Одна из легенд, связанных с основанием этого клуба, рассказывает, что у его истоков стояли… дортмундские семинаристы. Помимо изучения церковных наук в семинарии активно занимались спортом. Но глава этого учебного заведения отчего-то невзлюбил футбол и запретил своим подопечным гонять на спортивных площадках мяч. В пику ему группа недовольных юнцов-семинаристов и основала футбольный клуб, причем учредительное собрание прошло не где-нибудь, а в одной из дортмундских пивных, что уж семинаристам совсем не к лицу. Как бы то ни было, официальной датой основания «Боруссии» считается 19 декабря 1909 года. И путь в этот клуб с самого начала был открыт для всех любителей футбола, а не только будущим служителям церкви.

В начале 1920-х годов «Боруссию», однако, пришлось воссоздавать практически заново: многие футболисты погибли на фронтах Первой мировой войны. В это время клуб играл в низших лигах, причем у «Боруссии» очень быстро появился злейший соперник, которого не удавалось обыграть многие годы, даже десятилетия — «Шальке-04» из соседнего города Гельзенкирхена.

Первая встреча между клубами состоялась в мае 1925 года, победу со счетом 4:2 одержал «Шальке-04». В 30-е — начале 40-х годов клуб из Гильзенкирхена был одним из сильнейших в Германии и обыгрывал дортмундцев раз за разом. 20 октября 1940 года, например, «Боруссия» потерпела самое сокрушительное поражение в этом дерби — 0:10. И только 14 октября 1943 года «Боруссия» впервые наконец обыграла «Шальке-04» с очень скромным счетом 1:0.

Уже после Второй мировой войны, в 1947 году, дортмундский клуб впервые победил в лиге земли Северный Рейн — Вестфалия. А чемпионом Германии впервые стал в 1956 году, победив в финальном матче за этот титул «Карлсруэ» со счетом 4:2. Год спустя клуб из Дортмунда защитил свой чемпионский титул, на этот раз обыграв в финале «Гамбург» — 4:1.

Любопытно, что именно «Боруссия» стала последним чемпионом Германии эпохи любительского футбола, завоевав это звание в 1963 году. Сезон 1963–1964 годов клуб начал уже в профессиональной Бундеслиге и занял тогда третье место. А нападающий «Боруссии» Тимо Конетцки отличился тем, что забил первый гол в истории Бундеслиги.

Середина 1960-х годов оказалась для дортмундской «Боруссии» удачным временем. 22 мая 1965 года она впервые завоевала Кубок Германии, победив в финальном матче клуб «Алемания» из Аахена со счетом 2:0. Эта победа позволила клубу вступить в борьбу за Кубок обладателей кубков, и он выиграл этот европейский турнир с первой же попытки. Финальный матч, где соперником футболистов из Дортмунда был «Ливерпуль», состоялся 5 мая 1966 года в Глазго. В середине второго тайма нападающий «Боруссии» и сборной Германии Зигфрид Хельд открыл счет, однако уже через 8 минут Роджер Хант, будущий чемпион мира 1966 года в составе сборной Англии, забил ответный мяч. Уже в дополнительное время Райнхард Либуда, пришедший в «Боруссию» из стана злейшего врага — «Шальке-04» и вскоре вернувшийся в Гельзенкирхен, принес победу «Боруссии». В том же сезоне 1965–1966 годов дортмундцы заняли и высокое второе место в Бундеслиге.

Но самые яркие страницы в истории клуба пришлись на 1990-е годы, когда «Боруссию» возглавил выдающийся тренер Оттмар Хитцфельд. Тогда его тренерская карьера, по сути, только начиналась, и до «Боруссии» Хитцфельд работал в Швейцарии. В 1988 году с клубом «Аарау» он выиграл Кубок Швейцарии. После этого его пригласили в более известный «Гроссхопперс». Немецкий тренер дважды приводил клуб к титулу чемпиона и дважды выигрывал Кубок Швейцарии, причем в сезоне 1889–1990 годов сделал «дубль».

Наконец, в 1991 году он принял приглашение дортмундской «Боруссии». Дела у клуба тогда шли неважно: после победы в Кубке обладателей кубков сменились два с лишним десятка тренеров, но единственным трофеем стал второй Кубок Германии, завоеванный в 1989 году. Немногие верили, что тренеру, приехавшему из Швейцарии, удастся что-либо сделать.

Но Хитцфельд в первый же свой сезон 1990–1991 годов вывел «Боруссию» на второе место, завоевав путевку в Кубок УЕФА, а следующей весной дошел до финала этого европейского турнира. Тут, правда, последовало поражение от «Ювентуса» — в двух матчах «Боруссия» проиграла с общим счетом 1:6. Однако Хитцфельд упорно готовил команду к победам. В сезонах 1994–1995 и 1995–1996 годов «Боруссия» дважды подряд становилась чемпионом Германии. А весной 1997 года дошла до финала Лиги чемпионов, где снова встретилась с «Ювентусом». Год назад именно «Ювентус» стал победителем Лиги, победив по пенальти амстердамский «Аякс», но теперь победу праздновал немецкий клуб, выигравший со счетом 3:1.

Финальный матч прошел 28 мая 1997 года в Мюнхене. Два гола из трех забил Карл-Хайнц Ридле, чемпион мира 1990 года в составе сборной Германии, а третий — Ларс Риккен, сумевший это сделать через 16 секунд после своего выхода на замену. В «Боруссии» прошла вся игровая карьера этого футболиста, начавшаяся в 1993-м и завершившаяся в 2008 году. Еще одной ярчайшей звездой «Боруссии» того времени был полузащитник Маттеас Заммер, ставший вместе со сборной Германии чемпионом Европы 1996 года и тогда же получивший «Золотой мяч» как лучший футболист континента.

А Оттмара Хитцфельда после победы в Лиге чемпионов в 1997 году назвали лучшим тренером мира, но… в «Боруссии» уже назревал конфликт между главным тренером и руководством клуба. Ради будущих успехов Хитцфельд требовал серьезного обновления состава, но руководство на это не пошло. Некоторое время после этого Хитцфельд оставался на посту спортивного директора клуба. Уже без него в декабре 1997 года «Боруссия» завоевала также и Межконтинентальный кубок, победив в Токио со счетом 2:0 бразильский клуб «Крузейро». И без него по сумме двух матчей уступила «Барселоне» Суперкубок УЕФА. В апреле 1998 года Хитцфельд возглавил мюнхенскую «Баварию»…

Лишь в сезоне 2001–2002 годов «Боруссии» удалось завоевать свой следующий после Хитцфельда титул чемпиона Германии, в последних турах опередив на одно очко «Байер». Тогда клуб возглавлял в качестве главного тренера Маттеас Заммер. 8 мая 2002 года «Боруссия» играла в финале Кубка УЕФА, но потерпела поражение от «Фейеноорда» — 2:3. С тех пор «Боруссия» в Бундеслиге не побеждала, Кубок Германии тоже не выигрывала.

А великое дерби с «Шальке-04» продолжалось с переменным успехом. В сезоне 2006–2007 годов, например, «Боруссия» во втором круге обыграла своего соперника со счетом 2:0. Тогда «Шальке-04» всерьез боролся за победу в Бундеслиге, но из-за этого поражения отстал от чемпиона «Штутгарта» на 2 очка и остался на втором месте. А дортмундская «Боруссия» заняла в том сезоне девятое место. Победа над извечным соперником помогла ей подняться сразу на несколько ступенек в турнирной таблице.

Весной 2011 года «Боруссия» в седьмой раз стала чемпионом Германии. На чужом поле в матче первого круга она обыграла «Шальке-04» со счетом 3:1. Во втором круге сыграла с извечным соперником вничью — 0:0.