К 1996 году в УКБТМ в рамках модернизации ИМР-2 и ИМР-2М были созданы инженерные машины разграждения ИМР-3 и ИМР-3 М. Обе машины созданы на базе танка Т-90. ИМР-3 предназначена для обеспечения продвижения войск и выполнения инженерных работ в зонах с высокими уровнями радиоактивного заражения местности, ИМР-ЗМ — для обеспечения продвижения войск, в том числе и на радиоактивно зараженной местности.

Разное назначение машин обусловило основное и единственное различие между ними по конструкции и характеристикам. ИМР-3 имеет повышенную защиту экипажа и внутреннего оборудования от проникающей радиации ядерного взрыва и гамма-излучения радиоактивно зараженной местности (кратность ослабления гамма-излучения в местах расположения членов экипажа — 120), что компенсируется пониженной броневой защитой корпуса (рубки механика-водителя) и башни. ИМР-ЗМ имеет достаточную бронезащиту корпуса и башни, но пониженную защиту экипажа и внутреннего оборудования от проникающей радиации (кратность ослабления гамма-излучения в местах расположения членов экипажа — 80). По составу же оборудования и тактико-техническим характеристикам обе машины идентичны.

Машина имеет массу 50,8 т и экипаж из двух человек (командир-оператор и механик-водитель). В верхней части башни на люке командира-оператора смонтирована закрытая дистанционно управляемая зенитно-пулеметная установка с 12,7-мм пулеметом НСВТ-12,7 или КОРД. Она позволяет обезвреживать видимые, лежащие на поверхности грунта или снега, мины. При этом точность прицельного поражения их настолько высока, что опытный командир-оператор одной пулей может выбить взрыватель, а очередью из 3–5 пуль разрушить мину.