Когда государство низаритов достигло пика своего могущества, оно уже сильно отличалось от того, что заложил ас-Саббах. Из средневековой коммуны Аламут фактически превратился в наследственную монархию с узаконенной родовой передачей власти. Из высших чинов ордена выделилась своя феодальная знать, которая предпочитала общественный порядок, где роскошь и богатство не считались пороком. Расстояние между простым населением Аламута и феодальной знатью увеличивалось все больше. Потому и желающих жертвовать собой становилось меньше.

Падение Фатимидского халифата остро отразилось на стабильности Аламута. Салах ад-Дин, превратив Фатимидский халифат в государство мусульман-мамлюков, стал наносить сокрушительные удары не только по крестоносцам. В конце XII века турки-мамлюки во главе с Салах ад-Дином стали вторгаться в сирийские владения хашшашинов, а на востоке уже появились армии монголов. Но несмотря на оказываемое на них со стороны могущественного Салах ад-Дина давление, хашшашины все еще продолжали действовать.

Официально секта хашшашинов прекратила свое существование в 1256 году, после того как пали крепости Аламут и Меймундиз. Хашшашины были вынуждены рассеяться по горам и уйти в подполье, они больше не восстановили своего могущества.

Сейчас такое трудно представить, но монголы одно время воспринимались как защитники христианской веры, и крестоносцы стали их союзниками.

Монголы подошли с максимальной серьезностью к походу на Аламут и стоящие подле него города Средней Азии. Были выстроены горные мосты и переправы, подогнаны осадные машины и даже китайские войска, вооруженные пороховым оружием. Крепости ассасинов стали первыми сооружениями, для взятия которых был использован порох. В 1250-х годах войска Хулагу, внука Чингисхана, вторглись в районы Западной Персии.

Ослабленное государство исмаилитов пало практически без боя. Позднее, в 1273 году, египетский султан Бейбарс I уничтожил последнее убежище хашшашинов в горных районах Сирии. Глава ордена Рукн ад-Дин был убит. Все сокровища и архивы достались победителям, которые устроили настоящую охоту на ассасинов. Мощь организации была подорвана, оставшиеся в живых — неизвестно от кого — получили команду: затаиться и ждать. Спустя пять лет, в 1272 году, правитель Египта Бейбарс I смог остановить и изгнать монголов, а в Сирии и Ливане добил ассасинов. Мистическая идеология и психологическая технология ордена ассасинов сохранились в исламских преданиях, в персидских и европейских хрониках.

Но исмаилитское движение не остановилось. В XVIII веке иранский шах официально признал исмаилизм течением шиизма. Потомки последнего главы государства низаритов Аламута долго жили в Иране, скрывая свой статус, но позже снова смогли открыто возглавить низаритов. В 1841 году исмаилитский имам Хасан Али Шах, приняв титул Ага-хана, вступил в конфликт с властями Ирана и бежал в Индию, и там, в Бомбее, возглавил местную исмаилитскую общину. Вслед за ним в Индию переселилось большинство исмаилитов. Британские власти их активно поддерживали. Имамы стали династией британских офицеров, участвовали в нескольких афганских кампаниях. В конце XIX века общиной стал управлять Ага-хан III, подчинивший себе низаритов Ирана, Сирии и Памира. Ага-хан III считал необходимой адаптацию идей исмаилизма к современным условиям, и, как результат его усилий, к середине XX в. низариты превратились в могущественную организацию, имеющую свои общины в двадцати странах мира, а также большие связи в финансовых и политических кругах.