Пищевой магний всасывается в конечной части тонкого кишечника и прямой кишки. В случае отсутствия этой части желудочно-кишечного тракта из-за хирургического вмешательства всасывание происходит в верхней части тонкого кишечника – тощей кишке. Витамин D стимулирует его всасывание, равно как и кальция. Таким образом, от 40 до 60 % пищевого магния всасывается, 50–80 % того, что впиталось, выходит с калом и мочой. Если организму не хватает магния, потери с мочой и отходами пищеварения уменьшаются.