Под 30 декабря 1911 года в Оптину пустынь прибыл по поручению Святейшего Синода епископ Кишиневский Серафим, посланный для ревизии в связи с жалобами, которые оказались несостоятельными. Он посетил и скит, где был на богослужении, в келлии скитоначальника отца Варсонофия, и результатом его посещения было его предложение Синоду перевести игумена Варсонофия настоятелем Старо-Голутвина монастыря в сане архимандрита. Отец Варсонофий не хотел покидать скита, ставшего для него родным, и братии скитской, которая глубоко его уважала и любила. Конечно, он подчинился решению Синода, но все же просил оставить его в скиту хотя бы и простым монахом.
За него решила походатайствовать старшая братия монастыря и скита. 29 февраля 1912 года они направили в Синод письмо, где было сказано: «Обсуждая это дело, старшая братия пустыни и скита приняла во внимание, что отец игумен Варсонофий в настоящее время самый нужный инок для скита и пустыни. С кончиной приснопамятного отца протоиерея Иоанна Кронштадтского и старца отца Варнавы в последние годы заметно стал увеличиваться прилив в Оптину богомольцев, и преимущественно лиц интеллигентных, образованных, с разных концов России. И отец игумен Варсонофий удовлетворял эту потребность. Он не только ежедневно устно ведет старческое окормление стекающихся как простых, так и образованных лиц, но и продолжает затем общение с ними и руководство посредством переписки, достигающей нескольких — не менее четырех — тысяч в год (писем). Оптина находится в самом центре России — для старчествования в ней нужны такие иноки, как отец Варсонофий, заменить которого в настоящее время некем. Приняв все вышеизложенное во внимание, старшая братия пустыни и скита постановила: выразить отцу Варсонофию братскую любовь и ходатайствовать пред высшим начальством об оставлении его в ските для духовного окормления и руководства притекающих богомольцев и братским духовником».
Под этим прошением подписались архимандриты Ксенофонт и Агапит, иеромонахи казначей отец Иннокентий, ризничий отец Феодосий, старец отец Анатолий и другие иеромонахи и иеродиаконы. Среди этих подписей — имя отца Нектария, духовного друга отца Варсонофия, много помогавшего ему, особенно в то время, когда отец Варсонофий был еще послушником и устремлялся к суровой аскетической жизни. Прошение это не получило положительного отзвука в Петербурге. Пришлось братии монастыря и скита проститься с отцом Варсонофием.
2 апреля 1912 года, в понедельник на Фоминой неделе, в восемь часов утра отец Варсонофий отслужил напутственный молебен с коленопреклонением и сказал краткое слово прощания братии. Отец Нектарий от лица всех скитян поднес отцу Варсонофию памятный дар — икону святого Предтечи Иоанна Крестителя. Затем в скитской трапезной был прощальный чай. Оттуда отец Варсонофий прошел с братией в свою келлию и раздал на память о себе многие вещи — иконы, четки, пасхальные яйца, некоторые картины, книги, закладки и т.п. После прощания в монастыре с настоятелем архимандритом Ксенофонтом и монастырской братией отец Варсонофий отбыл на вокзал.
«Погода была отчаянная, — писал очевидец, — поднялась страшная вьюга с мокрым снегом. Прямым путем на вокзал нельзя было ехать, так как река Жиздра разлилась. С большой опасностью перебрались мы через реку. С батюшкой до вокзала провожать его на маленьком пароме поехал его духовник и отец Нектарий. Я ехал вместе с духовником батюшки отцом Феодосием. Он был поражен смирением отца Варсонофия и всю дорогу умилялся. Ехали мы до вокзала вместо обычного часа три с половиной часа».
По предложению благочинного монастырей епархии архимандрита Венедикта (бывшего оптинского инока), настоятеля Пафнутьева-Боровского монастыря, 17 апреля того же года старшая оптинская братия собралась для того, чтобы избрать старца на место выбывшего отца Варсонофия. Собрались они и положили обратиться к жившему в скиту на покое архимандриту Агапиту, предлагая ему эту должность. Он имел все данные для того, чтобы нести ее, однако братия мало надеялась на то, что он согласится, — он решительно отказывался от всяких должностей и даже уклонился он и от архиерейского сана. Так и вышло: он отказался наотрез. Тогда попросили его указать им достойного человека. Он назвал в качестве такового отца Нектария. Опять собралась братия, а отец Нектарий не пришел. Послали за ним отца Аверкия. «Батюшка, вас просят на собрание!» — сказал он, а отец Нектарий отвечал: «Они там и без меня выберут кого надо». Тогда отец Аверкий говорит: «Отец архимандрит послал меня за вами и просит прийти!» Отец Нектарий надел рясу и пошел — на одной ноге туфля, на другой валенок (может быть, нога болела?)
— Батюшка, вас избрали духовником нашей обители и старцем, — объявили ему на собрании.
— Нет, отцы и братия! — отвечал он. — Я скудоумен и такой тяготы понести не могу.
— Отец Нектарий, прими послушание, — строго сказал настоятель.
Смирился отец Нектарий. Но потом не упускал случая сказать о себе что-нибудь вроде следующего: «Ну какой я старец... Как могу я быть наследником прежних старцев! Я слаб и немощен. У них благодать была целыми караваями, а у меня ломтик».
6 мая назначен он был и временным начальником скита. 10 июля в помощь ему перешел из обители в скит иеромонах Феодосий, который с 9 октября был утвержден скитоначальником. В тот же день (10 июля) отец Нектарий перебрался в старческую хибарку. Старшим келейником у него был иеродиакон Зосима, младшим — бывший келейник старца Иосифа Стефан Фомин (будущий карагандинский старец Севастиан), рясофорный инок. Письма писал под диктовку старца монах Амвросий. Позднее, когда народу к отцу Нектарию стало приходить больше, в помощь его келейникам поступил послушник Петр Швырев.
В Летописи скита за 9 октября 1912 года записано: «Сегодня на трапезе прочитан указ консистории об утверждении иеромонаха Феодосия начальником скита и духовником богомольцев, а иеромонаха Нектария — старцем и братским духовником. Отец Феодосий начало полагал в скиту в 1898 году, затем перешел в Вологодский архиерейский дом, из которого перемещен был в Троице-Сергиеву Лавру иеродиаконом, а оттуда вскоре возвратился в Оптину и последнее время проходил послушания духовника богомольцев и ризничего».
Те, кто бывал у старца Нектария, иногда упоминали о его полуюродстве, как бы юродстве. Это не было настоящее, привычное всем юродство. Иногда это были слова и поступки странные на чей-то взгляд, иной раз загадочные, а то и просто шутливые. Впрочем, подобного рода полуюродство свойственно было почти всем оптинским старцам — и отцу Леониду, и отцу Амвросию, и другим. Кто хорошо знает их жизнеописания, тот сразу вспомнит соответствующие случаи. Упоминается, например, о том, что у старца Нектария была «птичка-свисток, и он заставлял в нее дуть взрослых людей, которые приходили к нему с пустыми горестями. Был волчок, который он давал запускать своим посетителям. Были детские книги, которые он раздавал читать взрослым людям».
Игрушек детских собралось у старца множество. Духовная дочь отца Нектария писала: «Я поинтересовалась, какие же игрушки у него были. Оказалось: трамвай, автомобиль и т. д. Меня он как-то просил привезти ему игрушечную модель аэроплана. Так, играя, он как бы следил за движением современной жизни, сам не выходя целыми десятилетиями за ограду скита». Это не юродство. Трудно назвать таковым и следующее символическое действие старца, описанное в его житии: «Владыка Феофан Калужский... зашел к отцу Нектарию. Тот, не обращая на него никакого внимания, играл в куклы: одну наказывал, другую бил, третью сажал в тюрьму... Позже, когда большевики посадили его (владыку) в тюрьму, он говорил:
— Грешен я перед Богом и старцем. Всё, что он показывал мне тогда, было про меня, а я решил, что он ненормальный». Может быть, так и было, но в этом рассказе есть несообразности, вроде того, что епископ зашел в келлию старца (и вряд ли один), а тот «не обращал на него никакого внимания». Не знаем, юродством ли был «музей» о. Нектария — шкафчик с образцами камней, почему любил он некие «безделушки» вроде ножичков и т. п., — в жизни старца много таинственного.