Когда преподобный Сергий Радонежский в 1363 году приходил на родину для примирения ростовских князей с великим князем, два пустынножителя, Феодор и Павел, просили у богоносного старца благословения для устройства обители и указания места. Первый из них пришел из Новгородской стороны в Черный лес на реке Устье, построил себе из хвороста хижину, а на большой дороге, из Белозерска в Москву, повесил на дереве кузовок, чтобы принимать от проходящих милостыню для своего пропитания. Проходящие усердно клали в этот кузовок хлеб и «овощие». Феодор жил, как птица небесная, без забот о земном, проводя время в молитвах. Спустя три года пришел к нему Павел, и оба старца вместе обратились к великому отцу пустынножителей, бывшему тогда в Ростове. Преподобный Сергий избрал прекрасное местоположение на берегу реки Устьи, в 15 верстах от города, и сказал пустынникам: «Призри Бог и Пресвятая Богородица на место сие. Великие страстотерпцы Борис и Глеб будут помогать вам; обстроится обитель и станет известна». С того времени старцы-пустынники постоянно пользовались советами и наставлениями великого аввы и с благословения Ростовского святителя Игнатия приступили к построению монастыря Борисоглебского. Во время постройки, когда оба старца, утрудившись в работе, легли отдохнуть на траве, им предстали два светлых воина, вооруженных и украшенных царскими багряницами. Воины сказали старцам: «Трудитесь с верою на месте сем; Бог и Пречистая Богородица не оставят вас, и мы неотступны будем от места сего на помощь вам». Подвижники проснулись и пали к ногам явившихся, а между тем воины стали невидимы; только слышан был голос. «Я Роман», — сказал один. «А я Давид», — сказал другой (имена, данные при крещении святым страстотерпцам Борису и Глебу). Это явление весьма ободрило строителей, и после того число братии в новой обители значительно увеличилось. Братия упросили Феодора быть игуменом. Феодор после недолгого настоятельства поручил обитель сотруднику своему Павлу, а сам удалился сначала на берег Кубенского озера, а потом на устье реки Ковжи, где основал новый монастырь во имя святителя Николая. Предузнав кончину свою, блаженный старец возвратился в Борисоглебскую обитель, где и преставился 22 октября 1410 года. Вскоре после него скончался и преподобный Павел.

Борисоглебский, что на Устье, второклассный монастырь замечателен по громадным постройкам, воздвигнутым в конце XVI века усердием царя Иоанна Васильевича Грозного. Каменная ограда до 15 аршин вышиной, а в окружности около версты, с 14 башнями и множеством бойниц, огромные храмы, высокая одноярусная колокольня — все это напоминало прежнее богатство обители. Мощи преподобных Феодора и Павла почивали под спудом в соборном храме монастыря.

Монастырь стоял на горе и был окружен с одной стороны рощей, с другой — живописными извилинами р. Устьи и обширными слободами, принадлежавшими некогда графу Панину.

Ковжинский Николаевский монастырь находился в 40 верстах от города Белозерска, на устье реки Ковжи, впадающей в Белое озеро. Строение в нем было все деревянное. По ветхости и бедности он упразднен еще до учреждения штатов (то есть ранее 1763 года).