«Первые дни по смерти тирана, — говорил один из римских историков, — бывают счастливейшими для народов», так как «конец страдания есть живейшее из человеческих удовольствий», — добавляет к этому Н.М. Карамзин.

Царь Федор был кротким, робким, безвольным, слабым умом, беспредельно набожным и равнодушным к мирскому величию. На престоле россияне увидели постника и молчальника, рожденного скорее для кельи и пещеры, нежели для державной власти. Примерно так же в часы искренности говорил о Федоре сам Иоанн IV Васильевич, оплакивая смерть любимого старшего сына Иоанна. Не унаследовав от отца царственного ума, Федор не имел также ни сановитого облика отца, ни мужественной красоты деда и прадеда. Он был малого роста, дрябл телом, бледен лицом, всегда улыбался, но без живости, двигался медленно, ходил неровным шагом от слабости в ногах. Одним словом, новый царь изъявлял в себе преждевременное изнеможение естественных и духовных сил. А Федору, когда он взошел на престол, было лишь 27 лет.

Новая Верховная (Ближняя) дума из пяти вельмож, предложенная умирающим Иоанном Васильевичем, была предметом всеобщего внимания, надежды и страха. Князь Иоанн Федорович Мстиславский единственно отличался знатностью рода и сана, будучи старшим боярином и воеводой. Никиту Романовича Юрьева уважали как брата незабвенной Анастасии и дядю государя. Любили его также и за благодушие и благородство. В князе Иоанне Петровиче Шуйском чтили славу великого ратного подвига, отважность и бодрость духа. Бельского Богдана Яковлевича — хитрого, гибкого — ненавидели, как первого любимца Иоанна Грозного. Уже знали редкие дарования Бориса Федоровича Годунова и тем более опасались его. Он тоже смог снискать любовь тирана, а также был зятем гнусного Малюты Скуратова, свойственником и другом Бельского.

Приняв власть, Верховная дума в первую же ночь после смерти царя Иоанна IV Васильевича обвинила Нагих в измене, выслала из столицы некоторых близких к покойному царю людей, других же заточила в темницу. К родственникам вдовствующей царицы, Нагим, приставили стражу, подозревая их в злых умыслах, очевидно, в намерении объявить Дмитрия наследником престола. Москва волновалась, но бояре успокаивали людей, присягнув Федору вместе со всеми чиновниками. Отряды воинов ходили но улицам столицы, наготове были пушки. Вдову Иоанна Марию с сыном Дмитрием, ее отцом, братьями и вообще всех Нагих отправили в город Углич. Царь Федор, нежно прощаясь с младенцем-братом, обливался горькими слезами.

По Москве пошел слух, будто Бельский, затворивший Кремль в отсутствие бояр, отравил Иоанна Грозного и хочет разделаться с Федором, умертвить бояр и возвести на престол то ли себя, то ли Бориса Годунова. Вопль бунта раздался из конца в конец Москвы, и 20 тысяч вооруженных людей устремились к Кремлю, где едва успели закрыть ворота и собрать стрельцов. Попытка мятежников разбить стену и проникнуть в Кремль не удалась.

Царь выслал к народу князя Иоанна Мстиславского, боярина Никиту Юрьева, дьяков Андрея и Василия Щелкаловых с поручением уговорить людей успокоиться, но толпа требовала Бельского. Этот несчастный человек, изумленный обвинением, искал спасения в покоях Федора. Царь знал, что тот не виновен, знали об этом и бояре. Однако Бельского срочно выслали из столицы. Народ восклицал: «Да здравствует царь с верными боярами!». Затем все разошлись по домам. А Бельский с этого времени воеводствовал в Нижнем Новгороде, его просто удалили от двора. Мятежники были настроены и против Годунова, тем не менее они не требовали его головы, уважая в нем брата царицы. Но Годунов видел, что ему тоже готовится гибель, и думал о своей безопасности. Первым делом Годунова было наказать дворян Ляпуновых, Кикиных и других возмутителей спокойствия Москвы. Он это и сделал — их сослали в отдаленные города. Народ молчал и славил правосудие. Двор угадывал виновника этой законной строгости и с беспокойством взирал на Бориса.

Царь Федор постоянно искал помощи и совета у Бориса, которому было тогда 32 года. Он был красивым, сообразительным, умным, обольстительным и красноречивым, умевшим повелевать. Знали также власть Годунова над царицей Ириной, своей сестрой. Обычно Ирину сравнивали с Анастасией. Знали власть жены над мужем-царем, который искренне любил Ирину. Если бы Борис Годунов родился наследником престола, то заслужил бы славу одного из лучших государей. Но рожденный подданным, с необузданной страстью к господству, он не мог одолеть искушений там, где зло казалось для него выгодой — и проклятье веков заглушает в истории добрую славу Бориса.

31 мая 1584 г. состоялось венчание Федора на царство. Как водилось тогда, новый царь одаривал своих приближенных. Борис Годунов стал «ближним великим боярином», конюшим, наместником Казанского и Астраханского ханств. Ему были даны лучшие земли. Теперь Годунов вместе со своими тоже разбогатевшими родственниками мог выводить до 120 тысяч воинов. Он был уже не просто временщик и любимец, а властитель в государстве. Борис с рвением устремился к великой цели: делами для общественной пользы он хотел оправдать доверие царя, заслужить любовь народа и признательность отечества. По существу, Борис стал истинным правителем. Он правил государственным рулем, повелевал именем царя, но действовал по своему усмотрению и по совету близких ему людей.

Именем царя были сменены «худые» воеводы, увеличили жалованье чиновникам. Следовало восстановить честь оружия и спокойствие России. Начали с Казани. Годунов больше умом, чем мечом, усмирил мятежных черемисов. Утихомирив Казанское царство, он вторично покорил Сибирь. Еще не зная о гибели Ермака, Годунов послал к нему на усиление воевод со стрельцами. Новые отряды встретились с остатками казаков Ермака. Объединив силы, они двинулись к реке Тобол. Воспрянувший было духом после ухода казаков Ермака из Сибири Кучум был прогнан в Барабинскую степь молодым и задиристым ханом Сейдяком.

Атаман Никита Мещеряк разбил Сейдяка и, раненного, взял в плен. Таким образом, дело Ермака было завершено — Мещеряк окончательно покорил Сибирское ханство. Воевода Ефим Воейков уничтожил последний отряд Кучума (1598 г.). Город Искер опустел, и основанный в 1587 г. Тобольск превратился в новую столицу Сибири. Была заложена цепочка городов, связывающих Пермь и Уфу с Сибирью. Первым русским городом в Сибири стала Тюмень (1586 г.); в 1592 г. были основаны города Пелым, Березов, Сургут, в 1594 г. — Тара, в 1596 г. — Нарым и Кетский Острог.

Кроме войск, Годунов посылал в Сибирь и земледельцев из Перми, Вятки, Каргополя, Москвы. В то время Сибирь давала в казну страны ежегодно 10 тысяч черных лисиц, 500 тысяч белок. Кроме того, поставлялись бобры и горностаи.

Во внешних делах Борис Годунов следовал правилам лучших времен Иоанна Грозного. Продолжались сношении с Англией и Литвой.

После 16 или 17 месяцев спокойного правления против Годунова составился заговор. Слабодушный князь Мстиславский, обманутый Шуйскими, Воротынскими и Головиными, стал главным в этом деле. Заговор раскрыли — и Мстиславского постригли, сослав в Кириллову обитель (Кириллово-Белозерский монастырь). Шуйских не коснулись. Казней не было. Даже сын Мстиславского, князь Федор Иоаннович, остался в Думе первым, или старейшим, боярином.

Царь Федор хотел возвратить в страну изгнанников Иоанна — князя Гаврилу Черкасского, Тимофея Тетерина, Давида Бельского (свойственника Бориса Годунова) и других. Федор простил всех беглецов, кроме несчастного Андрея Курбского (он умер в 1583 г.), а также Михаила Головина, который бежал в Литву и там выдал тайны России.

Царь послал к Баторию посольство, но оно было принято литовцами холодно. В итоге переговоров Россия и Литва заключили мир на 2 года. Возобновились дружественные отношения с датчанами, достигли перемирия со Швецией. Россия постоянно остерегалась Крымского ханства. Хан Магмет-Гирей не раз посылал отряды татар в юго-восточные пределы России. Одновременно Федор и бояре внимательно следили за действиями Турции.

Почти сто лет Россия и Грузия не имели государственных сношений. В этой прекрасной земле, угнетаемой турками и персиянами, правил тогда кахетинский князь, или царь, Александр, который просил Федора взять страну под свою опеку. С того времени (примерно с 1587 г.) Федор в свой официальный титул внес добавление «государь земли Иверской, Грузинских царей и Кабардинской земли, Черкесских и Горских князей», хотя реальных возможностей защитить далекие южные земли у Московского государства тогда не было.

Россия вела переговоры и с Персией. Так, в течение первых лет царствования Федора (или правления Годунова), проводилась Россией внешняя политика — не без хитрости и не без успехов, более осторожно, чем смело, с помощью угроз и обещаний, не всегда искренних. Русские не шли на войну, но готовились к ней, везде усиливали рать, проводили воинские смотры.

Внутри царства все было относительно спокойно. Правительство занималось переписью людей и пашенных земель, налоговой политикой, заселением пустующих земель, постройкой городов. В 1584 г. московские воеводы Нащекин и Волохов основали на берегу реки Северная Двина город Архангельск. Астрахань укрепили каменной стеной. Оживилось строительство в Москве. Основан город Уральск — около 1584 г. шестьсот или семьсот волжских казаков выбрали себе место жительства на берегах реки Яик. Это было время расцвета в истории донских и волжских казаков. От Азова до Искера гремела слава их удальства, раздражая турецкого султана и Крымского хана. Казаки смиряли ногаев и утверждали власть московских царей за Уралом, в Сибири.

В этих обстоятельствах, благоприятных для величия и целостности России, когда все доказывало ум и деятельность правительства, то есть Годунова, именно он стал ненавистен многим из бояр. Борис желал казаться скромным. Обычно он сидел четвертым от царя. Народ жалел царя Федора и ненавидел Годунова. Неприязнь потомков Рюрика, особенно Шуйских, к Годунову росла.

Митрополит Дионисий, Шуйские, их друзья решили от имени всей России просить царя Федора, чтобы он развелся с бесплодной супругой, отпустив ее, и взял бы другую, чтобы иметь наследника. Выбрали, как пишут, и невесту: сестру князя Федора Мстиславского, отец которого, низверженный Годуновым, умер в Кириллово-Белозерской обители в 1586 г. Написали грамоту и утвердили ее целованием креста.

Но Борис, имея множество преданных ему людей, узнал об этом заговоре. Без гнева, без укоризны он пытался усовестить митрополита. Дионисий извинился, дал слово не разлучать супругов. Годунов обещал не мстить виновникам заговора. Несчастную княжну Мстиславскую, как опасную соперницу Ирины, постригли в монахини.

Годунов пользовался и низкими средствами для достижения своих целей. Однажды слуга Шуйских пришел во дворец и сообщил, что его господа в заговоре с московскими купцами и думают изменить царю. Шуйских взяли под стражу. Были взяты также князья Татевы, Урусовы, Колычевы и другие. Собрался суд, допрашивали обвиняемых и свидетелей, но никто не подтвердил клеветы доносчика. Однако суд не оправдал подозреваемых. Шуйских удалили, князя, боярина Андрея Иоанновича, главного виновника, сослали в Каргополь, князя Иоанна Петровича — в Белоозеро, у князя Василия Федоровича Скопина-Шуйского (старшего в роду) отняли наместничество и не разрешили жить в Москве. Других виновников сослали в Буйгород, Галич, Шую, Вологду, Нижний Новгород, Сибирь. Семи купцам, участвовавшим в заговоре против Ирины Годуновой, на площади отсекли головы. Пока еще не трогали митрополита, но он не захотел быть робким зрителем происходящих событий. Митрополит перед лицом царя назвал Годунова клеветником, тираном, доказывая, что Шуйские и его товарищи невиновны. То же самое говорил и архиепископ Крутицкий Варлаам. Вскоре Дионисия заточили в Хутынский монастырь, а Варлаама — в Новгородский. Борис дал указание удавить двух главных Шуйских — Андрея Иоанновича и знаменитого князя Иоанна Петровича. Так погиб герой Пскова, которого знала вся Европа.

С этого времени начались злодейства Бориса Годунова. Смирив двор опалой Шуйских, духовенство — свержением митрополита, а граждан столицы — казнью знатных московских гостей, окружив царя и заняв Думу своими близкими родственниками, Годунов уже не видел никакого сопротивления, никакой для себя опасности до конца жизни царя Федора.

Современники царя так описывают его быт. Федор вставал обычно в четыре часа утра и ждал духовника в спальне, полной икон, освещенной днем и мочью лампадами. После встречи с духовником, он шел к жене Ирине. В девять часов утра Федор слушал литургию, в одиннадцать — обедал, после обеда спал не менее трех часов, затем снова шел в церковь к вечерне. Все остальное время до ужина царь проводил с супругой, шутами и карликами, развлекаясь их кривляниями или слушая песни. Иногда Федор любовался работой своих ювелиров, золотарей, живописцев. Вечером, готовясь ко сну, он опять молился. В праздничные дни царь забавлялся медвежьей травлей.

Внутренне радуясь полному бездействию царя, хитрый Годунов постоянно старался возвысить Ирину в глазах россиян, одним ее державным именем, без Федора, издавая милостивые указы, прощая или жалуя людей.

12 декабря 1586 г. скончался Стефан Баторий — один из знаменитейших венценосцев мира того времени и опаснейший противник правителей России.

Из Литвы и Польши пришли слухи, что вельможные паны хотят избрать себе нового государя и что претендентами на это место могут выдвинуть шведского королевича Сигизмунда (племянника вдовы Стефана Батория) и царя России Федора Иоанновича. Послом из Москвы в Литву был послан Елизарий Ржевский. Паны ответили Федору, что их государь будет избираться сеймом. Между тем Польша и Литва были в сильном волнении. Страсти кипели. Для участия в сейме из Москвы выехали два знатных боярина — Степан Годунов и князь Федор Троекуров, а также известный дьяк Василий Щелкалов. С ними было отправлено 48 писем польским и литовским вельможам, но дары посланы не были. Нет сомнения, что Федор, подобно отцу и деду, искренне хотел королевского сана, чтобы соединить вечно враждующие державы узами братства, предлагая польскому сейму выгодные условия.

12 июля 1587 г. русское посольство было остановлено в селе Окунево, в 15 верстах от Варшавы. От имени польского сейма им сообщили, что в столицу въезжать опасно. Так называемое рыцарское коло (место шумных совещаний) представляло иногда зрелище битвы: вооруженные толпы стреляли друг в друга. Наконец благоразумно условились прекратить междоусобицу и выставить в поле в соответствии с числом претендентов три знамени: российское, цесарское (эрцгерцога Максимилиана, брата германского императора-цесаря) и шведское, чтобы видеть под каждым число избирателей и тем решить большинство голосов. Знаменем Федора была московская шапка, австрийским — немецкая шляпа, шведским — сельдь. Российское знамя одержало верх. Под него стеклось самое большое число людей. Но это блестящее торжество российской стороны оказалось бесплодным, когда дело дошло до условий.

4 августа духовенство, сенаторы, дворянство Польши и Литвы с великой честью приняли российских послов — Годунова и Троекурова. Выслушав условия царя Федора, назначили 15 вельмож для выработки приемлемых решений. Однако поляки и литовцы поставили ряд невыполнимых условий.

Они хотели, например, чтобы россияне приняли католическую веру, чтобы в титуле русского царя Польское королевство стояло выше Московского. Русские послы вынуждены были прекратить переговоры. Они хотели, по крайней мере, заключить мир, но также не могли согласиться с его условиями: Литва, например, требовала возврата ей Смоленска и Северской земли. В свою очередь и послы Федора были неуступчивы — они требовали Дерпт. Но на этом переговоры не закончились. Вторично послы съехались в Каменце. Снова шли бесконечные и бессмысленные торги. К тому же Федор не хотел искать милости у Папы и манить его лживым обещанием смены веры, не хотел он и венчаться на королевство в Польше.

Пока шли дипломатические переговоры, Замойский мечом и золотом вдовствующей королевы Анны завоевал престол 21-летнему Сигизмунду из шведской королевской династии Ваза. Российские послы преуспели только в одном: с Польшей было заключено на 15 лет перемирие без всяких уступок и выгод. 16 декабря 1587 г. Сигизмунд III Ваза был коронован в Кракове на польский престол. Царь Федор выразил досаду не за отвержение его условий в сейме, а за избрание этого короля, так как тесная связь шведской и польской держав усиливала двух неприятелей России.

Активизировали свои действия крымские татары во главе с ханом Казы-Гиреем (Ислам-Гирей умер в 1588 г.). Новый хан искал богатой добычи. Театром убийств и пожарищ надлежало выбрать Литву или Россию. Хан предпочел Литву. В конце 1589 г. Казы-Гирей известил Федора о сожжении татарами многих литовских городов и сел. Русский царь выслал Казы-Гирею подарки, однако на берегах Оки держал сильное войско.

В 1589 г. Годунов ввел в России патриаршество. В Москву приехал патриарх Константинопольский Иеремей, который встретился с царем Федором и Годуновым. Первым патриархом в России стал Иов. Тогда же было решено назначить четырех митрополитов (в Новгороде, Казани, Ростове и Крутицах), шесть архиепископов (в Вологде, Суздале, Нижнем Новгороде, Смоленске, Рязани, Твери) и семь епископов (в Пскове, Ржеве, Устюге, Белоозере, Коломне, Северске, Дмитрове). Получив дары, патриарх Иеремей уехал на родину. Таким образом, устроив управление в церковных делах, Годунов, несомненно, искал опоры власти в духовенстве.

В 1590 г. заканчивался срок мирного договора со Швецией. Это заставило русского царя пересмотреть свою политику по отношению к Швеции, которая владела значительной территорией, ранее принадлежавшей Руси.

Швеции была объявлена война. Россияне собрали 300-тысячное войско. Годунов хотел отличиться и в ратном деле. На коня был посажен Федор Иоаннович (так хотел Годунов). Князь Федор Мстиславский, знатнейший из родовых вельмож, начальствовал в Большом полку, князь Дмитрий Хворостинин — в Передовом. Борис Годунов и Федор Романов-Юрьев (будущий митрополит Филарет) находились при царе и поэтому их называли дворовыми или ближними воеводами. Царица Ирина ехала за супругом до Новгорода.

Одни полки пошли «воевать» Финляндию, другие — Ливонию. Основные силы направились к Нарве. В январе 1590 г. был взят г. Ям. Князь Хворостинин разбил 20-тысячное войско шведов и «втоптал» их в Нарву. Город был переполнен людьми, запасов было немного. Главный шведский воевода Банер, оставив в крепости необходимое число воинов, ночью ушел к Везенбергу. За ним вдогонку сразу же устремилась русская конница. Шведы бросили обоз, пушки. В плен были взяты многие знатные чиновники. 4 февраля 1591 г. россияне окружили Нарву. Одновременно они беспрепятственно опустошили Эстонию (до Ревеля) и Финляндию (до Або). Шведский король Иоанн III имел больше мудрости, чем силы. Начались переговоры. Русские требовали Нарву и всю Эстонию. Но шведы уступили России только Ивангород и Копорье. Заключили перемирие на год и условились: судьбу Эстонии решить на будущей встрече послов. Царь Федор спешил возвратиться к супруге Ирине в Новгород, а затем в Москву.

Вскоре король Швеции Иоанн III упрекнул своего военачальника Горна в малодушии и объявил, что подписанный им договор не имеет силы. Шведы снова запросили у русских города Ям, Ивангород и Копорье. Об Эстонии речи не шло. Но даже шведские воины не хотели воевать, возмущались действиями короля и кричали: «Не хотим кровопролития!». Воспользовавшись этой ситуацией, русская дипломатия усилила нажим на шведов, в результате чего к России перешла Карелия. Когда послы разъехались, шведский генерал Бое в ту же ночь осадил Новгород, но мужественный воевода города Иоанн Сабуров в смелой вылазке наголову разбил шведов.

Воюя со Швецией, русский царь желал соблюсти мир с Литвой. Между тем 600 литовских казаков разбойничали в южных пределах России. Они сожгли город Воронеж. В январе 1591 г. Россия и Литва договорились о перемирии.

Закончив войны, Россия наслаждалась миром, но в душе ее фактического правителя Бориса Годунова мира не было. В это время его авторитет у россиян и во многих европейских державах был очень высоким. Стремясь возвеличиться и думая о своем будущем, Борис не мог забыть о подрастающем царевиче Дмитрии. Борису предсказывали корону на семь лет. Он восклицал: «Хотя бы семь дней, но только царствовать!». Во всяком случае, он уже не таился от самого себя, знал, чего хочет. Ожидая смерти царя Федора, располагая волей царицы, наполнив Думу, двор, приказы родственниками и друзьями, Годунов, примеряясь к царской короне, не сомневался и в преданности патриарха. Он хотел быть родоначальником новой царской династии и уже был близок к этому. Гибель Дмитрия была неизбежной.

Сначала Годунов хотел объявить Дмитрия незаконнорожденным, но передумал, так как не было для этого достаточных оснований. Тогда распустили слухи, что шести- или семилетий сын Иоанна IV имеет характер отца. Якобы Дмитрий любит кровь и муки, но многие утверждали, что Дмитрий рос умным и благородным ребенком.

Историки до сих пор делятся на тех, кто считает Бориса Годунова организатором убийства царевича Дмитрия, и тех, кто связывает его гибель с несчастным случаем. Изложим версию о том, как Годунов изводил и погубил царевича. По наущению Годунова, как повествует источник, мамка царевича боярыня Василиса Волохова и ее сын Осип дали Дмитрию яд, но он не подействовал на мальчика. Предлагали погубить царевича дворянам Владимиру Загряжскому и Никифору Чепчугову, но те отказались. Нашли «надежного» человека — дьяка Михаила Битяговского, который, осыпанный золотом Годунова, уехал в Углич. Вместе с Битяговским прибыли туда его сын Данила и племянник Никита Качалов. Успех казался легким, но за сыном неустанно смотрела мать, Мария Нагая. Она сама его кормила, ходила с ним на прогулки.

Настал трагический день 15 мая 1591 г. К вечеру, в шестом часу, царица с сыном возвратилась из храма и собиралась обедать. Ее братьев во дворе не было, слуги носили кушанья. В это время Волохова позвала Дмитрия гулять во двор. Царица, думая идти с ним же, в каком-то рассеянии на минуту остановилась. Кормилица пыталась удержать царевича, сама не зная для чего, но мамка силой вывела его из горницы в сени к нижнему крыльцу. Там их встретили Осип Волохов, Данила Битяговский и Никита Качалов. Осип, взяв Дмитрия за руку, сказал: «Государь, у тебя новое ожерелье?». Тот с невинной улыбкой поднял голову и ответил: «Нет, старое». И в этот момент над царевичем блеснул нож убийцы, который, едва коснувшись гортани Дмитрия, выпал из рук Волохова.

Закричав от ужаса, кормилица обняла своего державного питомца. Волохов убежал, но Данила Битяговский и Качалов вырвали раненого царевича, убили его и бросились прочь с лестницы. Именно в этот момент из сеней на крыльцо вышла царица Мария, а девятилетний мученик уже лежал окровавленный в объятиях той, которая воспитала и пыталась защитить его своей грудью. Дмитрий скончался, не услышав даже крика отчаяния матери.

Через минуту город стал неузнаваем. Бил набат. Улицы заполнились народом. Все увидели мертвого царевича, а возле него мать и кормилицу —  обе были без памяти. Но имя убийц уже было названо. Они не успели или не хотели скрываться и закрылись в одном из домов. Тогда к толпе вышел главарь убийц Михаил Битяговский. Он пытался доказать народу, что якобы произошел несчастный случай и Дмитрий сам убил себя ножом «в падучей болезни». «Душегубец!» — завопила толпа. Камни посыпались в убийцу Данилу Битяговского, который искал убежища в доме с одним из соучастников злодейства Данилой Третьяковым. Народ схватил и убил их. Были убиты также Михаил Битяговский и Никита Качалов. Третий убийца, Осип Волохов, был схвачен и приведен в церковь Спаса, где уже стоял гроб Дмитрия. На глазах царицы Осипа умертвили. Убили также трех слуг Михаила Битяговского. Мамку оставили в живых для дачи показаний, а убийц похоронили без церковного отпевания.

Из Углича к царю послали гонца, но он был перехвачен людьми Годунова. Грамоту взяли и переписали, сказав в ней, что царевич в судорожном припадке заколол себя ножом из-за «небрежности» Нагих, которые якобы оклеветали дьяка Битяговского и его ближних в убийстве царевича. С этим подлогом Годунов и поспешил к Федору.

Царь горько плакал, но всему поверил. В Углич для разбора дела были посланы Андрей Клешнин (помощник в злодействе) и князь Василий Иоаннович Шуйский, брат которого был убит Годуновым. Прибыв в Углич, Шуйский и Клешнин осмотрели убитого царевича, собрали духовенство и граждан. Шуйский спросил: «Каким образом Дмитрий от небрежности Нагих заколол сам себя?». Ему назвали истинных убийц. Тогда допросы начали проводить тайно. После был составлен отчет-заключение царю. Обвинили близких и родных Нагих, особенно Михаила, брата вдовствующей царицы. Всех обвиняемых привезли в Москву, снова допрашивали. Бывшую царицу без ее воли постригли в монахини и отвезли в вологодские земли, на Выксу (близ Череповца). Человек 200 горожан Углича были казнены, многих заточили в темницу. Убийц перезахоронили по церковному обряду.

Но среди безмолвия двора и церкви все же был слышен ропот. Вскоре он затих, так как в Москве случился большой пожар, отвлекший мысли горожан от этого несчастья. Годунов проявил большую милость. Он раздавал горожанам деньги, строил новые дома. Москвитяне вновь начали ревностно славить Годунова.

Вскоре второе событие отвлекло столичных жителей от убийства Дмитрия.  26 июня 1591 г. в Москву пришло известие, что крымский хан Казы-Гирей опустошает Россию и идет на Москву. И действительно, 150-тысячное войско татар шло к Туле. Главное войско русских стояло в Новгороде и Пскове. В Москве объявили тревогу. 3 июля хан перешел Оку и направился прямо к столице. К русским войскам выехали царь Федор и Годунов.

Казы-Гирей встал в селе Коломенском. Вскоре войска сошлись в бою. Горожане наблюдали битву со стен Кремля. Бились целый день. За час до рассвета татары отступили. Русские преследовали войска хана. У Оки было взято в плен более тысячи татар, а в Крым возвратилось не более одной трети татарского войска. Этот поход для крымского хана оказался самым неудачным.

Царь вручил награды победителям. Борису с царского плеча была жалована шуба с золотыми пуговицами в 1000 рублей. Ему же были подарены города и новый титул — «слуга царя». Но торжество Бориса окончилось для россиян пытками и казнями, когда заговорили, что Годунов привел татар в Россию специально, чтобы «унять вопль России о жалостном убиении Дмитрия».

Внезапно по всей Руси разнеслась весть, что жена царя Ирина беременна. Через несколько месяцев царица родила дочь Феодосию, которую крестили 14 июля 1592 г. Опять пошли слухи, что у Ирины якобы родился сын, а Годунов подменил его девочкой. Но на следующий год, ко всеобщему сожалению, Феодосия умерла. И снова подозрения пали на Бориса.

Во внешней политике Федор мог бы гордиться успехами, достигнутыми за годы его правления. Надеясь на крымских татар, шведский король Иоанн III отверг перемирие, и его генерал Мориц Грип вступил в Новгородскую землю. Однако вскоре шведы отступили.

Летом 1591 г. шведы снова появились на русской земле, поддерживая татар, которые разоряли южные области России. Шведами был взят г. Сумской острог на Белом море. Для отражения неприятельских сил из Москвы на север была послана дружина стрельцов во главе с братьями Андреем и Григорием Волконскими. В 1592 г. русские войска выжгли некоторые селения и города Финляндии, взяв несколько тысяч пленных. Шведы не отважились на битву: сидели только в Выборге и Або. В феврале 1593 г. войска россиян возвратились в столицу. Видя, что татары — плохие союзники, шведский король в конце жизни искренне стал желать мира. На два года Россия и Швеция заключили перемирие, а в 1595 г. между ними в Тявзине был заключен «вечный мир». России были возвращены города Ям, Копорье, Ивангород, Орешек, Ниеншанц. 25 ноября 1592 г. шведский король Иоанн III умер, и престол наследовал его сын, польский король Снгизмунд III Ваза, который ненадолго (до 1599 г.) объединил Швецию и Польшу в одно государство. Но Сигизмунд, поддерживая во всем поляков и литовцев, унижал достоинство шведов. Он хотел, чтобы шведский народ отказался от протестантской религии и вернулся в католическую, но народ негодовал, и Сигизмунд вынужден был бежать из Стокгольма.

Обескровленный походом на Россию, крымский хан снова стал собирать войска, чтобы восстановить свое имя и честь перед султаном. Желая усыпить бдительность Федора, Казы-Гирей писал царю ласковые письма, но одновременно татары опустошали Рязанскую и Тульскую земли. Их отряды промышляли также под Каширой. России вновь был нанесен существенный ущерб.

Федор Иоаннович попытался установить белее тесные отношения с Турцией, но видя, что крымского хана с помощью Турции обуздать не удастся, русские начали усиленно строить города-крепости. Восстановили древний Курск, обновили Ливны, Кромы, Воронеж, построили Белгород, Оскол, Валуйку. Хан, по договоренности с султаном, запросил у России мир. В ноябре 1592 г. послы съехались под Ливнами, и после этого татары почти три года не беспокоили русские границы.

В 1595 г. Федор объявил себя владыкой многолюдной Киргизской (Казахской) Орды. Это произошло по обоюдному согласию царя Федора и казахского хана Тевкеля (Тевеккеля). Причем казахи приняли российское подданство добровольно, без всякого насилия.

Русские крестьяне искони имели в стране гражданскую свободу, но без недвижимой собственности. Крестьянин мог свободно переходить с места на место в назначенный законом срок с условием обрабатывать часть земли для себя, другую для господина. В 1592 и 1593 гг. были приняты указы, которые уничтожили право свободного перехода крестьян из волости в волость, из села в село и навеки закрепили их за своими господами. В 1597 г. вышел указ царя, в котором предусматривалось, что беглые крестьяне при их поимке в течение пяти лет любым путем должны быть возвращены своим хозяевам вместе с женами, детьми и имуществом.

Чтобы защитить запад России от внешних врагов, Годунов в 1596 г. приказал построить каменную крепость в Смоленске. Строительство этой крепости закончилось в 1600 г.

При правлении Федора Москва украшалась новыми сооружениями. Обновился весь Китай-город, так как старые постройки в 1595 г. уничтожил пожар, когда Москву попытались поджечь из-за корысти. Князь Василий Щепин-Ростовский и другие, запалив несколько домов, хотели расхитить богатую казну, хранившуюся в Покровском соборе. Воры были пойманы и казнены у Лобного места.

Пережив всех грозных правителей на Руси, каким-то чудом еще оставался один удельный великий князь в Твери — Симеон Беркулатович, известный тем, что во времена опричнины был объявлен Иоанном Грозным «великим князем». Симеон, по указанию Годунова, был ослеплен, так как Борису показалось, что ему из Твери прислали отравленное вино.

Сам Федор Иоаннович, и в цветущей юности не имевший иной мысли, кроме как о спасении души, в конце жизни еще меньше заботился о мирской жизни и о своем царстве. Царь Федор ходил и ездил из обители в обитель, приглашая греческих высших священнослужителей в Москву, и много молился. В конце 1597 г. Федор тяжело заболел. 6 января 1598 г. открылись явные признаки близкой смерти. Царь постепенно лишился зрения и слуха, он постоянно обращал свой угасающий взор на Годунова. Бояре безмолвствовали. Народ любил Федора как последнего царя крови Рюрика и Владимира Мономаха. Перед смертью Федор написал духовную грамоту, в которой указывал, чтобы держава перешла в руки Ирины. Главными советниками трона были назначены двое — патриарх Иов и шурин царя Борис Годунов.

Перед смертью Федор беседовал с Ириной наедине. Содержание этой беседы осталось неизвестным. 7 января 1598 г. в час дня Федор испустил дух, без судорог и трепета, незаметно, как бы заснул тихо и сладко...