Сам Ходорковский отрицал факт финансирования коммунистов, хотя говорил, что некоторые топ-менеджеры ЮКОСа были кандидатами от Компартии на тех выборах и могли финансировать кампанию коммунистов из своих средств. Вряд ли это подозрение стало главным поводом для ареста Ходорковского – последующий разгром ЮКОСа показал, что реальной целью была фактическая национализация нефтяной компании. Однако в то время руководитель кремлевской администрации Александр Волошин говорил о том, что накануне ареста Михаила Ходорковского, летом – осенью 2003 г., на стол президента Путина попадало большое количество дезинформации относительно действий бизнесмена, значительная часть которой была связана с якобы имевшими место контактами Михаила Ходорковского с лидером коммунистов Геннадием Зюгановым.
