Немецкие корни весьма помогли Юнкеру в его карьере: образование он получил в Гёттингене и Берлине, дружил с исследователями Африки Швейнфуртом и Нахтигалем. Встреча с Нахтигалем вызвала у Юнкера горячее желание проникнуть вглубь Чёрного континента. Его интересовало плато Дарфур в Судане, ещё не исследованное европейцами. Он уже имел опыт путешествий: сначала была Исландия (1869), затем — Тунис, где он собирал римские древности и изучал арабский язык. Последнее обстоятельство было особенно важно: для проникновения вглубь Африки без содействия египетской администрации нельзя обойтись. Именно с Египта Юнкер и начал серию своих нильских путешествий.

В первой экспедиции (1876 г.) помимо Юнкера участвовали «препаратор» Копп и двое слуг. Из Суэца они отправились в Суакин — морские ворота Судана. Отсюда караван должен был доставить экспедицию к берегам Нила. Юнкер готовился к своему походу с немецкой методичностью. Он не строил иллюзий относительно местной кухни и предпочитал консервы, привезённые с собой, а если и пробовал местную стряпню, то в ограниченных количествах.

28 февраля караван вышел из Суакина и за четыре дня дошёл до оазиса Токара. Юнкер ищет озёра Бела-Генда, о которых рассказывал путешественник Мунцингер. Но находит только «Чёртову воду» — так бедуины называют миражи. Восемнадцать дней караван идёт вдоль русла реки Барака, ныне совсем пересохшей. И вот, наконец, Кассала — главный город области Така, богатой диким зверьём. Именно здесь комплектовались коллекции европейских зоопарков. Юнкер гостит у зверолова Шмутцера, снабжавшего своим товаром всю Европу и Америку. У Шмутцера был собственный зверинец. Ночью один из леопардов прорвался в комнату, где спал Юнкер. Путешественник проворно выскочил в соседнее помещение, заперев незваного гостя в своей спальне. Леопарда застрелили, а шкуру, в компенсацию морального ущерба, подарили Юнкеру. Другие хищники, впрочем, вели себя более мирно. «Молодые львы были привязаны к кольям на верёвках; львы эти были так смирны, что их можно было гладить рукою», — пишет Юнкер. Наверное, этих львов хорошо кормили…

В Кассале пробыли 9 дней, а потом двинулись в Кедареф (Гедареф). Здесь Юнкер гостит у греческого торговца Аристида Петраки. Это может показаться странным, но во второй половине XIX века греки фактически прибрали к рукам почти всю городскую торговлю в Судане. Один из кедарефских греков даже говорил по-русски, поскольку бывал в Керчи и Таганроге. В Кедарефе большое впечатление на Юнкера производит рынок рабынь.

От Кедарефа до Хартума местность тянется пустынная (в наше время здесь проложено 500-километровое шоссе). В Хартуме — встреча с губернатором Исмаилом Эйюб-пашой. Начались нескончаемые празднества, на которых больше всего Юнкеру запомнилось меню: «За сладкими блюдами непосредственно следовали кислые и между двумя рагу, пересоленными пряностями, подавалось блюдо пересахаренного и ароматного крахмального желе». На весь город имелся только один столовый прибор — нож с вилкой.

В августе пароход «Сафия», наполненный чиновниками, офицерами, искателями приключений, крысами и тараканами увозит Юнкера вверх по Нилу. Корабль плывёт среди зарослей камыша; основную трудность для судоходства представляют «плавучие» камышовые островки — «седда». Иногда суда буквально застревают в них, будто скованные льдами. Пароход проходит не более сотни вёрст за сутки. Юнкер подхватывает лихорадку и страдает от её приступов почти всю дорогу.

Рождество справляют в Ладо, столице Экваториальной провинции. Места самые дикие. Вместо ёлки — ветка акации, украшенная восковым спичками. 22 января Юнкер вместе с торговым караваном отправляется в страну Макарака. Здесь опять застревает: ничего не поделаешь, таково передвижение в этих краях! Идёт караван с вооружённой охраной — идёшь с ним. Нет — ждёшь «оказии». Не хочешь ждать — садись на мула и езжай. Может быть, доберёшься. Если очень повезёт…

22 февраля Юнкер отправляется в Кабаенди, где совершает шестнадцатидневную поездку к племенам мунду и абукая. Для его спутника Коппа эта «экскурсия» оказалась роковой: он заболевает дизентерией. В Кабаенди Юнкер встречает караван торговцев слоновой костью из страны азанде, проникнуть куда мечтает уже давно, и, главное, знакомится с братом азандийского вождя Индиммы — Рингио.

Юнкер ищет гору Багинзе, которую хочет нанести на карту. Но Рингио — то ли по собственному незнанию, то ли по злому умыслу — указывает Юнкеру неправильную дорогу к горе. 290 километров пути пройдены зря. Начинаются дожди. Запасы провианта кончаются. Проводники разбежались, а оставшиеся клянчат водку, запасы которой тоже на исходе. Умирает Копп. Юнкер остаётся один в далёкой дикой стране.

В местечке Джур-Гаттас Юнкер получает предложение Рингио лично проводить к горе Багинзе. Вдвоём они добираются до неё, но к самой горе не подходят. Но Юнкер и так наносит её на карту, издали. После трёхмесячного отсутствия он возвращается в Ладо.

В ноябре 1877 года Юнкер участвует в военном походе в страну Калика. В качестве экспоната для антропологической коллекции ему перепадает череп одного из африканских вождей. Именно благодаря участию в этом походе Юнкер впервые пересекает водораздел Нила и Конго. Впервые он увидел реку Кибби — истоки Уэле. Первое путешествие в верховья Нила закончено. Юнкер возвращается в Хартум. Он уже знал цель своего следующего путешествия: нужно разрешить загадку, куда впадает Уэле. Разные исследователи выходили к этой реке, но все — в разных точках. Ко всему прочему, в разных местах африканцы из разных племён называют её по-своему, и поди догадайся, что эта река — та самая, которая в дневнике у другого путешественника названа совсем по-другому…

Подготовка к экспедиции занимает минимум времени. Юнкер выбирает в помощники немца Бондорфа, «большого знатока негрских стран». Встретив новый, 1879-й год, они отправляются на пароходе «Исмаилия» вверх по Нилу. Через восемь дней пароход доползает наконец до городка Мешре на притоке Нила Бахр-Эль-Газале. Далее Юнкер с Вондорфом плывут на лодке-«душегубке» вместе с неграми-динка в их страну, разорённую нубийцами. Отсюда путешественник хочет отправиться в землю мангбатту к югу от Уэле, потом в Дем-Солиман с тем, чтобы попасть оттуда прямиком в страну негров-азанде и к «людоедам» ням-ням. Он готовит для вождя ням-нямов Ндорумы подарки: барабан, бурнус, красные башмаки, ружьё и патроны.

Для встречи с вождём, не любившим нубийцев, Юнкер одел своих спутников в русские рубахи и шаровары. Ндоруме подарки пришлись по вкусу. Он разрешает Юнкеру построить в своей деревне «исследовательскую станцию» — базу для будущих экспедиций. Юнкер устраивается с комфортом: он привёз с собой складную железную кровать, 2 парижских стула, гамак на ножках, ванну, рабочий стол. Ням-нямам особенно нравились шарманка и музыкальная шкатулка, которую Юнкер использовал для весёлых розыгрышей.

В течение 1881 года Юнкер подробно исследует земли азанде и мангбалле, подолгу гостя у этих народов. Изучает обезьян-приматов, прежде всего шимпанзе. Отловил детёныша шимпанзе, которого выкармливала коза, но, видно, не пришлось ему по вкусу козье молоко — помер. В декабре 1881 года Юнкер в одиночку отправляется в земли племён абармбо — людоедов похлеще ням-нямов. Здесь он впервые знакомится с пигмеями. Для негров-абармбо они служат вместо дичи: их ловят, убивают и едят. Вождь Бакангаи даже подарил Юнкеру одного пигмея в качестве слуги.

Вождь Бакангаи — вообще добряк, шутник и весельчак. Когда Юнкер подарил ему «зажигательную» лупу, он стал прижигать через неё своих подданных, и это занятие доставляло ему море радости. У этого жизнерадостного человека Юнкер гостил две недели.

12 марта 1882 года Юнкер дошёл до стоянки Маджегбе — крайней юго-восточной точки своих странствий. Здесь, у племени момфу, он наблюдал примитивный футбол — игру каучуковым мячом. В конце апреля Юнкер решает идти на юг до реки Непоко. Этот поход даётся ему непросто. Шерстяная одежда, которую он менял на бумажную только во время сна, сыграла в жарком и влажном климате злую шутку: началась чесотка, тело покрылось язвами, в том числе руки и ноги. Путешественника несут на «ангаребе» — носилках-гамаке. Новая встреча с пигмеями: при приближении Юнкера они разбегаются, но его помощникам удаётся поймать одного из них.

Путь к реке Непоко лежит через болота. Вокруг — тучи крокодилов. Кажется, что они населяют каждую лужу. 6 мая 1882 года Юнкер выходит к Непоко. Его путешествие по Африке, кажется, закончено. Обследован и нанесён на карту обширный участок течения Уэле и её притоков, собрана богатейшая зоологическая коллекция. «Тяжело, но приходится сознаться, что Непоко является пределом моих странствований, — пишет Юнкер. — Я дошёл, даже с точки зрения африканского путешественника, до крайних пределов бедноты». По признанию Юнкера, кроме одной запасной рубахи у него уже ничего не было…

Но, видимо, его заставила остаться в Африке сама судьба.

Отправив с Бондорфом 32 тюка с коллекциями, Юнкер возвращается на базу экспедиции, но тут происходит роковое ЧП: пожар на «исследовательской станции». Патроны, консервы, запасы спиртного, провизия — всё сгорело. Дурные вести приходят с севера: в Судане началось антиегипетское восстание, Хартум взят, губернатор убит. Экваториальная провинция отрезана от мира.

Весь трагизм своего положения Юнкер ещё не осознаёт. 10 января 1883 года он вновь отправляется к реке Уэле. Впереди ещё три года странствий — увы, почти бесполезных. Только 26 января 1886 года Юнкер окончательно покидает Ладо, отправляясь по реке Альберт-Нил в Уганду. Местный африканский царёк Муанга не пускает европейцев в свою страну, и Юнкер добирается туда на свой страх и риск. Приём путешественнику оказывают крайне нелюбезный, но всё-таки разрешают поселиться в здешней англиканской миссии. Миссионеры живут в страхе: незадолго до этого Муанга казнил епископа-англичанина и почти всех негров-христиан. 4 июня Юнкер добивается аудиенции у Муанги. «Русский — это не англичанин, — после напряжённого размышления изрекает Муанга. — Русский хороший. Пусть едет себе спокойно дальше».

14 июля Юнкер начинает путь на родину: сначала — 25 дней каботажного плавания вдоль западных берегов озера Виктория на паровой лодке, потом посуху к побережью Индийского океана. 26 ноября 1887 года он снова увидел море. Тысячи километров пути остались позади. Ну, вот и всё…

Юнкер вернулся в Европу практически с пустыми руками — собранные им коллекции погибли. Но путешественник сумел сохранить главное — дневники. Он исследовал водораздел Конго и Нила, «выправил» карту речной системы Уэле — Макуа. Никто из русских путешественников не сумел прожить в Африке дольше, чем он.