С наступлением весны 1859 года Преосвященный Игнатий весьма сочувственно отнесся к делу об улучшении быта крестьян с уничтожением крепостного права. Его глубоко огорчило кривое толкование воли Государя-Освободителя, извращение смысла слов «свобода» — «воля», благоволением Монарха дарованных своим подданным. По этому поводу Преосвященным были сделаны два предложения, разосланные циркулярно по епархии: в том и другом излагался евангельский взгляд на дело, и предлагалось духовенству руководствоваться этим взглядом в случаях сношения с прихожанами, когда эти будут обращаться за советом или вразумлением касательно крестьянского вопроса.

Летом того же года Преосвященный объезжал западную часть своей епархии; посетил приходы и монастыри Черноморья и около двух месяцев прожил в Тамани. С осени он занялся приисканием и устройством нового помещения для семинарии, помещавшейся в наемном по контракту доме, тесном и неудобном, которому уже приближался исходный срок найма. При содействии местного гражданского начальства состоялся весьма выгодный наем на продолжительный срок частных домов под это заведение в нагорной и самой здоровой части города, рядом с церковью Святого Апостола Андрея Первозванного, что на архиерейской лесной даче, примыкающей в этом месте к главной торговой площади города. Множество следственных дел, тянувшихся производством, множество давних неудовольствий между прихожанами и духовенством и еще большее число дел, возникших от немирных столкновений уездных гражданских властей с духовными, или были окончены мирными соглашениями, или разобраны и решены; из множества их осталось разве ничтожное количество неоконченных, так что вообще можно сказать, что епархия была приведена в полное благосостояние.

Но скорби не оставляли преследовать епископа Игнатия и в этом его положении, а кончина митрополита Григория лишила его ближайшего человека, принимавшего в нем дружеское участие. К тому же его постигла очень тяжкая болезнь: натуральная оспа, соединенная с сильной горячкой. Продолжительно тянулось его выздоровление, силы его стали заметно слабеть, он решился проситься прямо на покой в знакомый уже Николо-Бабаевский монастырь; в конце июля 1861 года подал о том рапорт в Синод и обратился с письмом к Государю Императору.

Вот содержание этого письма:

«Августейший Монарх,

Всемилостивейший Государь!

Чувствуя изнеможение сил от болезненности, продолжающейся около 40 лет, и постоянно питая в душе моей желание окончить дни в уединении, я подал в Святейший Синод рапорт, в котором, донося о состоянии своего здоровья, прошу об увольнении меня от управления епархиею и предоставлении мне в управление общежительного Николо-Бабаевского монастыря, на Волге, в Костромской епархии, по тому образцу, как это делалось для многих архиереев, уволенных от дел епархиальных. То милостивое внимание, которого удостаивали меня Ваши Августейшие Родители, называя меня своим воспитанником, дозволяет мне обратиться к Вашему Императорскому Величеству с всеподданнейшею и убедительнейшею просьбою. Не во внимание к какой-либо заслуге или достоинству, — коих нет у меня — в память Ваших почивших Родителей окажите мне милость, повелите удовлетворить моему прошению, даруйте мне просимый приют, в котором я мог бы окончить в мире дни мои, вознося недостойные и убогие молитвы к Богу о благоденствии Вашем и всего Вашего Августейшего Дома, о покое и вечном блаженстве Ваших приснопамятных Родителей.

С чувствами верноподданническими благоговейнейшего уважения и совершеннейшей преданности имею счастье быть», и проч. 24 июля 1861 года».

Августа 5-го состоялось увольнение с назначением пенсии по 1000 руб. в год; впоследствии она по Высочайшему повелению увеличена прибавкой 500 рублей.

19 сентября 1861 года Государь посетил Кавказ, но в Ставрополе не был, а осматривая вновь покоренные земли за Кубанью, спрашивал у графа Евдокимова (главная квартира которого была в Ставрополе) о Преосвященном и через него прислал ему орденские знаки Святой Анны 1-й степени, которые уже не застали Владыку в Ставрополе, а отправлены к нему по почте на новое место жительства.

При отъезде из Ставрополя, так же, как и прежде из Петербурга, у Преосвященного не имелось собственных денежных средств; он должен был опять прибегнуть к посторонней помощи, чтобы рассчитаться с некоторыми долгами и покрыть путевые издержки. На пути следования через Москву он остановился у старого знакомца своего Преосвященного Леонида, епископа Дмитровского, викария Московского, и прогостил у него за болезнью до двух недель. У него сделался нервный удар в правой ноге, и хотя принятыми медицинскими мерами и получил некоторое облегчение, но с того времени стал постоянно страдать слабостью этой ноги.

Во время пребывания своего на Кавказе Преосвященный Игнатий не оставлял своих духовно-литературных трудов. Кроме устно сказанных поучений, он написал здесь всю книгу «Приношение современному монашеству», составляющую 5-й том его творений. В ней преподает он современному монашеству советы жизни иноческой в правилах наружного поведения и во внутренней душевной деятельности применительно к тем многоразличным служениям, какие возлагаются на монашествующих в наше время. Составил слова: «О различных состояниях естества человеческого по отношению к добру и злу», «О видении духов» и «О спасении и христианском совершенстве».

«Слово о видении духов» составлено Преосвященным на основании собственных опытов. Такого рода опыты он изведывал в течение большей половины своей духовной жизни и изображал их в своих книгах, смотря на них как с духовной, так и с физической сторон.