Кусто был пионером во многих областях — он изобрёл акваланг, создал множество документальных фильмов о жизни моря, написал немало книг. Морской офицер, герой Сопротивления, океанолог, путешественник, изобретатель, археолог, писатель, режиссёр, он стал «самым знаменитым французом планеты».

Ещё до войны Кусто неожиданно для самого себя изобрёл очки для подводного плавания. Это открытие вдохновило его. А что если создать аппарат, с помощью которого можно находиться под водой длительное время, без всякой связи с поверхностью? Так рождается на свет первый прототип «кислородного устройства». По эскизам Кусто его изготовил из подручных средств оружейный мастер с крейсера «Суффрен», на котором служил молодой офицер. «Оружейный мастер превратил противогазную коробку с натриевой известью, небольшой кислородный баллон и кусок камеры мотоцикла в дыхательный аппарат, который повторно очищал выдыхаемый воздух путём фильтрации диоксида углерода в натриевой извести. Он был автономным, с ним мог плавать любой, и он был бесшумным. Погружение на двадцать пять футов с кислородным аппаратом было самым безмятежным ощущением из всех, которые я испытал в воде. В безмолвии и одиночестве, словно загипнотизированный, я был принят морем. Моя эйфория была слишком короткой», — вспоминал Кусто.

На глубине 13,7 метра у Кусто начались судороги. Он сбросил пояс с грузом и потерял сознание. К счастью, его бездыханное тело всплыло на поверхность и Кусто спасли. После этого в течение нескольких недель у него болели шейные мускулы. Это не остановило его — Кусто предпринял новую попытку, но, увы, с тем же финалом.

Первый свой подводный фильм Кусто снял во время Второй мировой войны. В те годы он уже прославился как отчаянный разведчик: однажды под видом итальянского офицера Кусто проник в итальянский штаб и сфотографировал сверхсекретные документы, в том числе книгу шифров. Тогда же, во время войны — в 1942 году, — Кусто совместно с инженером Эмилем Ганьяном осуществил свою давнюю мечту: изобрёл акваланг, легководолазный дыхательный аппарат, который даёт ныряльщикам долгое время оставаться под водой.

После войны Кусто основал и возглавил Группу по подводным исследованиям. В 1950 году он купил списанный британский миноносец «Калипсо», переоборудовал его в плавучую исследовательскую лабораторию и начал свою ныне знаменитую одиссею. Если другие мореплаватели открывали в основном поверхность океана, то Кусто открыл его глубины. На «Калипсо» Кусто и его команда не раз совершали кругосветные путешествия, исследовали морскую флору и фауну, делали уникальные киносъёмки и фотографии.

В начале 1950-х годов на Красном море Кусто снял на глубине 150 футов первый подводный цветной фильм. Зрителей потрясли сцены свободного плавания под водой, общения с безмолвными и таинственными обитателями глубин. Акваланг — «водяные лёгкие» — выглядел как символ свободы. Ведь аквалангист принципиально отличается от водолаза, связанного с сушей шлангом-пуповиной. Он свободен и может парить в воде, покуда хватит воздушной смеси в баллонах. Он может проникать в самые потаённые уголки подводного мира.

Увлечение Кусто подводным плаванием и исследованиями океанских глубин натолкнуло его и на другие открытия: он изобрёл «подводное блюдце» — маленькую, манёвренную подводную лодку, несколько видов видеокамер для подводной съёмки. В начале 1960-х годов Кусто провёл ряд исследований континентального шельфа в подводных лабораториях. Во время экспериментов, носивших название «Коншельф», люди продолжительное время жили и работали под водой, на большой глубине.

В 1957 году Жак-Ив Кусто стал директором знаменитого Океанографического музея Монако. Его фильмы на протяжении многих лет смотрели люди всего мира. Лицо этого худого загорелого старика стало столь же знакомым, как лица самых знаменитых политиков и поп-звёзд.