Новодевичий женский монастырь был основан в XVI веке на Девичьем поле (иначе именовавшемся Самсоновым лугом). В 1523 году было выдано из великокняжеской казны 230 килограммов серебра на устройство нового монастыря, построить который ещё за 9 лет до того дал обет московский князь Василий III, если удастся взять Смоленск, отвоёванный у Московского княжества литовцами. Смоленск действительно был взят, а место для монастыря было выбрано не простое — с этого поля икона Божией Матери Одигитрии Смоленской была отправлена из Москвы обратно в Смоленск. Название Девичьего поле получило оттого, что, по преданию, во времена татаро-монгольских нашествий баскаки отбирали здесь русских девушек, которым предстояло отправиться в Орду.

Склон, на котором был поставлен монастырь, вёл вниз от города к Лужникам. Изначально стены и башни монастыря были деревянными, но высокими и очень красивыми. Ворота были только южные, северные ворота были построены позже.

Самое примечательное здание в ансамбле Новодевичьего монастыря — Смоленский собор, или собор иконы Смоленской Богоматери, построенный одновременно с основанием монастыря. Это монументальный пятиглавый храм с росписями XVI и XVII веков, с пятиярусным резным иконостасом и редкими иконами XVII века. Трапезная с церковью Успения, колокольни, надвратные церкви монастыря, примыкающие к ним Мариинские и Лопухинские палаты — великолепные образцы московского барокко.

В XVI–XVII веках Новодевичий монастырь стал местом пострижения женщин из царской семьи. В стенах монастыря жила вдова старшего сына Ивана Грозного, царевича Ивана. Сюда же после смерти царя Фёдора Ивановича удалилась его вдова Ирина Годунова со своим братом Борисом Годуновым, будущим царём Борисом. В Новодевичьем монастыре окончила свои дни сестра Петра I, царевна Софья, насильственно принявшая постриг. Первая жена императора Евдокия Лопухина также была заточена в монастырь.

Новодевичий монастырь неизменно пользовался покровительством русских самодержцев, владел обширными земельными угодьями. Монахини монастыря были, как правило, из высших слоёв знати. В 1724 году здесь были устроены больница для солдат и офицеров русской армии и приют для подкидышей-девочек. Во время Отечественной войны 1812 года в Новодевичьем монастыре стояли французские войска. При отступлении французов монастырь был подготовлен к взрыву. Только находчивость монахинь, которые подоспели вовремя и затушили фитили, спасла монастырские здания от разрушения.

С конца XVIII века и до 1868 года Новодевичий монастырь использовался церковной властью в качестве исправительного учреждения для женщин Москвы и Московской губернии, осуждённых Земским судом за неверие.

Судьба Новодевичьего монастыря сильно изменилась в начале XX века. В 1922 году монастырь закрыли, устроив здесь музей, который позже стал филиалом Государственного Исторического музея. Тем не менее с 1980 года в Новодевичьем монастыре размещается резиденция митрополита Крутицкого и Коломенского.

С 1939 по 1984 год в монастыре жил и работал знаменитый историк-реставратор П. Д. Барановский. В 1992 году здесь была установлена мемориальная доска с его именем. В 1994 году монастырь снова стал действующим. Монастырской общине были переданы не все здания — часть их осталась в ведении музея, в том числе древний Смоленский собор, ровесник монастыря.

А в 1994 году здесь снова был учреждён женский монастырь. С 1995 года в Смоленском соборе проводятся службы по престольным праздникам.

Ещё в XVI веке на территории Новодевичьего монастыря было устроено кладбище, на котором хоронили представителей церковной и светской знати. В XIX веке на территории монастыря были похоронены герои Отечественной войны 1812 года, среди которых был гусар и поэт Денис Давыдов, декабристы С. Трубецкой и М. Муравьёв-Апостол, а также известные деятели культуры, в том числе историк С. Соловьёв и философ В. Соловьёв. Сегодня на Новодевичьем кладбище захоронены видные деятели Советского государства и России и члены их семей, военачальники, артисты, учёные, лётчики…

Новодевичий монастырь, включённый ЮНЕСКО в список всемирного культурного наследия, считается одним из старейших и красивейших монастырей России.

10 августа 2004 года Новодевичьему монастырю исполнилось 480 лет.