После смерти Ирода административное устройство его царства и система управления им претерпели заметные изменения. Всего за свою жизнь Ирод имел десять жён, от которых у него было несколько сыновей. По кончине царя император Август разделил страну между тремя из них. Архелаю (4 г. до Р. Х. — 6 г.) достался центральный район — собственно Иудея, Идумея и Самария, но без прибрежных греческих городов Газы, Гадары и Гиппоса (они отошли к римской провинции Сирия). Ирод Антипа (4 г. до Р. Х. — 39 г.) получил Галилею и Перею (Заиорданье), а Филипп (4 г. до Р. Х. — 34 г.) — южносирийские владения отца (Батанею, Трахонею и Авран). Никому из принцев не был дан царский титул. Архелай стал этнархом («правителем народа»), а его братья — тетрархами. Оба они благополучно правили своими владениями в течение нескольких десятилетий. Что касается Архелая, то он находился у власти всего десять лет. В 6 г. за многочисленные злоупотребления, жестокости и тиранию Август лишил его власти и отправил в ссылку в Галлию. Иудея, Идумея и Итурея были включены в состав римской провинции Сирия, но поставлены под управление особого наместника, который именовался прокуратором. Последний назначался императорским указом, но был в некотором отношении подчинён сирийскому наместнику-легату. Главной заботой прокуратора считалась охрана порядка. Он располагал для этого достаточной силой и был непосредственным начальником всех расквартированных в Иудее римских войск. Его личная резиденция находилась в Кесарии. В Иерусалим прокуратор приезжал только на время больших еврейских праздников. Другой заботой прокуратора было следить за взиманием податей и пошлин (непосредственно сбором податей занимались так называемые мытари). Кроме того, прокуратору принадлежало последнее слово в решении важнейших уголовных дел. Именно он утверждал все смертные приговоры. В остальных вопросах Иудея пользовалась значительным самоуправлением.

Законодательство, административная и судебная власть принадлежали синедриону, где председательствовал первосвященник (в 26–37 гг. эту должность исполнял Иосиф Каифа). Синедрион занимался решением законодательных вопросов и разбором важнейших судебных дел. Так как всё иудейское законодательство основывалось на предписаниях Торы, то роль синедриона сводилась к толкованию различных пунктов этого кодекса в применении к тем или другим практическим случаям. Членом синедриона можно было стать или по своему происхождению из священнического рода, или по возрасту, или по учёности. Значительную часть его составляли книжники и знатоки еврейского закона. Синедрион мог быть Великий и Малый. Великий синедрион состоял из 71, а малый — из 23 лиц. Великий синедрион находился в Иерусалиме и имел место своего заседания в зале Газит при храме. Председателем Великого синедриона обычно был первосвященник. Малый синедрион мог существовать в каждом городе, общее число жителей которого составляло не менее 120 человек. Судебные заседания синедриона происходили публично. Члены его сидели полукругом и, таким образом, могли видеть друг друга. Два писца, стоя слева и справа, записывали мнения судей. Значительное влияние в этом органе имели фарисеи, превосходившие своих противников саддукеев в части законоведения и учёности. Именно они вносили в его решения дух гуманности (известно, что смертные приговоры выносились синедрионом чрезвычайно редко).

Время проповеднической деятельности Иисуса Христа целиком пришлось на прокураторство Понтия Пилата (исполнял должность в 26–36 гг.). Главный наш источник Иосиф Флавий оставил весьма неприглядный портрет этого чиновника. Страна при нём была разграблена, угнетена и разорялась всеми способами. Людей постоянно казнили без суда. Но и этого мало — едва вступив в должность, Пилат решил предпринять то, на что не решались его предшественники: велел под покровом темноты пронести в Иерусалим и разместить здесь изображения императора Тиберия. Когда наступило утро, иудеи пришли от этого зрелища в страшное волнение и ужас. Ведь закон Моисея строго запрещал им изготавливать и устанавливать какие-либо изображения! Тотчас толпы народа двинулись в Кесарию, к Пилату, чтобы просить его об удалении изображений. Получив от него отказ, они бросились на землю и оставались в этом положении пять дней и столько же ночей, не трогаясь с места. На шестой день Пилат сел в большом ристалище в судейское кресло и приказал призвать к себе народ для того, чтобы объявить ему своё решение. Предварительно он отдал приказание солдатам: по данному сигналу окружить иудеев с оружием в руках. Увидев себя внезапно замкнутыми тройной линией вооружённых солдат, иудеи остолбенели. Пилат объявил, что он прикажет изрубить их всех, если они не примут императорских изображений, и тут же дал знак солдатам обнажить мечи. Тогда иудеи, как будто по уговору, все упали на землю, вытянули свои шеи и громко воскликнули: скорее они дадут себя убить, чем переступят закон. Поражённый этим религиозным подвигом, Пилат отдал приказание удалить из Иерусалима статуи Тиберия.

Затем Пилат велел соорудить водопровод в Иерусалиме, употребив на это деньги святилища. Население воспротивилось замыслу прокуратора. Много десятков тысяч иудеев собрались около рабочих, занятых строительством, и стало громко требовать, чтобы наместник оставил свой план. Пилат приказал переодеть значительное число солдат, дал им дубины и велел окружить толпу со всех сторон. Толпа, в свою очередь, получила приказание разойтись. Но так как она продолжала поносить прокуратора, то он подал воинам условный знак и солдаты принялись за дело гораздо более рьяно, чем было желательно самому Пилату. Работая дубинами, они одинаково поражали как шумевших мятежников, так и совершенно невинных людей. Иудеи поначалу держались стойко, но поскольку они были безоружны, то многие из них тут и пали мёртвыми, а другие ушли, покрытые ранами. Таким образом возмущение было подавлено.

Сразу за описанием этого инцидента Иосиф Флавий вставляет в свой труд беглое упоминание об Иисусе. Он пишет буквально следующее: «Около того времени жил Иисус, человек мудрый, если его вообще можно назвать человеком. Он совершил изумительные деяния и стал наставником тех людей, которые охотно воспринимали истину. Он привлёк к себе многих иудеев и эллинов. То был Христос. По настоянию наших влиятельных лиц Пилат приговорил его к кресту. Но те, кто раньше любили его, не прекращали этого и теперь. На третий день он вновь явился им живой, как возвестили о нём и о многих других его чудесах боговдохновенные пророки. Поныне ещё существуют так называемые христиане, именующие себя таким образом по его имени».

Самаряне, обычно лояльные римлянам, также не удержались при Пилате от возмущения. Их смутил какой-то лживый человек, который легко во всём влиял на народ. Он побудил их собраться к нему на гору Гаризим, которую самаряне считали особенно священной. Тут он стал уверять пришедших, что покажет им зарытые здесь священные сосуды Моисея. Самаряне вооружились, поверив этой басне, и расположились в деревушке Тирафане. Тут к ним примкнули новые пришельцы, чтобы возможно большею толпою подняться на гору. Однако Пилат предупредил это, выслав вперёд отряды всадников и пехоты, которые неожиданно напали на собравшихся в деревушке. Часть из них они перебили, а часть обратили в бегство. При этом было захвачено много пленных. Пилат распорядился казнить наиболее выдающихся из них. Представители верховного совета самарян немедленно явились к бывшему консулу Вителлию, который был теперь сирийским наместником, и стали обвинять Пилата в казни их погибших единоплеменников. Они говорили, что последние пошли в Тирафану вовсе не с целью отложиться от римлян, но для того, чтобы уйти от насилий Пилата. Тогда Вителлий послал в Иудею одного из своих приближённых Марцелла, чтобы он принял там бразды правления, Пилату же велел ехать в Рим для ответа перед императором в возводимых на него обвинениях. Проведя в Иудее десять лет, Пилат отправился в столицу. Но раньше, чем он успел прибыть туда, император Тиберий умер.

Относительно последующей жизни Пилата и его самоубийства существует множество легенд, историческая достоверность которых сомнительна. Согласно Евсевию Кесарийскому (IV век), он был сослан во Вьен в Галлии, где различные несчастья в конце концов вынудили его к самоубийству. По другой апокрифической легенде, его тело после самоубийства было брошено в Тибр, и это произвело такое возмущение воды, что оно было извлечено, отвезено во Вьен и утоплено в Роне, где наблюдались те же самые явления, так что в конце концов его пришлось утопить в бездонном озере в Альпах. Впоследствии считалось, что Пилат стал христианином, и в Коптской и Эфиопской церквах он причислен клику святых. Его жена, Прокула, была канонизирована Греческой церковью. По другим сообщениям, он казнён Нероном.