Преподобный Иона был родом из селения Шокши, находящегося в 16 верстах к северу от основанной им Яшезерской пустыни. Местность, в которой стоит Яшезерская обитель, представляет собой каменистую пустыню. Начало основания обители было положено преподобным Ионой в конце царствования Иоанна Васильевича Грозного (1533-1584). Тогда устроена была в монастыре деревянная церковь в честь Благовещения Пресвятой

Богородицы с приделом во имя святителя Николая Чудотворца. Около того же времени к преподобному Ионе собралось восемь человек братии, чтобы разделить его пустынные труды и подвиги.

Много трудился преподобный Иона над устроением обители. Своими руками выкопал он канаву из Яшезера в соседнее озеро Сенное для большего удобства рыбной ловли. По нуждам обители и ради ее пользы преподобный ездил верхом на лошади по глухим тропинкам окрестностей. Хранятся и доныне в монастыре две дорожные верховые кожаные сумы преподобного Ионы. Сам подвижник вытачивал из дерева некоторые сосуды, употребляемые при богослужении. Напоминанием о таких трудах его служит выточенный им из карельской березы ковш для употребления под теплоту, также хранящийся в обители.

Слава, которую стяжал преподобный Иона святостью жизни и неусыпным попечением об устроении обители, привлекла знатных покровителей и вкладчиков. В Яшезерскую пустынь при жизни преподобного жаловали различные предметы, чаще всего богослужебные книги: великая государыня инокиня Марфа Иоанновна, царь Василий Иоаннович Шуйский (1606-1610), кроме книг наделивший обитель пашенными, сенокосными, лесными и рыболовными угодьями.

Прп. Иона заслужил трудами и подвигами своими любовь и уважение от Соловецких игуменов Иакова (1581-1597) и прп. Иринарха (1613-1626; память 17/30 июля), а также от митрополита Новгородского Исидора (1603-1619), много также жертвовавших в бедную пустынную обитель. В 1628 году в Яшезерском монастыре было уже два храма: прибавилась теплая с трапезной церковь в честь Преображения Господня.

Время кончины преподобного Ионы точно не известно. Вероятно, она последовала в конце XVI или в начале XVII столетия. Мощи святого почивают под спудом в часовне под монастырской колокольней. Память его совершается местно.

О преподобне и богоносне отче наш Ионо! Ты, поработати Господеви желая, зде вселился еси, и неленостно во трудех, во бдениих, в молитвах и постех подвизался еси, и был еси наставник монашествующим, всем же людем учитель ревностный. Ныне убо, по отшествии твоем от земных, небесному Царю предстоя, моли благость Его, еже ущедрити место селения нашего, святой храм сей, идеже духом любве твоея неотступно пребываеши, и всем людем твоим, с верою к тебе припадающим, во благая прошения их исполнити. Испроси у Милостиваго Господа нашего, да низпослет нам обилие благ земных, паче же яже на пользу душ наших да дарует нам, и скончати житие сие привременное в покаянии да сподобит, в день же судный деснаго предстояния и наслаждения во Царствии своем да устроит во веки веков. Аминь.