Много было трудов, препятствий, неудач, скорбей и искушений как для самого настоятеля, так и для окружавшей его пришедшей с ним братии; самое неудобство местоположения монастыря, стоящего на бойком перепутье загородных жилищ столицы, было для них тяжелым внутренним крестом, незримым для очей мира. Здесь архимандрит Игнатий, опытно обучая своих духовных чад внутреннему крестоношению, которое бывает уделом всякого благочестивого христианина, а тем более инока, сам служил для них примером благодушного терпения и безропотного несения креста своего, в чем, при содействии благодати, достиг столь великой духовной силы, что такое крестоношение во многих случаях было для него любезно. Так, продолжая вышеприведенную статью «Плача», он говорит о себе: «Здесь Милосердый Господь сподобил меня познать невыразимые словом радость и мир души; здесь сподобил Он меня вкусить духовную любовь и сладость в то время, как я встречал врага моего, искавшего головы моей, и соделалось лицо этого врага в глазах моих как бы лицом светлого Ангела. Опытно познал я таинственное значение молчания Христова пред Пилатом и архиереями иудейскими. Какое счастье быть жертвою, подобно Иисусу! Или нет! Какое счастье быть распятым близ Спасителя, как был некогда распят блаженный разбойник, и вместе с этим разбойником, от убеждения души, исповедовать: «Достойно по делом моим приемлю: помяни меня, Господи, во Царствии Твоем. В «Слове утешения к скорбящим инокам» духовный крестоносец так поучает тому предмету, который, можно сказать, составляет насущный хлеб истинного монашеского жительства: «Последуем Христу! Смиримся подобно Ему! Подобно Ему не откажемся прослыть льстецами и умоисступленными, — не пощадим чести нашей, не отвратим лица от заплеваний и ланит от заушений; не будем искать ни славы, ни красоты, ни наслаждений, принадлежащих миру сему; совершим земное странствование, как странники, не имеющие где главу подклонить; примем, примем поношения, уничижения и презрение от людей, как неотъемлемые принадлежности избранного нами пути; будем явно и тайно бороться с помыслами гордыни, всеусильно низлагать эти помыслы нашего ветхого человека, ищущего оживить свое «я» под различными правдоподобными предлогами. Тогда Сын Божий, сказавший вселюся в них и похожду, явится в сердце нашем и дарует нам власть и силу связать крепкого, расхитить сосуды его, наступить на аспида и василиска, попрать их.

Отвергнем ропот, отвергнем жалобы на судьбу нашу, отвергнем сердечную печаль и тоску, от которых слабые души страдают более, нежели от самых скорбей. Отвергнем всякую мысль о мщении и воздаянии злом за зло. Мне отмщение, Аз воздам, — сказал Господь.

Хочешь ли переносить скорби с легкостию и удобством? Смерть за Христа да будет вожделенна тебе. Эта смерть да предстоит непрестанно перед очами твоими. Умерщвляй себя ежедневно воздержанием от всех греховных пожеланий плоти и духа; умерщвляй себя отвержением своей воли и отвержением самооправданий, приносимых лжеименным разумом и лукавою совестию ветхого человека; умерщвляй себя, живо представляя себе и живописуя неминуемую смерть твою. Нам дана заповедь последовать Христу, взяв крест свой. Это значит, что мы должны быть всегда готовы с радостию и веселием умереть за Христа»…

«Желающий умереть за Христа, какой напасти, какого оскорбления не претерпит великодушно?»

Вместе с необходимыми постройками и учреждением порядков внутри обители настоятель архимандрит Игнатий должен был обратить свою деятельность и на другие отрасли ее благоустройства, именно на поземельную собственность и сельское хозяйство. По вступлении в управление монастырем он не нашел ни одного межевого знака на монастырской земле. По делопроизводству обители оказалось, что всей землей, которая была приобретена покупкой еще основателем пустыни, пользовались незаконно экономические крестьяне деревни Подмонастырской слободы, монастырь же имел лишь 25 1/2 десятин, занимаемых огородом и покосом, — и что все хлопоты монастыря о восстановлении его прав на эту землю, несмотря на неоспоримость его документов, остались безуспешными. В 1835 году архимандрит вошел с прошением о восстановлении на монастырской земле межевых знаков и о скорейшем разборе прав на владение землею, неправильно присвоенной крестьянами, а также о наделе монастыря лесным участком, согласно объявленному 4 июня 1835 года Высочайшему повелению, в силу которого монастыри, в видах поддержания их в способах существования, должны быть наделены для устройства земледельческого хозяйства примерно от 100 до 150 десятин земли. Спорное с крестьянами дело о земле решено в 1836 году тем, что хотя земля признана принадлежащей монастырю, но в видах затруднения выселиться с нее крестьянам, основавшимся на ней с 1765 года, положено, по соглашению с настоятелем, разделить землю на две части: восточную сторону, на которой стоит монастырь, по линии от севера к югу — отдать ему, а западную, на которой поселились крестьяне, уступить им. Согласие на эту уступку прекрасно выражено настоятелем в письме его к бывшему статс-секретарю о принятии прошений князю А. Н. Голицыну. «Ваше Сиятельство, — писал архимандрит, — обычное снисхождение ваше внушает мне смелость беспокоить вас покорнейшею просьбою, впрочем, весьма для вас легкою; она состоит в следующем: наша обитель давно ведет процесс о земле, по купчим, плану и межевой книге генерального межевания ей принадлежащей, но оспариваемой казенными крестьянами, которые самовольно на ней населились. Министр финансов, рассмотрев дело, хотя и нашел, что земля по всей справедливости принадлежит Сергиевой пустыне, однако, затрудняясь переселением крестьян, положил землю разделить так: сторону, на коей стоит монастырь, отдать монастырю, а на коей поселились крестьяне — крестьянам. Сие мнение его поступило в Комитет министров. Думаю, что преподобный Сергий лучше бы согласился уступить часть достояния своего, чем причинить огорчение крестьянам переселением их, чему простые сии люди не иначе повинуются, как предаваясь неутешной печали и горьким слезам. Посему и я, поверенный преподобного Сергия, как в сем деле, так и в прочих, до обители его касающихся, должен соображаться с благоутробием своего Настоятеля и решением министра финансов быть довольным. Поддержите сие решение в Комитете министров. Вот в чем состоит вся просьба к вашему Сиятельству от поверенного обители преподобного Сергия».

Во время ведения дела о поземельном владении настоятель положил хозяйственные начала тем, что прекратил отдачу в арендное содержание небольшого участка земли, оставшегося во владении обители, завел на ней огородничество, улучшил садоводство, значительно прибавил яблонь в саду. Отрезанная в монастырское владение дача, с самого начала тяжбы остававшаяся без всякого возделывания, поросла кустарником и обратилась в болото. Очистка и осушка болота было делом одного года. Задумав обеспечить содержание монастыря введением рационального сельского хозяйства, архимандрит Игнатий просил у митрополита Серафима разрешение занять из капитала комиссии духовных училищ 45000 руб., с рассрочкой уплаты капитала и процентов на 8 лет. Сумма эта нужна была на заведение скотоводства, земледельческих орудий, рабочих лошадей, найма людей и другие хозяйственные нужды и постройки. По Высочайшему разрешению комиссия отпустила только 30 000 руб., но вклад о. Михаила Чихачова, пожертвовавшего 40 000 руб. ассигнациями в личное, безотчетное распоряжение архимандрита, дал средство окончить это дело и достигнуть возможного расширения и улучшения скотоводства и всего сельского хозяйства. Монастырь стал пользоваться круглый год овощами со своих огородов; ржаного хлеба доставало нередко на весь год, несмотря на значительно увеличивавшееся число братии, на огромный расход его для раздачи богомольцам в праздничные дни и на продовольствие всех монастырских рабочих; овса и сена было столько, что ежегодно продавалось на сумму от одной до полуторы тысячи рублей. Скотоводство доставляло для братской трапезы в изобилии молочные продукты; кроме хуторных земледельческих построек, стоивших до 20 000 руб. ассигнациями, с ригою для сушки хлеба и с сараями для клевера, — были сделаны и другие при обители необходимые деревянные постройки.

Улучшения и распространения хозяйства и доходы от богомольцев, во множестве стекавшихся в обитель, дали возможность содержать большее число братии, нужду в которой увеличивали как сами богомольцы, так и частые требования начальства о командировании на флотскую службу иеромонахов. Архимандрит стал просить в 1836 году епархиальное начальство об увеличении штата монашествующих шестью иеромонахами. Святейший Синод, на усмотрение которого представлено было это дело, 23 мая 1836 года постановил следующее определение: «Принимая в рассуждение, — писал Синод, — что Сергиева пустынь, находясь близ столицы, посещается многими богомольцами, что в ней при управлении нынешнего настоятеля нравственное состояние братии, благочестие и порядок между ними и в самом церковном служении ощутительно улучшаются и что монашествующие ее нередко командируются во флот для морских кампаний, Святейший Синод нашел справедливым и полезным вместо предполагаемого епархиальным начальством только увеличения в этой пустыне штата иеромонахов шестью человеками, возвести оную из второго в первый класс, с присвоением ей штата людей и содержания, общего для монастырей первоклассных, и тем доставив пустыне способ приуготовлять большее число хороших монашествующих, поддержать достоинство ее во мнении народа, для богомоления туда стекающегося». — Это постановление, которым выражается признание высшим духовным правительством современного преуспеяния обители Сергиевской, было по Всеподданнейшему докладу Высочайше утверждено 3 июня 1836 года. Следствием этого было быстрое увеличение числа братии, дошедшего к 1837 году уже до 42 человек. Недоставало помещения для всех. Промысл Божий явил скоро помощь: около этого времени поступил в пустынь происходивший из петербургских купцов Макаров, скончавшийся в этой пустыне схимонахом. Он пожертвовал в пользу обители весь свой благоприобретенный капитал, составлявший 50000 руб. ассигнациями. Из числа этой суммы употреблено 40000 на построение в 1840 году внутри монастырской ограды большого деревянного на каменном фундаменте корпуса братских келлий; 10000 поступили на удовлетворение существеннейших нужд обители.

Круг деятельности архимандрита Игнатия расширился еще назначением его 22 июня 1838 года благочинным всех монастырей С.-Петербургской епархии. Служение это он нес до самого выбытия его на епископскую кафедру. И на этом служении он приобрел общее доверие и уважение как настоятелей монастырей, так и монашествующей братии, соединяя для всех в лице своем и разумно твердого представителя власти административной, и, для искавших духовного совета, — старца, опытного руководителя, всегда готового с любовью помочь ближнему советом духовным и словом духовного утешения.