Священномученик Николай родился в 1874 году в селе Игнатьеве близ города Кадома Тамбовской губернии. Он был младшим сыном священника этого села Александра Николаевича Пробатова и его жены Еликониды.

Образование Николай получил в Касимовском духовном училище, а затем в Тамбовской духовной семинарии. Из сохранившихся его писем к брату протоиерею Василию видно, что учился он, находясь в условиях большой материальной нужды: иногда одежда изнашивалась настолько, что товарищи смеялись над ним, а наставники делали замечания.

По окончании семинарии он женился на младшей дочери священника села Темирево Елатемского уезда Варваре Алгебраистовой. После венчания Николай и Варвара, по существовавшему тогда благочестивому обычаю, отправились в свадебное паломничество в Саровский монастырь.

В 1899 году Николай был рукоположен в сан пресвитера и определён вторым священником в храм села Темирево. Но он очень хотел служить один. Желание его вскоре сбылось: в 1906 году он получил приход в селе Агломазово, где был деревянный Богоявленский храм, выстроенный в 1779 году. В 1910 году отец Николай обновил обветшавший иконостас. При храме был хор, и трудами отца Николая было устроено прекрасное общее пение. Перед служением литургии священник всегда долго и усердно молился, служил он с вдохновением и благоговением, а о службе церковной говорил: «У меня в алтаре уголок рая».

Село Агломазово насчитывало тогда сто пятьдесят домов, более тысячи прихожан, и была большая нужда в открытии церковноприходской школы. Стараниями отца Николая было выстроено просторное деревянное здание, в котором свободно могло обучаться двести детей. Талантливый проповедник, он усердно проповедовал в храме, а в школе преподавал Закон Божий. Семья священника жила бедно, но он за требы платы не брал. Обуви всегда имел только две пары — зимнюю и летнюю.

Началась Первая мировая война. Священников в армии не хватало, и епархиальный архиерей епископ Тамбовский Кирилл (Смирнов) обратился к духовенству епархии с просьбой пойти священникам в действующую армию. Охотников нашлось немного. Отговаривались — кто болезнью, кто семьёй, кто малолетством детей.

Слыша такое от священников, отец Николай устыдился: что же это — мы священники и отказываемся: у одного жена, у другого дети, а там наши же воины кровь проливают, защищая родину; надо соглашаться. И хотя у отца Николая с женой было трое детей, старшему сыну четырнадцать лет, младшим, сыну и дочери, по году, он пошёл служить полковым священником в первый Бахмутовский полк, сражавшийся против австрийцев. Здесь, на фронте, в полку, он увидел, как мало остаётся в людях веры: из всего наличного состава полка храм посещали не более тридцати человек. Вернувшись в 1917 году домой, он с нескрываемой скорбью говорил близким: «Священники уже тут не нужны, они теперь скорее жители неба, чем земли».

Совершилась революция. Нравственная болезнь коснулась и крестьян. Многие бросились рубить впрок казённые и господские леса, наваливая штабеля брёвен перед домами, поспешно делили земли крупных землевладельцев.

После издания большевиками декрета об изъятии из храмов метрических книг к отцу Николаю явился отряд солдат и потребовал выдать из церкви книги.

— А кто вы такие, что мне указываете? — решительно встретил их отец Николай. — Скажет моё начальство, тогда передам.

— Нет, — не отступали солдаты, — передавай сейчас.

— Ну хорошо, — ответил священник, — не хотите слушать церковное начальство — соберём сход крестьян. И как решит народ, так и сделаю.

Собрали сход, и священник произнёс слово, после которого крестьяне сразу же изгнали покушавшихся на церковные книги.

В феврале 1918 года большевики объявили мобилизацию в Красную гвардию. Крестьяне, ждавшие от большевиков мира, решили в армию не записываться, а идти в ближайший уездный город и разогнать там большевистское начальство. Перед выходом попросили отца Николая отслужить для них напутственный молебен. После молебна священник сказал краткую проповедь, которую заключил словами: «Благословляю вас идти на борьбу с гонителями Церкви Христовой».

Крестьяне, вооружённые кто топорами, кто вилами, двинулись к уездному городу, до которого было двадцать пять верст. Пока шли, решимость многих растаяла, и они стали возвращаться домой. Нашлись и такие, которые поспешили в город, чтобы предупредить большевиков. Когда оставшиеся крестьяне подошли к городу вплотную, по ним была выпущена очередь из пулемёта, установленного на колокольне. Это остановило восставших, и толпа быстро рассеялась. Инцидент был исчерпан, но большевики никогда не прощали тем, кто выступал против них, и в Агломазово был направлен карательный отряд. Известие о карательном отряде достигло села, и священник благословил домашних уйти в соседнее село Калиновец, где служил брат жены отца Николая. Тревожные предчувствия томили его душу, и жена, видя это, сказала:

— Написано: Господь не посылает испытаний выше сил человеческих.

— Да, — сказал священник. И, помолившись, наугад открыл Апостол и прочёл «Верен Бог, который не попустит вам быть искушаемыми сверх сил, но при искушении даст и облегчение, так, чтобы вы могли перенести».

Слово Священного Писания как ничто другое утешило и укрепило душу. Ко времени прихода карателей отец Николай совершенно успокоился, предав свою жизнь в волю Божию. Крестьяне говорили ему:

— Беги, батюшка, убьют!

— Я никогда не бежал и сейчас не побегу.

Домашние ушли, остался только старший сын Александр. Отец Николай предложил и ему уйти, тем более что матери, возможно, потребуется помощь, но Александр не пожелал оставить отца.

Священник надел тёплый ватный подрясник и вышел из дома. Издалека показался отряд карателей.

— Римские легионы идут, — покачав головой, сказал отец Николай.

Карательный отряд приближался, и вскоре слышна стала песня, которую пели идущие: «Трансвааль, Трансвааль, страна моя, ты вся горишь в огне…».

Каратели расположились неподалёку от храма, в большом кирпичном доме, принадлежавшем некоему Седухину. Всех арестованных сводили в подвал дома. Списки на аресты составлял сельский учитель Пётр Филиппович, местный безбожник, не любивший храм и священника.

Двоих красногвардейцев отправили за священником. После ареста отца Николая в доме был произведён обыск. Присутствовал лишь сын священника Александр. Каратели перерыли все вещи, но ничего не нашли.

Арестованных допрашивали с побоями и издевательствами. Отца Николая били шомполами по пяткам, заставляя плясать.

— Я и раньше никогда не плясал и перед смертью не буду, — ответил священник.

Последнюю свою литургию перед арестом отец Николай отслужил на праздник Казанской иконы Божией Матери. Некоторые из палачей ещё недавно посещали церковные службы и помнили слова молитв. Издеваясь над пастырем, они говорили:

— Заступница усердная!.. Ты Ей молился! Что же Она тебя не заступает? — И старались всячески оскорбить священника.

На все поношения отец Николай отвечал:

— Христос терпел, будучи безгрешен, а мы терпим за свои грехи.

Эти слова священника вызывали у истязателей хохот.

Учитель, составляя список, включил в него нескольких женщин, но начальник карательного отряда имена женщин вычеркнул, оставив лишь одну — Агафью; она была совершенно одинока, и за неё некому было просить. Долго и изощрённо издевались над ней палачи, но она всё переносила молча. Наконец было объявлено, что все арестованные будут расстреляны. Перед смертью все исповедались. В седьмом часу вечера красногвардейцы вывели из подвала восемнадцать осуждённых на смерть и повели к реке Цне. У реки их разделили на две партии, одну повели по берегу реки налево, другую — направо. Вскоре раздалась команда красногвардейцам построиться и приготовиться к стрельбе. Приговорённые столпились напротив. Отец Николай, воздев руки, молился, произнося слова громко, раздельно. Все услышали:

— Господи, прости им, они не знают, что делают.

Раздался залп. Хотя уже совсем стемнело и каратели, похоже, не собирались проверять, кто жив, кто мёртв, но отец Николай, собрав силы, поднялся и с воздетыми руками продолжал вслух молиться:

— Достойно есть яко воистину блажити Тя, Богородицу…

Вторым залпом он был убит.

Из восемнадцати человек были убиты тринадцать, остальные ночью доползли до ближайших изб и были спрятаны жителями. От них и стали известны подробности расстрела. Убиты были староста храма Косма Егорович, крестьяне Виктор, Наум и Филипп (отец с сыном), Иван, Павел, Андрей, Павел, Василий, Алексей, Иван и Агафья.

На следующее утро крестьяне снарядили подводу и поехали забрать убитых. Вместе с ними поехал сын священника Александр. Весь песок был пропитан кровью, и Александр снял с него верхний слой и положил на телегу. Тело священника уже закоченело — с поднятыми при последней молитве руками, с пальцами, сложенными для благословения. Когда его везли по селу, крестьяне выглядывали из окон и говорили: «Батюшка нас и мёртвый благословляет».

В этот же день жена отца Николая вернулась домой. Она обратилась к властям за разрешением похоронить священника возле церкви. «Что?! — возмутились каратели. — Собаке собачья смерть. Его надо отвезти на свалку. Ещё спасибо скажите, что в овраг не свалили, на кладбище разрешаем похоронить».

Отпевать и хоронить мученика пришли священники соседних приходов — отец Павел Мальцев из села Усады и отец Максим из села Старое Берёзово. Отец Павел был очень дружен с отцом Николаем, они договорились заранее: если кого убьют, чтобы другой пришел отпевать и хоронить.

Отпевали отца Николая в его доме. Окна занавесили чёрной плотной материей, чтобы каратели не могли видеть, что происходит внутри. Тело мученика перенесли со стола в гроб, и началось неспешное отпевание. Хоронили отца Николая глубокой ночью, священники несли гроб на кладбище, где уже была вырыта могила на месте погребения близкого отцу Николаю прихожанина, неистлевший гроб которого был хорошо виден при ясном свете луны и звёзд. И плыло тихое пение последних погребальных молитв.