Епископ Игнатий в столь продолжительное настоятельствование свое в Сергиевой пустыне не только не скопил себе никакого капитала, но дошел до такой нестяжательности, что при отбытии своем не имел даже собственных средств на дальнюю дорогу. Он всегда был чрезвычайно щедр на милостыню; отказа не делал никому, если имел что подать; когда не случалось денег, то подавал вещами, так что келейные старались наделять просящих деньгами, сколько было возможно, предупреждая просителей от личных отношений к архимандриту. Поэтому, когда надо было выехать из Петербурга, епископ вынужден был прибегнуть за денежным вспомоществованием к одному близкому ему по духовным отношениям лицу, которое и снабдило его пособием в тысячу рублей. 25 ноября он оставил Петербург и 26-го прибыл в Москву, откуда ездил в Сергиеву Лавру. Пробыв в Москве с неделю, он отправился на Харьков и Ростов (на Дону), останавливался в губернских городах у епархиальных архиереев, по приглашению их литургисал в Курске и Харькове, заезжал в Святогорский монастырь и 24 декабря, утром, выехал из Бахмута еще по летней сухой дороге. В ночь на Рождество он был застигнут в степи страшной снежной метелью, которая подвергала его жизнь большой опасности. Только к семи часам утра, 25 декабря, он кое-как добрался до жилья, в санях, в которых выехали его отыскивать священнослужители ближайшего села, извещенные кучерами, оставившими экипаж в степи и верхами поскакавшими на звон колоколов искать помощи.

4 января 1858 года в четвертом часу пополудни епископ Игнатий прибыл в Ставрополь Кавказский. Архиерейского дома не было; новоприбывший Владыка остановился в приготовленной для него квартире в доме купца Стасенкова. Существовал небольшой деревянный домишко, похожий на хижину, который лет за 14 до этого подарил ставропольский купец Волобуев для временного помещения первого епископа Иеремии. К этой же хижине была пристроена столько же незатейливая половина из двух небольших комнат, названных залой и гостиной, последняя служила вместе и моленной для архиерея, так как из нее были сделаны окошечко и входная дверь в пристроенную к этой хижине небольшую каменную церковь Крестовую. Тогда же и этот плохой домишко пришел в крайнее разрушение, так что граждане посовестились принять в него епископа; движимые благожеланием, они наняли для него приличную квартиру на свой счет. В день приезда Преосвященный принимал в своей квартире духовенство кафедрального собора, граждан с хлебом-солью и начальника губернии генерал-лейтенанта А. А. Волоцкого; вечером слушал дома всенощную, и на другой день (воскресный), 5 января, служил Литургию в рядской соборной церкви. В день Богоявления, по совершении Литургии, освящал воду в бассейне, расположенном в середине города, при значительном собрании войск, с окроплением знамен и при многочисленном стечении народа, который принял Владыку приветливо.

Епархия Ставропольская, совсем неустроенная, потребовала от Преосвященного Игнатия больших трудов. Она учреждена была около 1840 года. Первым ее епископом был Иеремия, который по ревности к православию слишком строго отнесся к раскольникам, которых весьма значительное число в Кавказском линейном казачьем войске. Вследствие этого Кавказское линейное начальство ходатайствовало об изъятии линейного казачьего населения из ведомства епархиального архиерея и о передаче в ведение обер-священника Кавказской армии. Таким образом, в только что учрежденной епархии из пятисот тысяч душ, составлявших ее паству, половина отошла из управления епископа, который никак не подозревал возможности такого отделения. Так как епархия эта была поставлена в разряд третьеклассных, то епископ ее должен был содержаться на жалованье в 285 руб. серебром в год. В виду того, что такая сумма была крайне недостаточна для вновь открывшейся кафедры, которая требовала во всем необходимого устройства, Святейший Синод определил временно отпускать епископу из синодских сумм по 1000 руб. серебром в год карманных денег и по 1500 руб. серебром на содержание архиерейского дома, впредь до полного устроения кафедры.

Преосвященный Игнатий нашел в Ставрополе, как выше замечено, гражданским губернатором Волоцкого, Вологодского уроженца, своего сверстника по детству, с которым одновременно приехал в Петербург определяться на службу; начальником войск был генерал-лейтенант Филипсон, человек весьма благочестивый, а наместником — князь А. И. Барятинский. Вскоре Волоцкой уехал в отпуск и место его занял Ставропольский вице-губернатор П. А. Брянчанинов, родной брат епископа. При отправлении из С.-Петербурга обер-прокурор Синода граф А. П. Толстой уверял Преосвященного, что ему будут продолжать выдачу тех пособий от Синода, которые получали его предместники, но, несмотря на многократно повторенную просьбу, ни одного из помянутых прежде получаемых окладов ни разу не дали; между тем епископу было бы нечем жить, если бы особые случайные обстоятельства, как то: сближение сперва с товарищем детства, потом с родным братом — не дали возможности восполнять недостатки. Ко времени приезда епископа Игнатия на кафедру архиерейскому дому были даны только штатные служители, кусок земли пахотной, около двухсот десятин вдали от города, да лесная дача вблизи города, в который она входит одной частью своей, примыкая к Андреевской церкви, принадлежащей архиерейскому дому, при коей помещается ныне викарный епископ. С этой лесной дачей архиерейскому дому пришлось получить в свое ведение спорное дело с одним частным лицом, сделавшим в этой даче захват земли, на которой им устроен был кирпичный завод.

Первым делом епископа было благодарить граждан города за заботливость их о его помещении, причем он представил им неудобство жить ему, окруженному монахами, в светском доме семьянина, просил их помочь ему устроить хотя небольшое помещение при Крестовой церкви вместо вышеупомянутой развалившейся хижины. Граждане с усердием согласились. Тотчас собрана была сумма более 4 тысяч рублей, и с открытием весны началась постройка деревянного на каменном фундаменте дома о восьми комнатах с девятой моленной. В этом доме поместились: архиерей, два иеромонаха, несколько послушников и прислуга. Одновременно с этим было сделано епископом сношение с гражданским губернатором о соглашении управления государственными крестьянами заменить штатных служителей, которые наряжались палатой, взносом ежегодно денег по местной уменьшенной справочной цене по 40 рублей в год за рабочего. Соглашение это, представленное Кавказскому наместнику, было утверждено; точно так же по Высочайшему повелению, испрошенному наместником, заменены были и угодья, законом определенные архиерейским домам, ежегодным соответственным денежным окладом Кавказскому архиерейскому дому из оброчных сборов палаты государственных имуществ. Этим и ограничилось улучшение содержания епископа в бытность Преосвященного Игнатия на Ставропольской кафедре. Видя представления свои Святейшему Синоду об увеличении средств существования по разным причинам неуваженными, епископ Игнатий вошел об этом с ходатайством непосредственно к наместнику Кавказскому — князю Барятинскому, представив ему вполне положение епископа Кавказского, нищего, по тем средствам содержания, которые определялись ему лично (285 руб. серебром годового жалованья), и поставленного на такое административное место, которое непременно требует соответственной внешней обстановки и некоторой независимости в материальных средствах; при этом был представлен наместнику штат Таврической епархии, по примеру которой епископ просил определить содержание Кавказской кафедре. «Не для себя забочусь я об этом окладе, — писал Преосвященный Князю, — ибо меня несомненно уже не будет тогда, когда разрешится это мое представление, а забочусь для самого дела; лучше закрыть кафедру, чем оставлять ее в таком положении нищенском, понуждающем чиновников и лиц, какими обставлен епископ, искать неправильных средств к существованию». Это ходатайство, подкрепленное участием фельдмаршала, увенчалось успехом, но уже тогда, когда Преосвященный Игнатий оставил Кавказскую кафедру, теперь одну из самых обеспеченных в материальном отношении.

Первой заботой епископа Игнатия по управлению паствой было устроение богослужения в надлежащем церковном чине и восстановление должных отношений между духовенством и народом, как в городах, так и в селах. Сам он в обращении с духовенством был приветлив, прост и прям, постоянно заботился о его быте, образовании и взаимных отношениях, приличествующих священному сану; внимательно входил в действия благочинных, в нравственное состояние тех, кои подвергались наказаниям и замечаниям, стараясь, сколько возможно, отделять служебную виновность лица от его семейных обстоятельств и всяких домашних нужд. В исходе августа Преосвященный объехал юго-восточную часть епархии, посетил города Моздок и Кизляр и селениями восточной части губернии возвратился в Ставрополь, где на зиму и перешел во вновь построенный дом.

Преосвященный Игнатий обращал свое внимание также и на воспитание юношества в подведомственных ему учебных заведениях. Так, он нашел необходимым ограничить меры наказания, бывшие в обычаях в этих училищах, предложением семинарскому правлению, чтобы воспитатели обращали более внимания на нравственную сторону взысканий, развивали в детях и юношах совестливость, как более гарантирующую их доброе поведение, и тщательно обсуждали правдивость наказаний, соразмеряя их с виновностью; чтобы самые наказания эти были разумно-человечные, без увлечения гневом или горячностью.