Из-за Шмалькальденской войны и последующих войн Кати и ее детям дважды приходилось бежать из Виттенберга. Когда они вернулись, Черная Обитель и другое их достояние по большей части лежали в руинах. Даже скот был разворован или просто вырезан. Покойный муж Кати отказывался брать плату за свои обширные труды – и в результате после смерти оставил семью практически без гроша, на милость курфюрста и прочих; а они оказались совсем не так добры к Кати, как надеялся ее муж. В 1552 году в Виттенберг снова вернулась чума, и «мать Реформации» вместе с младшими детьми бежала в Торгау. Однако у самых городских ворот телега ее опрокинулась и Кати упала в канаву, полную воды. Падение и купание в ледяной воде привели к болезни, от которой Кати уже не оправилась. Три месяца спустя, в возрасте пятидесяти трех лет, испустила она последний вздох и была похоронена в Торгау, где лежат ее останки и по сей день. Говорят, последние слова ее были: «Буду держаться за Христа, как репейник держится за плащ».

В 1564 году взрослые дети Мартина и Кати продали Черную Обитель обратно университету. Старший, Ганс, сделался юристом и со временем стал советником курфюрста. Мартин, как и его отец и тезка, пошел в богословы – однако пастором так и не стал и умер молодым, всего в тридцать три. Третий сын, Пауль, стал известным врачом. Мужская линия семьи пресеклась в 1759 году, однако потомки единственной выжившей дочери Лютера Маргариты, вышедшей замуж за дворянина, живы и по сей день. Так, с гордостью называл себя прямым потомком Мартина Лютера национальный герой Германии Пауль фон Гинденбург. Увы, этим ловко воспользовался Гитлер, поставив и Гинденбурга, и Лютера на службу собственным дьявольским целям – и более чего-либо иного запятнав лютерово наследие.