Намерение игумена Игнатия переселиться из Лопотова монастыря имело в основании чисто физическую причину. Его надломленному организму нужен был климат если не южный, то, по крайней мере, сухой, а не болотистый. Счастливый вниманием Московского владыки, он довольствовался бы Николо-Угрешским монастырем; но Державная воля поставила его на более широкую деятельность.

Местность Сергиевой пустыни в климатическом отношении не представляла даже тех удобств, какими обладал Лопотов монастырь. Береговая сторона Финского залива, волны которого разливаются в виду самой обители, никак не могла служить к восстановлению физических сил. В духовно-нравственном же отношении новое место жительства представляло гораздо более неудобств сравнительно с прежним; оно требовало сугубого духовного подвига, так как более было обстановлено тернием житейской молвы и суеты, которое неминуемо должно было уязвлять духовного человека. Только живая вера в Промысл Божий и добрая совесть в исполнении иноческого обета послушания, какое архимандрит Игнатий оказывал Царской воле, могли подкреплять его при вступлении на это новое поприще. Он вступал туда как истинный монах; враг личных интересов, он заботился единственно о благе вверенной ему обители. Как верноподданный и инок, он твердо решился в точности исполнить волю возлюбленного Монарха, сделав вверенную ему пустынь образцовой обителью во всех отношениях.

Сергиева пустынь, основанная в 1734 году и расположенная близ самого Петербурга, немного в сторону от нынешней Петергофской железной дороги, находилась, как сказано, под управлением викарных епископов. Такое административное положение далеко не благоприятствовало ее материальному состоянию, а близость столицы делала ее перепутьем для проезжающих столичных жителей, что весьма невыгодно влияло на духовный быт братства обители. Здания монастырские, начиная с церкви преподобного Сергия до последних монастырских служб, были давно запущены. В церкви, когда приступлено было к ее поправке, оказались годными только одни стены; согнивший внутри настоятельский корпус почти не существовал, он стоял запертым и не мог быть отапливаем; помещения новоприбывшему настоятелю вовсе не было, и он принужден был остановиться в инвалидном доме, устроенном при монастыре на иждивение графов Зубовых и состоящем на их содержании. Там ему отведены были две комнаты, в которых он и поместился с восемью человеками братии, собственно монахов; все найденное им до него бывшее братство обители состояло из тринадцати человек: восьми монашествующих, трех послушников и двух подначальных. Несмотря на такое незначительное число братии, в среде их не было порядка, приличествующего монастырю. Запущенность в материальном, распущенность в нравственном отношениях царили во всей силе. В таком положении застал Сергиеву пустынь новый настоятель. Обитель требовала такого настоятеля. Судьбами Промысла, или молитвами преподобного Сергия, через сто лет от основания началось ее восстановление, как вещественное, так и духовное. Представительная личность настоятеля, его аскетическая духовность соответствовали положению обители и тому назначению, с каким он принял ее. Но труды и заботы по внешнему возобновлению и благоустройству и отношения всякого рода к высшим и низшим положили печать свою на болезненного и строгоподвижного инока. По собственному его признанию, скорби от человеков, постигавшие его доселе, были «умеренные». — «Чтобы испытать их, — говорит он в своем «Плаче», — нужно было особенное поприще. Непостижимыми судьбами Промысла я помещен в ту обитель, соседнюю северной столице, которую, когда жил в столице, не хотел даже видеть, считая ее по всему несоответствующей моим целям духовным. В 1833 году я был вызван в Сергиеву пустынь и сделан ее настоятелем. Негостеприимно меня приняла Сергиева пустынь. В первый же год по прибытии в нее я поражен был тяжкою болезнию, на другой год другою, на третий третиею; они унесли остатки скудного здоровья моего и сил, сделали меня изможденным, непрестанно страждущим. Здесь поднялись и зашипели зависть, злоречие, клевета, здесь я подвергся тяжким, продолжительным, унизительным наказаниям, без суда, без малейшего исследования, как бессловесное животное, как истукан бесчувственный; здесь я увидел врагов, дышущих непримиримою злобою и жаждою погибели моей».

Из этого очерка вступления о. архимандрита Игнатия в новую обитель видно, что его настоятельская деятельность с самого начала должна была делиться на две отрасли: по внешнему устройству и внутреннему благочинию. Первым делом настоятеля было возобновление храма преподобного Сергия и капитальное исправление корпуса настоятельских келлий. Вот что он писал в 1834 году в прошении своем к тогдашнему С.-Петербургскому митрополиту Серафиму о дозволении произвести в обители необходимые постройки и исправления: «Обозревая монастырские здания, я нашел оные безысключительно в весьма неблагоприятном положении. Такое состояние видели предместники мои в управлении монастырем преосвященные епископы Ревельские, и потому приготовили заблаговременно денежную сумму (до 50 тысяч рублей ассигнациями) и значительное количество кирпича, имея непременною целию починку ветхих и постройку новых зданий». Работы были начаты с разрешения С.-Петербургского епархиального начальства, которым дозволено употребить собранные 50 тысяч рублей ассигнациями и заготовленный кирпич. Графиня Орлова также много помогала своими щедрыми даяниями. Церковь и корпус настоятельских келлий, как однофасадные здания, были соединены новым двухэтажным корпусом, в верхнем этаже которого весьма удобно устроена была обширная братская трапеза, а в нижнем расположены кухня и пекарня и другие хозяйственные помещения». Во время производства этих построек, в том же 1834 году, летом, совершенно неожиданно посетил обитель Государь Император. Приехав из Петергофа около 6-ти часов пополудни, он один вошел в церковь и спросил встреченного монаха: «Дома ли архимандрит? Скажи, что прежний товарищ хочет его видеть». Пришел архимандрит в сопровождении неизменного товарища его о. Михаила Чихачова. Милостиво и ласково обошелся с ними Государь, спрашивал о третьем их товарище Федорове, вместе с ними поступившем в монастырь, и на ответ, что Федоров возвратился в мир и вновь на службе, заметил: «Видно, ему монастырский хлеб сух показался, а тебе, — обратился к Чихачову, значительно пополневшему, пошел впрок». — В это же время приехали Государыня Императрица и Государь Наследник. Народу, естественно, собралось много, и весь этот народ был свидетелем того отеческого внимания, которое всегда составляло отличительную черту в отношениях покойного Императора к почившему владыке Игнатию. Затем Государь изволил подробно осматривать производившиеся постройки и нашел необходимым возобновить соборный храм, для чего велел архимандриту представить смету в порядке служебных инстанций. Представленная смета утверждена 25 декабря 1835 года, и по государственной росписи назначено было выдать из казначейства С.-Петербургской казенной палаты 96808 руб. 19 коп. на поправление Троицкого соборного храма. Возобновление было окончено в 1838 году, а в 1842 году в этом храме были устроены богатые клиросы на сумму, пожертвованную Императрицей Александрой Феодоровной.

Первой заботой настоятеля по внутреннему духовному благосостоянию обители было установление во всем строгого порядка, согласно монастырским уставам: церковное богослужение стало совершаться в стройном чине, с величием и торжественностью, которые дополняли привлекательное хоровое пение, внятное чтение, чинное стояние, поклонения по положению и вообще благообразные движения, благочинное пребывание в трапезе, весьма приличная одежда; а опрятность и чистота во всем придавали всей обстановке вид изящества, соединенного с простотой, которые облагораживали самые нравы иноков. Настоятель вникал в келейную жизнь каждого, настраивал к спасительному препровождению времени в чтении монашеских книг, к несению посильных трудов по послушаниям, проводил дух истинного монашества в братство, располагая всякого ко вниманию, к принятию совета и назидания в нравственной жизни, к устроению себя по руководству святоотеческих писаний. Он сообщал братству свой образ мыслей и взгляды на монашество, был отцом и наставником всех, принимая к себе на откровение помыслов, для созидания и настроения духовного. Двери келлии о. Архимандрита были открыты; к нему входили свободно от престарелых монахов-священнослужителей до юных послушников, вследствие чего все братство стало составлять одну великую семью, управляемую одним отцом, связанную союзом согласия и духовного единения, одушевляемую и руководимую высоким учением отца-наставника. Особенно, говорит Чихачов, помогало деятельности настоятеля его уменье выбирать людей и его знание сердца человеческого, которым он умел привязывать людей к делу, им доверяемому. Он искал развить в человеке преданность поручаемому ему делу и поощрял ее одобрениями и даже наградами и повышениями. Окружая себя людьми со способностями и силами, он быстро достигал своих целей и приводил намерения свои в точное исполнение.