В конце 1997 – начале 1998 года Немцов всецело погрузился в еще одно важное дело – похороны царя… Дело в том, что уже вскоре после прихода в правительство Борис Ефимович был по совместительству назначен председателем Государственной комиссии по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков императора Николая II и членов его семьи. Сам орган был образован в октябре 1993-го, а в 1995 году были закончены все многочисленные работы и экспертизы по идентификации останков. Тогда же стало окончательно ясно, что это действительно Николай II и его семья, точнее, все, что от них осталось. Тогда же Священный синод РПЦ поставил перед комиссией дополнительные десять вопросов. Предлагалось провести стоматологическую экспертизу, исследовать проблему со шрамом на голове императора Николая II от удара саблей во время его поездки в Японию, провести дополнительные антропологические исследования. Последующие работы снова подтвердили идентичность найденных останков царской семьи. Были развенчаны бытовавшие с 1918 года мифы о том, что якобы «голова царя была отрублена и хранилась в кабинете Ленина», что «останки царской семьи были сожжены дотла», а само убийство «носило ритуальный характер». Немцов возглавил комиссию на заключительном этапе ее работы. 30 января 1998 года она официально завершила работу и выдала заключение, что останки, обнаруженные в Екатеринбурге, являются останками Николая II, членов его семьи и приближенных людей.

Незадолго до этого, в начале года, первый вице-премьер решил лично встретиться со Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, дабы изложить ему результаты работы и получить одобрение церкви на захоронение. «Подготовка этой встречи была возложена на меня, – вспоминал Виктор Аксючиц, в 1997–1998 годах советник Бориса Немцова, курировавший работу правительственной комиссии. – 15 января 1998 года Борис Немцов – председатель правительственной комиссии, Владимир Соловьев – старший прокурор-криминалист Генеральной прокуратуры, руководитель следственной бригады по идентификации останков, Александр Шубин – советник первого вице-премьера и я встретились с патриархом Алексием в его резиденции в Чистом переулке. Аудиенция длилась около двух часов. Владимир Соловьев передал официальный ответ Генеральной прокуратуры на десять вопросов. Его Святейшество внимательно прочитал записку и с присущей ему основательностью начал задавать уточняющие вопросы. Отвечали в основном Борис Немцов и Владимир Соловьев. Затем Патриарх отодвинул папку с материалами в сторону, положил на нее руку и сказал: „Вы меня убедили. Этот вопрос можно считать решенным. Обсудим место и время захоронения“. Алексий предложил совершить захоронение царской семьи в первую или последнюю неделю Великого поста. Однако Немцов возразил ему, что многие СМИ, которые и так постоянно критиковали комиссию, могут обвинить ее в спешке, что послужит поводом для очередных „версий и разоблачений“». В связи с чем Борис Ефимович предложил назначить захоронение на 17 июля, когда исполнится 80 лет со дня расстрела царской семьи. К тому же это будет выглядеть символично, вроде как новая власть раскаивается за преступления предыдущей и завершает исторический цикл переосмысления истории. В итоге, после длительного обсуждения, предложение Немцова было утверждено. По некоторым данным, именно ему принадлежала идея похоронить царя в родовой усыпальнице Петропавловского собора в Санкт-Петербурге, хотя были предложения сделать это в Москве и Екатеринбурге. Кстати, 26 февраля Священный синод высказался в пользу безотлагательного погребения останков императора Николая II и членов его семьи в «символической могиле-памятнике». Однако уже на следующий день было принято постановление правительства о захоронении в Петропавловском соборе 17 июля 1998 года – в день 80-летия расстрела царской семьи.

Работа в комиссии и сами царские останки, видимо, произвели на Немцова глубокое впечатление. Будучи меланхоликом по темпераменту, человеком впечатлительным, обладавшим высочайшей чувствительностью, он, вероятно, от начала и до конца внутренне пережил всю драму царской семьи и ее главы. А заодно и трагедию всей монархии Романовых и ее печальный исход. Возможно, даже представил себя или Ельцина на месте расстрелянных. Сначала тебя обожают, боготворят, а потом вот так вот возьмут и пристрелят в заброшенном подвале, как собаку… Этим мыслям способствовало и недавнее загадочное убийство друга Чубайса, вице-губернатора Санкт-Петербурга Михаила Маневича. Молодой 36-летний политик, член команды Анатолия Собчака, был застрелен в своей служебной машине прямо посреди Питера утром 12 августа 1997 года. В то время поговаривали, что это своеобразная «черная метка» правительству и реформаторам. Одним словом, поводов для мрачных мыслей при осмотре царских костей было предостаточно.

Кризис, в котором оказалось полуразгромленное к тому времени правительство, и потоки компромата в СМИ, скорее всего, тоже произвели на внешне улыбающегося Немцова тяжелое впечатление. Он конечно же догадывался, что работать будет нелегко, но не думал, что непреодолимые трудности возникнут так быстро. Морозной зимой (тогдашний декабрь стал одним из самых холодных за последнее десятилетие) он с ностальгией вспоминал прошлую весну. Когда все только начиналось. И жаркое лето, когда еще не было информационной войны, дела писателей и дурацкой игры на рейтингах. А он – Борис Немцов – разъезжал по Москве на «Волге» под одобрительные крики прохожих. Будущее тогда казалось светлым и солнечным, а теперь вот сменилось холодным и мрачным настоящим.

Под влиянием всех этих событий Немцов, который всю жизнь жил только эмоциями, видимо, окончательно разочаровался в демократии, которую раньше (во всяком случае, на словах) так любил. «К тому же больной Ельцин – это куда более надежно, чем очень здоровые Зюганов и Лебедь, – заявил Немцов в интервью газете „Фигаро“ в марте 1998 года на вопрос, не собирается ли он выставлять свою кандидатуру в президенты в связи с плохим самочувствием Бориса Николаевича. – И даже чем Лужков. Россия живет как при монархии. Зачем выставлять кандидатуру? Кого назначат, тот и станет президентом. Очень важно иметь царя. Россия слишком велика и малодемократична, чтобы действовать иначе». Некоторые тогда истолковали эти слова не иначе как стремление Бориса Ефимовича получить царский трон по наследству. «Повозился с царскими костями и почувствовал себя императором», – сказал по этому поводу спикер Совета Федерации Егор Строев о Немцове в марте 1998 года. Другие же, напротив, подумали, что тот отказывается от президентских амбиций. «Есть некий крамольный смысл в словах Немцова о монархии в современной России, – писал журналист Владимир Леонов. – С одной стороны, констатируемый „расцвет“ демократии. С другой стороны, коммунист-демократ Ельцин не продемонстрировал волю к сменяемости главного дирижерского пульта. Пообтершись год в верхних эшелонах власти, экс-губернатор понял: Борису III не бывать. Отсюда сегодняшний отказ выдвигаться в президенты-2000. Близко расположен источник утечки информации о том, что к XXI веку „устаревший“ институт младореформаторского вице-премьерства будет упразднен». Товарищ намекал на некие исторические аналогии с Борисом I Годуновым, который взошел на престол 400 лет назад – в феврале 1598 года. По мнению Леонова, в тот период Немцов решил отказаться от собственных президентских амбиций в угоду сохранения у власти действующего президента. «Спросили бы у страны, а хочет ли она еще до 2004 года топтаться на одном месте под Борисами в угоду их воли к власти?» – заключал журналист, даже не подозревавший, как изменится страна к тому самому 2004 году! Хотя определенная истина в тогдашних высказываниях Немцова все же была. «В то время Борис Немцов относился к президенту с большим пиететом, – вспоминал Олег Сысуев. – Боря не просто этого не скрывал, а буквально демонстрировал всем окружающим. Хорошо помню знаменитую папочку, с которой он ходил на доклад к Ельцину. На ней было написано крупными буквами „Царь“. Мне кажется, что Борис Николаевич тоже души не чаял в Борисе, и Немцов это чувствовал. Тем не менее уверен, что прямых разговоров типа „Борис Николаевич, оставьте меня преемником“ не было. Возможно, были какие-то намеки, но они так быстро улетучились, что здесь не нужно ничего придумывать. Борис слишком быстро стал тревожить основы „семейного“ устройства. Тут же последовал конфликт с Татьяной Борисовной Дьяченко и Валентином Борисовичем Юмашевым».