Признаки нехватки марганца в почве прежде всего проявляются на верхних листьях, в их основаниях растений-индикаторов: картофеля, капусты и свеклы. Белые, светло-зеленые, красные пятна появляются так же, как при магниевом голодании, но не на нижних, а на верхних, молодых листьях. У пораженных растений развивается межжилковый хлороз, листья желтеют между жилками от края к центру, образуя участки в форме язычка. При этом жилки листа в течение долгого времени могут оставаться зелеными, вокруг жилок образуется зеленый ободок. Иногда нехватка марганца вызывает бурую пятнистость листьев.
При избытке марганца железо переходит в окисную форму, что является ядом для растения. Чтобы избежать подобных проблем необходимо вносить железа в четыре раза больше, чем марганца. Именно такое соотношение является выгодным для растения. При переизбытке магния у растения появляются признаки недостатка кальция.