Сегодня френология стала олицетворением лженауки, но даже в пору расцвета ее неоднократно высмеивали. Историки психологии ею, как правило, пренебрегали, считая аберрацией, или, говоря словами бывшего президента Британского психологического общества (1932–1935) Д. К. Флюгеля, «постыдным faux pas». Однако теперь френологию все чаще рассматривают как своего рода протопсихологию, которая послужила началом многим направлениям современной психологии.

Именно френологи первыми заговорили о локализации функций мозга – то есть о том, что определенные умственные способности соответствуют определенным участкам мозга. Сегодня это основное положение нейропсихологии, в то время как строгая классификация этих соответствий, предложенная френологией, давно вышла из употребления. Представление о том, что внешняя поверхность черепа соотносится с формой мозга внутри черепной коробки и что это, в свою очередь, каким-либо образом связано с умственными способностями, сегодня вызывает общий смех. Однако, палеоантропологи, изучающие доисторического человека, на основании измерения выпуклостей на внутренней поверхности черепов доисторических людей отмечают увеличение участков мозга, предположительно отвечающих за речь, и таким образом делают выводы о развитии речевых способностей человека. У френологической концепции способностей также имеется множество соответствий в психологии, от предложенного Хомским «механизма усвоения языка» (см. ) до классификаций характера в психологии личности (см. ). В целом к заслугам френологии, равно как и месмеризма (см. ), сегодня относят развитие новых представлений и методов изучения психики, по крайней мере частично основанных на фактах и отвечающих принципам науки, что позволяет считать френологию своего рода повивальной бабкой психологии.