Практически одновременно с направленными против англичан поставками русского оружия в Пекин на русско-китайской границе в районе Синьцзяна произошло несколько вооружённых столкновений между русскими и маньчжурскими пограничными частями. Это политическое «раздвоение личности» станет первым, но далеко не последним в сложных русско-китайских взаимоотношениях.

Стычки на границе в глухом углу Средней Азии, где спустя ровно век произойдут аналогичные столкновения коммунистов из КНР и СССР, начались после перехода в российское подданство племён Южного Казахстана и Киргизии, что привело к непосредственному соприкосновению в данном регионе границ двух огромных империй.

Маньчжуры, некогда завоевавшие Восточный Туркестан в тяжелейшей борбе с джунгарами, крайне трепетно относились к своему влиянию на размытых границах Синьцзяня. И даже жестокая гражданская война с тайпинами и явная военная слабость не удержали их от попыток силовой демонстрации против новоявленного русского соседа.

14 июня 1863 года произошёл первый вооружённый конфликт на речке Борохудзир – притоке реки Или, на территории современного Восточного Казахстана, не так далеко от современной Алма-Аты. Цинские пограничники атаковали казачий отряд капитана Александра Голубева, производившего топографические измерения на новой границе.

В этот день русский капитан получил от командира цинского пикета приглашение приехать в гости. Однако, как только русские офицеры и конвой оказались возле цинского поста, по ним была открыта стрельба.

Возглавлявший русскую делегацию поручик Антонов был смертельно ранен, но, согласно донесению, «пробился к своему отряду, где умер на следующий день». Четверо человек из русского отряда были убиты и несколько ранены, трое казаков попали в плен. На другой день, 15 июня, нападению цинских войск подверглись уже основные силы отряда, и капитан Голубев, опасаясь окружения, вынужден был отступать, сдерживая атаки противника сильным ружейным огнем.

Ожесточённые стычки продолжались несколько дней. Подтянув подкрепления, в том числе ополчение местных казахских родов (которых Цины всё ещё считали своими подданными), русские части отбросили цинскую стражу за пограничную реку Борохудзир.

Причиной столкновения стал страх военных поселенцев Синьцзяна перед русской экспансией, особенно усилившийся после начала пограничных переговоров в Чугучаке (ныне китайский город Тхачэн на самой границе с Казахстаном). Эти маньчжурские поселенцы были аналогом русского казачества – ещё в XVIII веке для контроля над завоёванным, но непокорённым Синьцзяном пекинские императоры переселили с берегов Амура в центр Азии родственные маньчжурам племена «сибо» и «солонов» (эвенков), которых русские скопом именовали «тунгусами». Помимо «тунгусов» военными поселенцами империи Цин здесь служили западные монголы-ойраты, родственные поволжским калмыкам России.

В 1863 году власти Синьцзяна распространили среди военных поселенцев слух, что русские хотят отнять их земли. Непосредственным поводом к столкновению послужило нарушение границы цинских пикетов казачьими разъездами. Некоторые китайские офицеры попытались предотвратить кровопролитие, но их части вышли из повиновения.

Попавшие в плен русские солдаты и казаки, по донесениям российских военных в Санкт-Петербург, были «казнены самым варварским образом, причём были съедены и тела казнённых». Действительно, у маньчжурского аналога казачества, переселённого с Амура в Синьцзян, сохранялся древний обычай поедания вражеской печени.

Вооружённые стычки в данном районе продолжались до осени 1863 года. Цинские власти Синьцзяна стянули в район столкновений до 5 тысяч войск. Агенты русской разведки из казахских и киргизских аборигенов доносили дикие слухи, что в качестве подкреплений из Китая прислали множество каторжников, а в обозах китайских войск были якобы замечены даже боевые слоны…

Центральное правительство в Пекине не желало войны с русскими в центре Азии, но и не хотело уступать территории на размытом пограничье. При этом, из-за потрясения «опиумных» войн и ещё не оконченной борьбы с тайпинами, влияние империи Цин на китайские власти далёкого Синьцзяна было довольно ограниченным. Российская империя стремилась подвинуть границу империи Цин в районе Тарбагатая и Тянь-Шаня, но не желала большого конфликта в условиях, когда рядом Кокандское ханство объявило русским «газават».

Всё это делало ситуацию крайне запутанной и чреватой настоящей пограничной войной России и Китая в сердце Азии, при том, что на побережье Тихого океана обе страны пытались сотрудничать против англо-французского влияния. И только вспыхнувшее в 1864 году небывало мощное антикитайское восстание мусульманских народов Синьцзяна вынудило маньчжурские власти подписать окончательный протокол разграничения в Средней Азии, уступив России юг современного Казахстана и часть современной Киргизии.