Дробление мусульманских государств лишь отчасти было благом для византийцев. После VII века им уже не приходилось противостоять крупным флотам, как в битве Мачт или при осаде Константинополя, так что разгром византийскому флоту не угрожал. Однако из-за отсутствия единого мусульманского флота византийцы не могли собрать боевые корабли в одном месте и одержать решительную победу на море. Им приходилось распылять свои силы, как во время неудачной попытки отбить Сицилию после утраты Крита. Византийцы и Аббасиды могли снаряжать дальние военные экспедиции, флоты других государств действовали лишь в относительно небольшом радиусе от портов.

Поскольку у Византии не было противников, способных построить большой постоянный флот, ее собственный флот ограничивался небольшими эскадрами, к которым при необходимости добавляли купеческие и рыбацкие суда. Когда увеличенный флот выполнял свою миссию, его распускали, поскольку содержать большое число военных судов в мирное время было слишком накладно.

За время от основания Константинополя до возникновения ислама размер боевых кораблей уменьшился, отчасти потому что в больших кораблях не было нужды, отчасти из-за варварской угрозы северным границам: основные стычки происходили на реках и озерах, где корабли действовали совместно с наземными войсками. При необходимости империя могла собрать большой флот, как, например, во время войны с вандалами в V и VI веках, но сами корабли были значительно меньше, чем в античности. К V веку основным византийским боевым кораблем стал дромон («бегун») с одним рядом весел. Поначалу так называли маленькие суда с командой от 20 до 50 человек, но в VII веке с появлением халифатских флотов и возобновлением войны на море размер дромонов вырос, хотя такие суда с более чем двумя рядами весел нам неизвестны. У дромона имелась одна палуба, обеспечивающая защиту гребцам, и две или даже три мачты с латинскими парусами. Число гребцов составляло от 100 до 120, более крупные дромоны брали на борт примерно 160 человек, в исключительных случаях до 200. В отличие от античных галер, дромон не нес подводного тарана. Вместо этого на нем крепился шпирон — тяжелый деревянный бивень, который помещался над ватерлинией и должен был крушить вражеские рули и весла. Шпирон не был интегральной частью корпуса, и его появление, вероятно, объясняется переходом к строительству «от каркаса» (корабли, выстроенные таким способом, были недостаточно прочны, чтобы таранить противника). Кроме того, отказ от таранов может быть связан с тем, что сражения происходили не столько в открытом море, сколько на реках и озерах, где применять таран нецелесообразно. Мусульманские суда мало отличались от византийских (в конце концов, они восходили к одной традиции кораблестроения), но, как считается, были больше, тяжелее и медлительнее, что отражает извечное противоречие между размером и скоростью в корабельной архитектуре.

Корабли брали на борт не только гребцов, команду и воинов, но и лошадей. Несколько независимых источников упоминают всадников, съезжавших на берег по сходням, хотя неизвестно, как те садились на застоявшихся коней в тесных стойлах. Хотя морские конфликты Византии и мусульманских государств продолжались долгое время, за которое методы кораблестроения претерпели большие изменения, обе стороны не придавали расширению флота такого значения, которое привело бы к гонке морских вооружений и военным кризисам, характерным для эллинистической эпохи или для XII века.

Напряженные отношения с сасанидской Персией вынудили византийцев организовать постоянные поселения воинов и моряков, набираемых в конкретной провинции для ее обороны. Позже, в VII веке, для защиты от халифата флоту придали более постоянную основу, учредив флот карависиан, буквально «относящихся к боевым галерам» под началом флотоводца. Карависианы стали значительной самостоятельной силой и приняли участие в нескольких государственных переворотах, прежде чем Лев Исавр их распустил. Была создана трехчастная структура флота: имперский флот с базой в Константинополе, провинциальные флоты, действующие по большей части в своих провинциях, и три флота, приписанных к военно-морским фемам (военным округам), командующие которыми подчинялись непосредственно императору. Провинциальные флоты, зависящие от поддержки Константинополя, составляли военно-морскую часть фемных войск, а их небольшие корабли боролись с пиратами и отражали вражеские набеги. Военно-морские фемы сами обеспечивали свои корабли людьми и припасами. Эгейская фема защищала Дарданеллы, Самосская — южную часть Эгейского моря, а Кивирреотская с центром в Атталии (ныне Анталия) в Малой Азии напротив Кипра — Восточное Средиземноморье. Деление на имперский, фемные и провинциальные флоты сохранилось почти без изменений до середины XII столетия.

Эти корабли строились и размещались в портах разного размера и направления по всей империи. Неорионом называлась любая искусственная гавань, но в военном флоте так именовали доки, где снаряжали и чинили корабли, а также хранили оружие. Главная военная база Константинополя на Золотом Роге звалась просто Неорион, хотя были и торговые неорионы; самые известные из них Просфорион на Золотом Роге, а также гавани Юлиана (или Софии) и Феодосия на Мраморном море. Верфи, специализирующиеся на строительстве боевых кораблей (там же хранились флотские припасы и оружие), носили имя эксартисис (от греческого глагола «снаряжать»); со временем термин распространился на чиновников, ответственных за поддержание имперского флота. У каждой фемы был один материковый и один островной военный порт: в Абидосе и на Лемносе, на Самосе и в Смирне, в Атталии и на Родосе. Важные провинциальные верфи находились на Сицилии и в Калабрии, в Равенне и Диррахии (Дуррес, Албания), на Эвбее и на Черном море в Амисосе (Самсун, Турция), Амасре, Трапезунде и Херсоне. Благодаря протяженности и оживленности своего побережья империя не знала недостатка в опытных моряках. На флоте служили свободнорожденные граждане; за это они получали земельный надел, доходами с которого кормились. Служили они обычно там же, где жили, хотя военно-морские фемы отправляли людей и в другие провинции. Небольшие постоянные команды военно-морских фем и провинциальных флотов при необходимости всегда можно было расширить за счет рекрутского набора или за счет наемников, в том числе иноземных: варягов из Киевской Руси, франков, венецианцев, генуэзцев и других.

При всем значении, которое морская торговля и военно-морская оборона имели для жизни Византийской империи, средневековое отношение к морякам и купцам было довольно сдержанным. Византийские наследники римской морской традиции сделали свою столицу величайшим портом эпохи; усеянное архипелагами море было так же богато ресурсами, как и во времена их аттических и ионических предков. И как в Древней Греции, на мореходов смотрели свысока. В IX веке император Феофил, узнав, что корабль, стоящий в виду дворца, принадлежит его супруге, повелел сжечь и корабль, и припасы, ибо негоже императору заниматься торговлей; упрекая жену, он сказал так: «Ты меня, царя Божьей милостью, превратила в судовладельца». В местнических списках IX и X веков командующие имперским флотом и Кивирреотской фемой никогда не бывали в верхней двадцатке, а командующие Самосской и Эгейской фемами находились в самом низу.

В то же время снабжение таких городов, как Константинополь, зависело от купцов, доставлявших по морю съестные припасы, обычные ремесленные товары и предметы роскоши. Забота Византии о флоте показывает, что правительство пеклось о безопасности морских путей. Кроме того, оно стремилось направить торговые суда в определенные порты, чтобы, с одной стороны, обеспечить сбор налогов и пошлин, с другой — следить за прибытием иноземных гостей. Им выдавали грамоты, в которых ограничивалось время торговли и пребывания. Характерны условия договора 907 года с Киевской Русью: «Приходящие сюда русские пусть живут у церкви Святого Мамонта, и пришлют к ним от нашего царства, и перепишут имена их, и тогда возьмут полагающееся им месячное, — сперва те, кто пришли из Киева, затем из Чернигова, и из Переяславля, и из других городов. И пусть входят в город только через одни ворота в сопровождении царского мужа, без оружия, по пятьдесят человек, и торгуют сколько им нужно, не уплачивая никаких сборов». Несмотря на подозрительность к чужеземным купцам, Византия все больше зависела от них из-за недостатка собственных, к которому приводил низкий статус торговцев внутри империи.

Набирать на флот иностранцев — практика очень распространенная, хотя ее частенько не замечают, если речь не идет о государствах, изначально враждебных к морю. Именно такое отношение обычно приписывают исламским халифатам. Некоторые исследователи утверждают, что поскольку ислам зародился в пустыне, в нем заложено отвращение к мореходству, или, как написал недавно один историк: «В худшем случае ислам был враждебен к морю, в лучшем — не замечал его». Часто в подтверждение приводят следующий эпизод. Умару, второму праведному халифу, сказали: «Море — огромное существо, по которому носятся другие существа, подобно червям на куске дерева», и Умар «повелел мусульманам воздерживаться от мореплавания. Если кто из арабов и выходил в море, то лишь без ведома Умара, и бывал за это наказан». Для арабов Мекки и Медины мореплавание и впрямь было новостью, однако Аравия — полуостров; Оман, Йемен и Набатея издревле славились морскими традициями. Доисламская арабская поэзия свидетельствует о знакомстве с морем, а в Коране есть немало упоминаний о море и кораблях, ведомых милостью Всевышнего: «Аллах — Тот, Кто подчинил вам море, чтобы корабли плыли по нему по Его воле и чтобы вы искали Его милость. Быть может, вы будете благодарны». Арабы, посредничавшие между Византийской и Сасанидской империями, хорошо знали их флотскую и фискальную политику, а также быстро перенимали административное устройство завоеванных стран. Это особенно видно в организации халифатского флота, которая копировала византийскую практику и была воспроизведена в Северной Африке и Аль-Андалусе.

Муавия понимал важность флота для обороны Египта и, овладев Александрией, сразу захватил доки, которые арабы называли дар ас-синаа, буквально «мастерская» — слово, которое вошло в романские языки как «арсенал», возможно, через венецианских купцов, торговавших с Египтом в начале VIII века. В свете репутации мусульман как людей сугубо сухопутных примечателен рост числа египетских доков после завоевания. Если византийцы обходились одним арсеналом в Александрии и другим в Суэцком заливе, мусульмане выстроили новые в Розетте, Дамиетте и Тинисе, а также в Фустате. Чтобы обеспечить флот судостроительным лесом, правительство насадило и поддерживало плантации акации «для флота» по меньшей мере с VIII века.

Халифат также имел арсенал в Акке (Акре) и крупную базу флота в малоазийском Тарсе. Основатели Туниса переселили из Александрии тысячу коптских корабелов с семьями; именно благодаря этому Омейяды сумели создать флот, изменивший баланс сил в Центральном Средиземноморье. К югу от Туниса Сус был арсеналом Аглабидов, пока его не сменила Фатимидская столица в Махдии. Расположенная на узком полуторакилометровом полуострове, отделенном от материка стеной, Махдия обеспечивала прекрасную защиту доставшемуся от Аглабидов флоту. Порты Магриба и Аль-Андалуса возникли еще до мусульманского правления, но, несмотря на стратегическое положение Сеуты и Альхесираса в Гибралтарском проливе, вряд ли они были арсеналами до тех пор, когда в IX веке Абд ар-Рахман II создал военный флот.

К 700-м годам правители приморских провинций халифата располагали автономными флотами. Об их устройстве можно судить на примере египетского, как наиболее известного. Его обеспечение осуществлялось из трех главных источников: денежные выплаты на поддержание кораблей и команды, реквизиции необходимого для флота и рекрутский набор матросов. На первых этапах мусульманских завоеваний команды судов состояли по большей части из греков и египетских коптов — уроженцев земель, находившихся прежде под контролем Византии. Хотя третий халиф Усман постановил, чтобы мусульман не забирали на флот против их воли, матросов для флота поставляли в основном две группы: потомки арабских иммигрантов в Египет (мухаджиры ) и обращенные в ислам представители не арабских народов (мавали). Команды североафриканских флотов состояли из берберов, вестготских моряков и рыбаков, пришлых арабов и, возможно, коптов. Поселки, города и провинции должны были выделять моряков (и средства на их содержание) в соответствии с квотой. Для предотвращения дезертирства местные старшины или чиновники ручались, что их люди «будут исполнять обязанности на кораблях» и не отлучаться самовольно. В качестве альтернативы жители местности могли вместо своего рекрута нанять кого-нибудь за деньги; эта практика вела к тому, что флот комплектовался преимущественно профессиональными моряками.

В целом флот привлекал главным образом бедняков. (При Омейядах в египетском флоте существовала трехступенчатая система оплаты: меньше всего получала команда, затем шли воины не арабского происхождения, а у воинов арабского происхождения жалованье было самым высоким. Матросский хлеб тоже был самым плохим.) И тем не менее обеспечить флот большими командами можно было лишь за счет адекватной оплаты, которая находилась только при непосредственной опасности. Как заметил мусульманский историк после византийской атаки на Дамиетту в 853 году, «с тех пор [правительство] начало всерьез печься о флоте, и эта забота стала в Египте первоочередной. Строили боевые корабли, плату воинам на кораблях уравняли с платой воинам на суше. На службу брали только опытных и толковых». На другом конце Средиземноморья, когда Омейяды в IX веке создали флот, Абд ар-Рахман II повелел, чтобы «моряков набирали с берегов Аль-Андалуса и хорошо им платили». В крайних случаях правительство прибегало к насильственной вербовке; в фатимидской Ифрикии матросов иногда сажали под замок, чтобы они не разбежались к началу навигации, — эту практику осуждали даже фатимидские официальные лица. Как и византийцы, мусульмане часто прибегали к помощи наемников. Аглабидские и Кальпитские правители Сицилии брали на корабли рабов и свободных, иудеев и христиан; офицеры были из свободных или обращенных в рабство славян.

Разительным отличием мусульманского флота от византийского было разделение труда. Мусульманские команды отличались специализацией, в то время как византийские моряки «были одновременно гребцами и воинами». Если они заодно разбирались в ремонте судна, то могли в дополнение выполнять и эту работу. Подобным же образом и офицеры должны были не только разбираться в погоде и в навигации по звездам, но и вести своих людей в бой. Мусульманский командир отвечал за корабль с момента постройки: «Он должен следить за строительством кораблей, их частями, сборкой деталей, тщательностью их соединения. Он должен по возможности отыскать лучших гребцов и тщательно их отобрать, а также выбрать лучшие мачты и паруса». Однако в его команду входили смолильщики, которые, по всей видимости, не имели других обязанностей, а также штурманы, знатоки погоды и врачи. Отдельные офицеры командовали гребцами, которые не сражались, и воинами, которые не гребли.

Хотя андалусские правители нуждались в моряках для связи с Магрибом, мореходные сообщества Западного Средиземноморья мало упоминаются у авторов-современников. Это объясняется тем, что мусульманские и христианские властители западных земель не стремились к господству на море. Однако мореходы, безусловно, были, и к концу VIII века и мусульманские, и христианские авторы четко различали «мавров», берберов из Алжира и Марокко и «сарацин», арабов из Омейядского халифата Кордовы. Эти широкие категории маскируют значительное смешение между группами и полностью оставляют без внимания морские общины христиан-мосарабов, к которым правители Испании и Марокко относились с большим подозрением и которые совершали самовольные набеги на Прованс, Корсику, Балеары и Сицилию. Отношение эмирата к морским сообществам изменилось после набегов датских викингов в 844 году, когда Абд ар-Рахман II создал единый план обороны — от Лиссабона до Средиземного моря — и учредил арсеналы в Севилье, Альмерии и Тортосе.