Владимир Владимирович Путин был безработным недолго. 19 мая Собчак проиграл выборы, а уже в июне 1996 года мы находим Владимира Владимировича в Москве на посту заместителя управляющего делами президента РФ Павла Бородина. Кто устроил ему это высокое назначение? Наблюдатели жизни В.В. П. расходятся во мнениях. Назовем основные версии. 1). Продвижению Путина по службе способствовал сам Пал Палыч Бородин, с ним Путин познакомился во время визитов Ельцина в Петербург. Позже, уже в Москве Пал Палыч познакомил Путина с Валентином Юмашевым, а затем и с дочерью Ельцина Татьяной Дьяченко. В пользу Бородина говорит и тот факт, что когда Бородин оказался в американской тюрьме, президент дал добро на выплату более чем миллионного (в долларах) залога за Пал Палыча. 2). Согласно другим данным, на должность заместителя управляющего делами президента Путина рекомендовал (к тому времени уже первый вице-премьер правительства РФ) Анатолий Чубайс, также птенец гнезда собчакова. Якобы Чубайс преследовал цель с помощью Путина собрать компромат на Бородина. 3). Роль сыграли рекомендации еще одного птенца гнезда собчакова Алексея Кудрина, того забрали в Москву чуть-чуть раньше на должность начальника Главного Контрольного Управления. 4). Алексей Большаков, бывший первый зам. председателя Ленгорисполкома ставший вице-премьером в правительстве В. Черномырдина, поспособствовал назначению Путина. 5). И, наконец, самая неприятная версия, связанная с именем нового губернатора Яковлева, соперника Собчака. Якобы он устроил Путину хлебное место в Кремле в обмен на предательство Путиным Собчака во время избирательной кампании в Санкт-Петербурге.

Как бы там ни было, в июне 1996 года Путин впервые появился в Кремле. У Бородина Путину поручили заниматься тем, чем он занимался всегда, – хозяйственной деятельностью, – российской недвижимостью за рубежом. С 1995 года на эту собственность – всего 715 объектов недвижимости с общей площадью в 550 тысяч квадратных метров – претендовали МИД, Министерство морского флота и другие. Доходы только от сдачи в аренду части этого имущества составляли, по некоторым подсчетам, порядка 10 миллионов долларов («Аргументы и Факты», 2000 год, №3). Бизнесмен Филипп Туровер, свидетель по «делу Березовского» и швейцарскому «делу Бородина», обвинял Путина в причастности к финансовым махинациям на посту заместителя управляющего делами президента РФ. «Новая газета» № 49 (27.12.1998-02.01.1999) цитировала показания Туровера в швейцарском суде так: «…когда он (Путин) приступил к так называемой классификации собственности бывшего СССР и КПСС за рубежом в 1997 году, тут же были созданы всевозможные подставные фирмы, АО и ООО. На эти структуры и оформлялась большая часть самой дорогой недвижимости и другие зарубежные активы. Таким образом, до государства зарубежная собственность дошла в весьма общипанном виде».

26 марта 1997 года Путин получил новое назначение – был назначен заместителем руководителя Администрации президента РФ – начальником Главного Контрольного Управления (ГКУ) президента РФ. Он сменил на этом посту Алексея Кудрина. По словам Путина, на этот пост его рекомендовал сам Кудрин. Кудрин же стал заместителем министра финансов РФ. Главное Контрольное Управление при Путине провело комплексную проверку «Росвооружения», что, в конце концов, привело к отставке его генерального директора Евгения Ананьева. Главное Контрольное Управление также обнаружило злоупотребления в ходе поставок российского оружия в Армению. И было обнаружено недофинансирование Вооруженных Сил РФ. ГКУ составило секретную бумагу о торговле оружием с Арменией, которую Путин направил министру обороны Игорю Родионову. Однако секретная бумага неожиданно оказалась у председателя Комитета Государственной Думы по обороне – Льва Рохлина, а затем у журналистов, – разразился скандал. (На карьере Путина, правда, этот скандал не отразился.) Когда в июле 1998 года Лев Рохлин был убит при до сих пор остающихся невыясненными точно обстоятельствах, некоторые журналисты связывали смерть Рохлина с этим скандалом вокруг бумаги Путина. Доказательств, впрочем, как всегда, не было обнаружено.

25 мая 1998 года Путин стал первым заместителем руководителя Администрации президента РФ ответственным за работу с регионами, оставшись также начальником Контрольного Управления Администрации. На этом посту Путин, в частности, участвовал в налаживании системы распределения трансфертов по регионам: 15 июля 1998 года он возглавил комиссию при президенте РФ по подготовке договоров о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов РФ. Путин заменил на этом посту Сергея Шахрая.

Ясно, что при такой быстрой смене постов Путин вряд ли преуспел серьезно хотя бы на одном из них. Но без сомнения он завел и постоянно расширял связи с высшими чиновниками государства. 25 июля 1998 года Путин был назначен директором Федеральной Службы Безопасности России.