Он расположен на восточном берегу Онежского озера, на узкой полоске земли шириной около километра, между двумя озёрами — обширным Онежским и малым Муромским. С одного конца эта полоска ограничена протокою, соединяющей оба озера, с другой — к ней подходят топкие лесные болота, так что до обители можно добраться только водой. Когда-то на гати была дорога через болото, но со временем разрушилась. Пеший, может быть, с большим трудом ещё проберётся, но проехать здесь пока нет возможности. Это создаёт особую трудность для восстановления Муромского монастыря.

Основан монастырь был в XIV веке по особому чудному явлению новгородского епископа Василия после своей кончины преподобному. Святой архипастырь поручил устроить обитель византийскому монаху авве Лазарю, постриженцу Римской Высокогорской обители, избравшему настоящее место, как наиболее подходящее для сурового подвижничества. Преподобный Лазарь — грек родом из Константинополя, называемого в Древней Руси Цареградом, принял иночество от старца Афанасия Дискота, строителя ряда обителей. Затем восемь лет находился под духовным руководством кесарийского епископа Василия. В 1342 году епископ Василий отправил Лазаря, как знатока иконописи, с дарами к новгородскому святителю Василию, чтобы инок сделал для кесарийской епархии список с великой новгородской святыни — иконы Софии, Премудрости Божией, и составил список новгородских церквей и монастырей. Встретив преподобного, новгородский святитель до земли поклонился гостю, благословил остаться в устроенном архиепископом монастыре. Десять лет служил преподобный Лазарь святителю Василию и после его смерти пошёл, как повелел ему духовный отец «в северную сторону, к морю, к острову Мучь, на озеро Онего».

Преподобный Лазарь был старшим современником преподобного Сергия Радонежского, он и земной путь свой завершил всего на год раньше, 21 марта 1391 года, в возрасте ста пяти лет. Преподобный понёс много трудов, много претерпел от полудиких племён, обитавших в Прионежье, пока монастырь не утвердился оплотом православия в суровом северном крае.

При жизни основателя монастыря пришедшими из Киева иноками была возведена первая во всём Поморье церковь во имя Успения Пречистой Богородицы Печерской на Богом показанном месте, где Лазарь видел «Жену светолепную, сияющую золотом, и благообразных мужей, поклоняющихся ей». Затем была срублена церковь Рождества Иоанна Предтечи с трапезной. А маленькая церковь Воскрешения Лазаря, построенная в 1390 году и давшая жизнь монастырю, оказалась за пределами киновии, «на гробищах», т. е. на кладбище.

Преподобный Лазарь был погребён у алтаря поставленного им Предтеченского храма. Мощи преподобного пребывают под спудом в том месте и по сию пору.

Над древней деревянной церковью во имя Воскрешения Лазаря около ста лет назад был поставлен деревянный храм большого размера, стены и кровля которого стали своего рода футляром, укрывающим монастырскую святыню. Служба в ней совершалась только один раз в год, в Лазареву субботу.

В 1786 году монастырь был обращён в женский, а в 1787 году упразднён. Его восстановили в 1867 году с назначением штата монашествующих из 7 человек без пособия от казны. При нём был учреждён дом для престарелых и убогих. Возрождение связано с именем богатого жертвователя, почётного гражданина Малокрошечного, внёсшего 12 тысяч рублей.

В монастыре стояли каменные церкви во имя Успения Богородицы с двумя приделами: Рождества Иоанна Предтечи и преподобного Иоанна Рыльского, построенная в 1866 году; Всех Святых, ветхая деревянная церковь Богоявления Господня, домовой храм святителя Николая, освящённый в 1896-м, древняя церковь Воскрешения Лазаря; часовня во имя преподобного Лазаря Муромского, в которой под спудом почивали мощи святого основателя; часовня во имя преподобного Афанасия Муромского, бывшего игуменом монастыря в середине XV века и наравне почитаемого с преподобным Лазарем. В ней почивали его святые мощи, в обители хранились и его железные вериги. Монастырь окружала каменная ограда. Обитель владела 36 десятинами 1679 саженей пахотной земли.

После установления советской власти в Карелии монастырское имущество было конфисковано, на территории монастыря проводились курсы сельхозинструкторов, жилые помещения отдали рабочим местного леспромхоза. В 1919 году на месте обители была организована сельхозкоммуна им. Троцкого. Постановление о её закрытии было принято 30 августа 1930 года. После 1945 года здесь располагался дом инвалидов, с середины 1960-х место запустело.

Долгое время древняя церковь Воскрешения Лазаря была заброшена. Лишь в 1954 году архитектор А. В. Ополовников произвёл её замеры и сделал проект реставрации храма, в котором сохранился небольшой иконостас (царские врата, деисусный чин) XVI века. В 1959 году церковь разобрали и увязанную в плотах перевезли в Кижи, где реставрировали по проекту архитектора Ополовникова. Храм стал «жемчужиной экспозиции» и попал в список музейных реликвий как самый древний памятник деревянного зодчества, известный на территории России.

Возрождение монастыря началось в январе 1991 года. К концу XX века сохранились белокаменные стены Успенского собора, остов церкви Всех Святых, разрушенный братский корпус. В настоящее время восстановлены: братский корпус, в котором разместились зимняя церковь Святого Николая, трапезная, кельи. Защитная часовня над Лазаревской церковью перестроена в летний храм, отреставрирована колокольня. По-прежнему монастырь является местом строгой уединённой жизни.