Сегуны ограничили не только деятельность иноземных торговцев; строжайшим запретам подверглись и японские купцы, фактически лишившись возможности плавать в чужие страны. Тем не менее в конце XVI века мало кто поверил бы, что Япония отойдет от активного участия в торговых отношениях в Северо-Восточной Азии и за ее пределами: едва положив конец гражданской войне и объединив Японию под властью единого правителя, регент Тоетоми Хидэеси вторгся на Корейский полуостров. Целью его было возобновление торговли с Китаем, поскольку, хоть в 1567 году империя Мин и ослабила запрет на морские сношения с иноземными государствами для своих подданных, на Японию ослабление не распространялось. Кроме того, Хидэеси явно рассматривал вторжение в Коре и Китай как естественное продолжение объединения японских земель, а заодно удобный способ занять изнывающих от безделья солдат и моряков. Указ 1588 года повелевал «морским капитанам и рыбакам всех провинций и берегов, а также всем, кто ходит в море на кораблях, дать письменную клятву, что отныне они не будут никоим образом причастны к пиратству». Японские воины вряд ли уступали вооружением и закалкой любым другим, а Коре за неимением огнестрельного оружия и свежего опыта военных действий было плохо подготовлено к неспровоцированному вторжению. В мае 1592 года близ Пусана высадились около 140 000 японцев, и уже через десять недель Сеул и Пхеньян сдались на милость завоевателей.

Своим освобождением Коре обязано почти невозможному взаимодействию китайской армии, корейских подпольщиков и адмирала Ли Сунсина. Коре делилось на шестнадцать военно-морских округов, по два на каждую из восьми провинций королевства. Ли, адмирал провинции Чолла, сочетая продуманную агрессивную стратегию с жесткой тактической дисциплиной, сумел превратить почти неизбежное поражение в серию деморализующих противника побед. В его распоряжении имелись тяжеловооруженные броненосцы-кобуксоны, «корабли-черепахи» — двухмачтовые крытые галеры. Согласно описанию современника, «верхняя палуба ощетинивается металлическими шипами, пронзающими ноги прыгающих на палубу врагов. Единственный проход — крестообразно расположенные люки, через которые перемещается команда. На носу установлена драконья голова, в пасти которой находятся жерла орудий [пушек], еще одно орудие крепится на корме. На нижних палубах по шесть орудийных портов по обоим бортам. За внешнее сходство с огромной морской черепахой корабль прозвали кобук-сон. При столкновении с деревянными неприятельскими судами в битве верхнюю палубу покрывали соломенными циновками, чтобы спрятать шипы. Корабль стремительно несся по волнам при любом ветре, во всех сражениях ведя за собой целый флот, его пушки и огненные стрелы разили врага наповал ».

Корабли-черепахи являли собой тупиковую ветвь развития военного кораблестроения, и под командованием Ли одновременно оказывалось не больше пяти. Тем не менее именно они сыграли решающую роль в победе корейцев. Летом 1592 года Ли навязал противнику десять боев, главный из которых состоялся в июне, в битве у острова Хансандо. Разыграв отступление ввиду превосходящих сил противника, Ли выманил восемьдесят японских кораблей из гавани, а потом окружил, взяв в так называемое «крыло журавля». Потеря шестидесяти кораблей лишила японцев возможности проложить путь в Желтое море в обход Корейского полуострова и подвозить подкрепление, продовольствие и боеприпасы на передовую по воде. Последовавшая задержка, а также вступление в войну Китая вынудили японцев оставить Пхеньян и Сеул и начать мирные переговоры. Переговоры затянулись и в конце концов провалились, и в 1597 году Хидэеси возобновил попытки вторжения. Японцы учли горький опыт предыдущей кампании, а Ли Сунсина к тому времени сместили с должности в результате дворцовых интриг. Его бездарный преемник потерял в Чхильчоннянском сражении сто пятьдесят кораблей, и японцы уже готовились войти в Желтое море. 16 сентября спешно восстановленный в должности адмирал Ли, собрав десяток кораблей, остановил японцев в проливе Меннян — сужающемся до трехсот метров морском рукаве, скорость прилива в котором достигает десяти с лишним узлов. Лишивших морских каналов снабжения, наземные войска японцев снова были вынуждены уйти в оборону.

К концу следующего года Япония начала отступать, но корейцы и китайцы продолжали теснить ее на суше и на море. В ночь на 19 ноября 1598 года, за неделю до того как последние японские войска покинули Корею, Ли атаковал их в бухте Норянчжин. Японцы понесли большие потери, но Ли погиб в самый разгар битвы: «достойный конец», как выразился британский адмирал и историк XX века, признавший Ли «равным в своем деле» кумиру британского военно-морского флота лорду Нельсону. Однако последовавшее затишье в морских войнах в Северо-Восточной Азии объяснялось не господством одной державы, а отсутствием интереса к мореплаванию со стороны Китая и отказом Японии и Кореи от завоевания заморских земель на двести пятьдесят с лишним лет.