмунду и Брауншвейгу, понадобилось много времени, чтобы оправиться от разрушений. Почти все города были ослаблены из-за значительных расходов, которые шли на строительство укреплений и выплаты наемникам. Их влияние резко сократилось, а влияние правителей, наоборот, усилилось. Последние развивали не только военную мощь, но и экономическое могущество, взяв в свои руки торговлю зерном и контролируя рынки сельскохозяйственной продукции. Очевидно, что одной из важнейших предпосылок для упадка Ганзы в XV в. стала изнурительная борьба городов против местных правителей.