Род Нилуса имеет немецко-балтийское, возможно, также шведское происхождение. Имя «Нилус» (или «Нилиус») берет свое начало от «Никлас» или «Николаус» (т. е. Николай). В 18 веке Нилусы постоянно проживали в Лифляндии. В 19 и 20 веках носители этого имени встречаются во многих частях России. Предков Сергея Александровича Нилуса можно проследить вплоть до Иоанна Леонгарда Нилуса, который упоминается в 1719 г. как аптекарь в Санкт-Петербурге; с 1735 до самой своей смерти в 1742 году он возглавлял аптеку адмиралтейского госпиталя в Кронштадте. Его потомки были также преимущественно аптекарями, но также чиновниками и военными. Все они были лютеранами; отец Сергея Александровича был первым в роду, крещёным по православному обряду.

Дед, Пётр Богданович Нилус (род. ок. 1770), лифляндской нации и лютеранского вероисповедания, перешёл в 1778 в качестве каптенармуса в русское подданство. Вместе с Филиппом Вигелем, ставшим впоследствии известным мемуаристом, он брал в Киеве частные уроки у Христиана Мута. Поступив на военную службу, дослужился до чина генерала-майора артиллерии. В Отечественной войне 1812 года командовал егерским полком, за проявленную доблесть в сентябре 1813 был награждён орденом «Pour le Mérite». К концу своей жизни П. Б. Нилус переселился в Москву. В 1819 вступил в московскую масонскую ложу «Александра Тройственного Спасения». В 1821 году он был принят в московское дворянство. Состоял в браке с Марией Павловной Гурковской. Их четверо детей: Анна (1804), Пётр (1805), Василий (1811–1849) и Александр (1816), были крещены по православному обряду.

Александр Петрович Нилус, отец Сергея Александровича, родился 26 мая 1816 г. в Кимрах Тверской губернии. Обучался в Московском Кадетском корпусе, который он был вынужден оставить «по слабому здоровью». С 1830 по 1850 гг, состоял на государственной службе в Москве, Воронеже и Калуге. Во второй половине 1840-х гг. занимал пост смотрителя Калужских богоугодных заведений. К концу жизни получил чин титулярного советника.

А. П. Нилус имел плохую репутацию. Члены семьи Аксаковых — среди которых славянофил Иван Сергеевич, познакомившийся с А. П. Нилусом в 1845 в Калуге в окружении губернатора — отзывались о нём, в частности, как об игроке, «известном мошеннике» и человеке, которого надо остерегаться. Дурную репутацию Александр Петрович разделял со своим старшим братом Василием, отставным поручиком, который в середине 1840-х находился под надзором полиции в Москве. Поговаривали, что семья Нилусов владела игорным домом в Москве, за что генерал-губернатор граф Закревский пытался их выслать из столицы.

После смерти брата Василия в 1849-м Александр Петрович унаследовал имение Золоторёво в Мценском уезде Орловской губернии, за которым числилось 553 десятины земли и 202 души. Помимо этого он владел тремя домами в Москве. Таким образом, отца Сергея Нилуса можно считать состоятельным человеком.

В 1850-м Александр Петрович уволился со службы и 10 июня 1853 года женился на 26-летней Наталье Дмитриевне Карповой, дочери умершего коллежского советника Дмитрия Ивановича Карпова. Невеста была родом из зажиточной дворянской семьи Орловской губернии. Карповы состояли родственниками князей Скуратовых, и, как передают, Сергей Нилус гордился тем, что пресловутый опричник Малюта Скуратов относится к его предкам.

После освобождения крестьян А. П. Нилус открыл в 1863 г. в Москве контору, занимавшуюся поиском работы для бывших крепостных. Последние годы своей жизни он провёл в Золоторёве. Дата его смерти неизвестна, но предположительно не ранее 1873 года. О дате смерти его жены также не сохранилось сведений, но есть свидетельства о том, что в 1888 году она ещё проживала в Москве.

У Сергея Александровича Нилуса был старший брат, Дмитрий Александрович, родившийся 23 апреля 1854 г. в Москве. После учёбы на юридическом факультете Московского университета он состоял на службе в окружных судах Орла, Гродно, Нижнего Новгорода, Лиепаи и Риги, после чего в 1903 г. был назначен помощником председателя Московского окружного суда. В этой должности он вёл в мае 1906 года дело убийцы знаменитого революционера и большевистского активиста Николая Баумана.

С 1908 по 1913 гг. Д. А. Нилус занимал должность председателя Московского окружного суда, состоя в ранге действительного государственного советника, и одновременно являлся председателем Московского Дамского тюремно-благотворительного комитета. Его отношения с братом Сергеем описываются как крайне отдалённые. 2 августа 1916 года Д. А. Нилус умер в Москве.

В 1882 году Сергей Александрович Нилус приступил к обучению на юридическом факультете Московского университета. На это время приходится афера с его кузиной Натальей Афанасьевной Володимировой. Рождённая 9 марта 1845, Наталья Афанасьевна была на семнадцать лет его старше. Она происходила из дворянской помещичьей семьи Матвеевых в Мценском уезде. Вместе со своим мужем, Александром Николаевичем, и четырьмя детьми жила в соседнем с Золоторёвым имении Становое. Как передают, муж, будучи больным туберкулёзом и парализованным, отказал ей в разводе; поэтому Наталья Афанасьевна поддерживала нелегальные отношения с С. А. Нилусом. Летом 1883 они уехали в Дьепп (Франция). Причиной тому могло быть предстоящее рождение их сына Сергея.

После рождения сына связь С. А. Нилуса с Натальей Афанасьевной по-видимому ослабла или даже совсем оборвалась. Лишь 25 лет спустя — С. А. Нилус был к тому времени женат — они вновь сошлись. Овдовевшая и полностью обедневшая Володимирова была принята в доме Нилуса и его жены на полное их обеспечение до конца своей жизни. Хотя Володимировой тогда было уже за 60, а жене С. А. Нилуса за 50, тройная связь стала поводом для сплетен и критики. Так, Митрополит Евлогий (Георгиевский) в своих воспоминаниях иронизировал по этому поводу: «Нилус уехал с молодой (!) женой в Оптину Пустынь, сюда же прибыла и его сожительница, — образовался „ménage a trois“». А известный своими критическими взглядами Александр дю Шайла, напротив, неоднократно отмечал бескорыстный характер этого решения: Нилус приютил бедную, старую женщину из сочувствия и не имел от этого никакой выгоды. Несмотря на все трудности и сопутствующие сплетни, жена Нилуса заботилась о «грехе молодости» своего мужа и самоотверженно ухаживала за больной и немощной Володимировой вплоть до её смерти, 30 октября 1932 в Чернигове.

От брака с Александром Николаевичем Володимировым Наталья Афанасьевна имела четверых детей: Александру, в первом браке замужем за графом Владимиром Сергеевичем Татищевым, во втором браке за Александром Александровичем Плотниковым, жила после революции в Ленинграде; Прасковью, в замужестве Хрулова; Юлию, в замужестве Теплова; Святослава — дворянский маршал в Волховском уезде Орловской губернии, правый депутат Думы, член «Союза русского народа», состоял в браке с Марией Хрущёвой.

Елена Александровна Озерова, ставшая супругой Нилуса, была бывшей фрейлиной Императрицы Марии Фёдоровны и доверенным лицом Императрицы Александры Фёдоровны. Рождённая 27 июня 1854 года в Кишинёве, она происходила из знатной семьи дипломатов: её отец, обергофмейстер Александр Петрович Озеров (1817–1900), был послом в Афинах и Берне, а её дядя, Иван Петрович Озеров (1806–1880) — послом в Берлине, Лиссабоне, Бадене и Баварии. Через своих родственников Озерова имела обширные связи при Дворе и в петербургском обществе. Её отец был адъютантом императрицы Марии Александровны; четверо кузин были фрейлинами матери Императрицы Марии Фёдоровны. Старший брат Борис (1852-?) был гофмейстером, сестра Ольга (1848–1924), овдовевшая княгиня Шаховская, жила под именем игуменьи Софии в Дмитровском монастыре вблизи Москвы. Её сестра Мария (1849–1925), фрейлина матери Императрицы Марии Фёдоровны, была замужем за Александром Ивановичем Гончаровым (1844–1906). После бегства из России Мария Гончарова со своей кузиной, графиней Екатериной Петровной Клейнмихель, урожд. княгиней Мещерской (1843–1925), жила недалеко от Парижа.

Самым влиятельным в семье Елены Александровны был младший брат Давид (1856–1916), генерал-майор и начальник управления Аничковым дворцом, бывший близким доверенным лицом Иоанна Кронштадтского. Давид Александрович Озеров состоял в браке с фрейлиной, Екатериной Петровной Степановой (1859-?), дочерью генерала Петра Александровича Степанова (1805–1891). Владельцы имения в Тульской губернии Степановы, в свою очередь были знакомы с Сергеем Нилусом. Вероятно, они и познакомили его с Озеровой.

Елену Озерову описывают спокойной, скромной, смиренной и самоотверженной. Она была попечительницей фельдшерских женских курсов, председателем «Красного креста» в Царском Селе и нескольких благотворительных заведений, в том числе школы по уходу за детьми. Её духовник, протоиерей Иоанн Янышев, бывший также духовником Царской четы, запретил ей принимать участие в светской жизни, когда она достигла тридцатилетнего возраста. После смерти своего отца она проживала вместе со своей племянницей Еленой Карцовой (смотри ниже) в «Китайской деревне» в Царском Селе, пристанище вышедших на пенсию придворных, их вдов и незамужних дочерей.

Возможно, у Озеровой был сын. В одном письме Алексею Суворину от 7 августа 1905 она упоминает своего сына («мой сын»), который подпоручиком принимал участие в битвах у Мукдена и был награждён орденом Св. Анны. О происхождении сына и о его дальнейшей судьбе сведений не сохранилось.

3 февраля 1906 года Сергей Нилус и Елена Озерова были повенчаны в Санкт-Петербурге. Императрица одарила новобрачных и позаботилась о том, чтобы жена Нилуса и впредь могла получать половину значительного пансиона её отца. Эти постоянные доходы позволили обоим вести независимую в денежном отношении жизнь, сначала в Оптиной Пустыне, позднее в Валдае.

После революции Елена Александровна сопровождала своего мужа во время его вынужденных скитаний по России и Украине. Сначала они жили в Линовице (Полтавская губерния) в родовом имении князя Владимира Давидовича Жевахова (1874–1938), позже также в Чернигове у Ольги Митрофановны Комаровской (1892-после 1938) и под конец в Крутце (Владимирская губерния) в доме священника Василия Арсеньевича Смирнова (1874–1938), где Сергей Александрович и умер вечером 14 января 1929 года.

Спустя несколько дней после смерти своего мужа Елена Александровна уехала в Чернигов и ухаживала за оставшейся там Володимировой до самой её смерти. Она давала уроки за обед. В марте 1934 переехала к Марии Васильевне Орловой-Смирновой (1906–1997), дочери её последнего домохозяина, которая жила со своим мужем, священником Катакомбной церкви, в деревне Городок Калининской области. Елена Александровна помогала в воспитании четверых детей и научила их приятно картавить. Финансовую поддержку она получала от живших во Франции друзей и родственников, переводивших через торговую сеть Торгсин французские франки, которые выплачивались ей рублями. Последнее письмо Елены Александровны датировано октябрём 1937 года. Той же осенью она была арестована и вместе с Ольгой Комаровской зимой 1937/38 г. сослана в город Колу Мурманской области. Там она умерла 10 апреля 1938 г. в возрасте почти 84 лет.

Сергей Сергеевич Нилус родился 25 сентября 1883 года в Дьеппе. В реестре актов гражданского состояния города упомянут только отец, Сергей Нилус, «студент юридического факультета Московского университета (Россия), 21 года, проживающий в Москве».

Позже Нилус усыновил Сергея, причём, признав своё отцовство, он стремился узаконить его внебрачное происхождение. В 1896 уездный суд в Орле дал согласие на усыновление, однако потребовалось подать ещё целый ряд заявлений, прежде чем внебрачный сын в 1898 году полностью был узаконен и принят в дворянское сословие.

Сергей Сергеевич Нилус посещал гимназию в Орле, а по её окончании учился в знатном Московском Катковском лицее и в Сельскохозяйственной академии. В 1904-м он начал скромную карьеру чиновника, состоя сначала на службе у губернатора и в финансовой палате в польском городе Кельце, а в 1910-м стал окружным комиссаром по делам крестьян в Бендзине, промышленном городе к востоку от Катовиц (Польша). В этом же году ему было присвоено звание титулярного советника. Во время войны Сергей Сергеевич был назначен уполномоченным отделения по делам беженцев Министерства внутренних дел в Минской губернии, а с января 1917 г. руководил продовольственным обеспечением оккупированных территорий Турции, состоя на службе при генерал-губернаторе в Тифлисе.

В первом браке Сергей Сергеевич Нилус был женат на Зинаиде Константиновне Гривнак (ум. 1911), во втором браке — на её сестре Валентине, овдовевшей Девель. От второго брака имел сына, Сергея Сергеевича, родившегося б ноября 1915 года — умер 9 мая 1936 года, смертельно ранив себя при игре с револьвером.

В 1918 году Сергей Сергеевич переехал со своей семьёй в оккупированную немцами Украину. Лето и осень он провёл в Линовице, в имении князей Жеваховых, где также уединился и его отец со своими родственниками. В декабре 1918 Сергей Сергеевич покинул Россию и поселился в Кельце (Польша). С 1920 он работал то агрономом, то управляющим имением, часто меняя место работы в окрестностях Познани и Гнезно, а также, некоторое время продавал автомобили. В 1930 он и его жена приняли польское гражданство.

Сергей Сергеевич Нилус, по-видимому, в последнее время вёл незаметную жизнь и более не заботился о своём отце. По всей вероятности у него больше не было контактов с живущими за границей родственниками и друзьями Нилусов. Лишь в ходе знаменитого Бернского процесса о «Протоколах сионских мудрецов» пробудился интерес к личности их издателя, Сергея Нилуса, а когда в октябре 1934 г. для второго слушания судебного разбирательства стали искать свидетелей, которые могли бы дать показания о Нилу-се и о происхождении «Протоколов», то «открыли» и сына Нилуса. С 1934 он поддерживал тесные связи с немецкой «Вельтдинст» (Мировой службой), агентством антисемитской пропаганды под руководством Ульриха Флейшгауера. В сотрудничестве с «Вельтдинст» Нилус видел возможность улучшить своё крайне напряжённое экономическое положение, которое он неоднократно подчёркивал в своих письмах.

С целью сбора информации для «Вельтдинст» Сергей Сергеевич возобновил давно прерванную переписку с Еленой Александровной Нилус, своей мачехой, жившей в деревне в Калининской области. Он утверждал, что владеет ещё «двумя или тремя ящиками» с «сочинениями, письмами и книгами» своего отца, которые он хотел бы предоставить в распоряжение «Вельтдинста». Ящики были якобы отправлены в Варшаву, где однако след их пропал. Розыски «архива старого Нилуса» остались безуспешными.

Также безуспешной оказалась попытка выпустить на немецком языке книгу его отца «Близ есть, при дверех. О том, чему не желают верить и что так близко» (Сергиев Посад, 1917). Порученный Николаю Маркову перевод оказался крайне недоброкачественным. Когда гранки были уже набраны, «Вельтдинст» должна была сообщить разочарованному сыну, что цензурное ведомство отказало в разрешении для печати, «так как пространные рассуждения Вашего отца о религиозных вопросах не соответствуют нашему современному мировоззрению».

Тем временем Сергей Сергеевич Нилус встретился в Варшаве со своим дядей, Александром Афанасьевичем Матвеевым, самым младшим братом своей матери, и поступил к нему на службу. С апреля 1937 до сентября 1939 года он управлял принадлежащим Матвееву имением Великий Малышев, в Столинском уезде в Полесье. Позднее он вынужден был бежать от вступившей в город Красной Армии и уединился в части Польши, занятой вооружёнными силами Германии. При помощи своего друга Владимира Шелехова, представителя «Российского Фашистского Союза» в Варшаве и многолетнего сотрудника «Вельтдинста», ему наконец удалось найти должность в русском ведомстве по трудоустройству в Варшаве.

9 марта 194 °Cергей Сергеевич обратился с письмом к Альфреду Розенбергу, главному идеологу НСДАП. Он писал, что является «единственным сыном человека, открывшего „Протоколы сионских мудрецов“, С. А. фон Нилуса» и поэтому просит предоставить ему возможности продолжить труд своего отца. О реакции Розенберга ничего не известно. 11 января 1941 Сергей Сергеевич Нилус умер от сердечной недостаточности в Кузьмах при Гловно.

Елена Карцова, племянница и воспитанница Елены Александровны Озеровой, родилась 13 апреля 1893 в отцовском имении Довспуда в Сувалковской губернии. Её отец, дипломат Юрий Сергеевич Карцов (1857–1931), был опытным и образованным человеком. Он обучался в Московском Катковском лицее, затем в Императорском Александровском лицее в Санкт-Петербурге, по окончании которого поступил на службу в Министерство иностранных дел. В 1879 году он стал секретарём консульства в Константинополе, а позже вице-консулом в Видине (Болгария) и Мосуле (Турция), где он написал этнографический очерк о езидах. В 1892 он женился на Софии Михайловне Кристафович.

Прослужив короткое время консулом в Ньюкасле (Англия) Карцов перешёл в Финансовое министерство и стал финансовым агентом в портах Северного и Балтийского морей. Когда у него на этой должности возникли трения и в конце концов разрыв с Сергеем Витте, он распрощался и уединился в своём имении Довспуда. С началом Мировой войны Карцов вновь поступил на государственную службу и стал чиновником особых поручений при Министерстве торговли и промышленности.

Юрий Карцов был консерватором. В 1878 году в доме своих родителей в Санкт-Петербурге он познакомился с Константином Леонтьевым и на протяжении всей его оставшейся жизни оставался с ним в дружеских отношениях. В 1880-90-х годах Карцов часто бывал в кругу бывшего министра внутренних дел Н. П. Игнатьева. К друзьям Карцева относились А. С. Суворин, М. Н. Катков, а также публицист и бывший дипломат С. С. Татищев.

После захвата власти большевиками Карцов бежал в Германию. Под заглавием «Хроника распада» он написал свои воспоминания о периоде с 1886 по 1917 год. У него были контакты с консервативными эмигрантами, среди них с генералом П. Г. Курловым, бывшим шефом Тайной полиции, который после своего бегства из России жил в стеснённых условиях в Берлине. В конце двадцатых годов Юрий Карцов переселился в Ниццу. Там и умер 7 августа 1931 года.

После ранней смерти своей матери, летом 1901, Елена Карцова была передана на попечительство своей тёте по материнской линии, Елене Озеровой, и жила у неё в Царском Селе в так называемой «Китайской деревне». Там Елена Карцова встретила архимандрита Феофана (Быстрова), «тайного духовника» Императрицы, с которым она сохраняла связь до самой его смерти. В 1903 году её познакомили с Сергеем Нилусом. После того как Озерова вышла за него замуж в феврале 1906 г. Елена Карцова возвратилась назад к своему отцу. До начала войны она жила в отцовском имении в Сувалковской губернии.

Карцова и в дальнейшем поддерживала контакт с Нилусами. Она навещала их в Оптиной Пустыни и жила у них некоторое время в Валдае. Последние встречи с Нилусами состоялись в 1917 и 1918 годах в Линовице, имении князей Жеваховых на Украине. Там в мае 1917 Елена Карцова познакомилась с монахиней Софией (София Евгеньевна Гринёва; 1873–1941), игуменьей Киевского Покрова-монастыря, историю жизни которой она описала позднее. Замысел Карцовой, переехать со своей семьёй в Киев и самой вступить в монастырь, не удался. Поздней осенью 1918 года она покинула Россию и через Польшу уехала в Германию.

О пребывании Елены Карцовой в Германии имеются крайне скудные и неточные сведения. Какое-то время она, по-видимому, жила в Бад-Судероде в Гарце, где поселились её отец и её тётя Ольга Сергеевна Колодеева. Далее к её семье прибились её младшие брат и сестра, Татьяна и Илья. Татьяна позднее уехала во Францию, где она под именем Таисия поступила в монастырь вблизи Парижа. Илья учился в Германии, в начале тридцатых годов он вступил в брак с православной шведкой.

Вскоре после своего прибытия в Германию Елена Карцова завязала контакты с русскими правыми эмигрантами и их немецкими единомышленниками, которые заботились о распространении «Протоколов сионских мудрецов» и поэтому также заинтересовались Сергеем Нилусом и его судьбой. С их помощью Карцова попыталась вызволить Сергея Нилуса и его жену из Советской России. План конкретизировался, когда родственник жены Нилуса, Отто фон Радовитц (1880–1941), служивший советником в немецком посольстве в Москве, предложил свою помощь. Радовитц был сыном немецкого дипломата, Иозефа Марии фон Радовитц и Надежды Ивановны Озеровой, кузины Елены Александровны Озеровой-Нилус. Посол граф Брокдорф-Рантцау также по-видимому прилагал усилия к освобождению Нилуса и выезду его с супругой. План, однако, не удался, так как Нилус отказался покинуть Россию и эмигрировать. Елена Александровна тем временем использовала родственные связи для пересылки через курьера немецкого посольства книг и рукописей своего мужа в Берлин, где они и попадали к Елене Карцовой.

Возможно, таким же образом пересылались и письма. В двадцатых-тридцатых годах Елена Карцова находилась в постоянной переписке с Нилусом и его женой. Помимо этого у неё были контакты с некоторыми живущими в эмиграции родственниками и знакомыми Нилусов, с которыми она обменивалась информацией.

В начале тридцатых годов Елена Карцова продала оставшееся семейное имущество в Польше и последовала за своим отцом и сестрой Татьяной во Францию. Она жила преимущественно в Париже, временами также у своих родственников в Ницце. В июне 1935-го она вступила в брак с религиозным писателем и богословом Иваном Михайловичем Концевичем (1893–1965). Обоих связывало личное знакомство с монастырём Оптина Пустынь и почитание его монахов и старцев. Иван Концевич был «духовным сыном» иеромонаха Нектария, одного из последних старцев Оптиной.

Во время Бернского процесса Елена Карцова-Концевич поддерживала контакты с антисемитской «Вельтдинст», в распоряжение которой она предоставила свои материалы. В декабре 1936-го она сама поехала в Эрфурт и дала сотруднику «Вельтдинста», Николаю Маркову, сведения о Сергее Нилусе.

В 1952 году Елена Карцова-Концевич с мужем покинули Францию и переехали в США. Сначала они жили вблизи Свято-Троицкого монастыря в Джорданвилле в штате Нью-Йорк, там Иван Концевич читал лекции по патрологии. В 1954 году Концевичи перебрались в Сан-Франциско, где жили сестра Ивана Михайловича Вера и брат Олег, впоследствии епископ Нектарий Сиэтлский. В 1961 поселились в Беркли.

Там они познакомились с Глебом Дмитриевичем Подмошенским, впоследствии игуменом Германом (род. 1934) и Юджином Д. Роузом (Eugene D. Rose), впоследствии иеромонахом Серафимом (1934–1982), которые в середине 60-х годов основали на севере Калифорнии православное «Братство преп. Германа Аляскинского». В 1969 году по материалам неопубликованных рукописей Нилуса Елена Карцова-Концевич издала совместно с Подмошенским книгу под названием «На берегу Божьей реки»: содержит, в частности, «Великую Дивеевскую Тайну».

Елена Карцова-Концевич умерла 19 марта 1989 года. Её архив с материалами из литературного наследия Сергея Нилуса, а также переписка с ним, его женой, его родственниками и друзьями находится во владении «Братства преп. Германа Аляскинского».