Пётр I был верующим человеком. Он охотно стоял службы и пел в церквях, знал наизусть «все часы и обедню». Именно поэтому одним из первых шагов при строительстве Санктпитербурха стало возведение в 1703–1704 гг. деревянной церкви Святых Петра и Павла на Заячьем острове. Позднее церковь разобрали и перенесли в Солдатскую слободу на Петербургской стороне. На ее месте в 1712–1733 гг. был возведен грандиозный Петропавловский собор по проекту архитектора Д. Трезини. Царю хотелось, чтобы высота шпиля превышала высоту самого высокого сооружения Москвы – колокольни Ивана Великого. Шпиль должен был символизировать положение новой столицы в созидаемом Петром государстве.

Являясь покровителем православных христиан, царь был чрезвычайно терпим к другим религиозным конфессиям: «Пётр Великий, устремляя в Амстердаме проницательное свое внимание на все, между прочим приметил и то, что там жили люди почти всех исповеданий веры, какие только есть в мире, и сколь мнения их, касающиеся до религии, ни были различны, однако ж все они имели публичные свои церкви или домы собрания, в которых отправляли свое богослужение. Российский монарх посетил большую часть сих различных церквей из любопытства, желая узнать образ их богослужения. Паче всего нравилось государю миролюбие, с каким жили в одном месте люди столь многих разных исповеданий без всяких споров не только на письме, но даже и в разговорах между собою. Некогда говорил он о сем с одним из голландских правителей и узнал от него, что Амстердам есть место, открытое всем нациям для торговли, где всякому позволено свободное отправление своего богослужения, если оно не мешается в собственные их касающияся до религии дела и не нарушает спокойствие людей иного исповедания, ибо правительство не имеет нужды заботиться о том, чему верят иностранные жители или каким образом отправляют они богослужение, если только они не преступают законов той земли, в которой живут. Государь <…> хвалил сие учреждение и сказал, что намерен то же учинить в новом своем городе Петербурге. И в самом деле он исполнил сие, не только позволивши иноверцам всякого христианского исповедания строить там церкви свои в назначенных местах и отправлять публичное богослужение, но и давши им свободу избирать собственный свой церковный совет, который бы по законам и обычаям своего исповедания решал брачные и церковные дела, случающиеся между ими, не завися ни от Правительствующего Синода, ни от какого-либо другого Суда или какой-либо коллегии».

Именно поэтому практически одновременно с церковью Петра и Павла в новой фортеции была возведена лютеранская церковь Св. Анны. Деревянное здание построили в 1704 году на территории Петропавловской крепости. Позже она была перенесена к Мытному двору на Городовой остров. В 1720-х годах церковь еще раз «подвинули», на сей раз к Пятой Линии Литейной части (современная Кирочная улица), где в то время проживало много лютеран, в основном служащих Литейного двора. Возле Адмиралтейства находилась домовая церковь протестантов (которая в 1708 году была перестроена в Петрикирхе). Так Петербург стал первым городом, где восторжествовал дух веротерпимости.

В апреле 1709 года последовал царский указ о сооружении на Петербургской стороне новой церкви; в этом же году, вероятно, началось строительство. Собор был освящен 10 июля 1711 года. Находясь в тогдашнем центре столицы, Троицкая церковь некоторое время считалась кафедральной. Через два года после освящения храм расширили приделами и трапезной, над которой возвышалась двухъярусная колокольня с курантами, снятыми с московской Сухаревой башни, которые каждые четверть часа играли «Господи, помилуй». Именно в Троицкой церкви в 1721 году Пётр принял титул императора. Здесь хранилось знамя, которое сопровождало государя в Азовских походах.

С Троицкой церковью связана одна анекдотическая история. Пётр узнал, что здесь замироточила икона. Он приказал доставить икону себе во дворец. «Его Величество скоро нашел в глазах у образа весьма малые и почти совсем неприметные дырочки, которые наведенная в том месте тень делала еще неприметнее. Он, оборотивши доску, отодрал оклад, и выломивши переклад или связь, какая обыкновенно бывает у образов на другой стороне, к удовольствию своему увидел справедливость своей догадки и открыл обман и источник слез; а именно: в доске против глаз у образа сделаны были ямки, в которых положено было несколько густого деревянного масла, и которые закрывались задним перекладом. „Вот источник чудесных слез!“ – сказал Государь. Каждый из присутствующих должен был подойти видеть своими глазами сей хитрый обман.

Потом мудрый Монарх толковал окружавшим его, как отовсюду закрытое сгустившееся масло в холодном месте могло столь долго держаться, и как оно в помянутые дырочки в глазах у образа вытекало наподобие слез, растаявши от теплоты, когда то место, против которого оно лежало, нагревалось от свеч, зажигаемых перед образом».

Эта история породила легенду, по которой Пётр однажды издал указ следующего содержания: «Владыки святые! Приказываю, чтобы Богородицы отныне не плакали. А если Богородица еще хотя бы раз заплачет лампадным маслом, то зады у попов заплачут кровью».

На Адмиралтейской части одной из первых, в 1706 году, была построена деревянная церковь Св. Исаакия Далматского (выбор святого был обусловлен тем, что день его памяти совпадает с днем рождения Петра I). Пётр отдал приказание найти подходящее помещение для будущей церкви. Было выбрано здание большого чертежного амбара, расположенного с западной стороны Адмиралтейства на расстоянии 15–20 м от Адмиралтейского канала и в 40–50 м от берега Невы. Получился сруб из круглых бревен длиной до 18 м, шириной 9 м и высотой до крыши 4–4,5 м. Внешние стены были обиты горизонтальными досками шириной до 20 см.

В этой скромной церквушке 19 февраля 1712 года венчались Пётр I и Екатерина Алексеевна. Вот что было написано в походном журнале в этот день: «В наступившем году, уже не представлявшем ожидания невзгод, Пётр I обвенчался с Екатериной Алексеевной 19-го, во вторник, на всеядной неделе. Венчание его величества совершено утром в Исаакиевском соборе. В 10 часов утра высокобрачные при залпах с бастионов Петропавловской и Адмиралтейской крепости вступили в свой зимний дом».

В 1717 году на месте прежней Исаакиевской церкви начала возводиться другая, каменная, по проекту Маттарнови. Она была окончена только в 1727 году. В честь Полтавской виктории, одержанной 27 июня 1709 года – в день Св. Сампсония, – в 1710 году на Выборгской стороне была заложена Сампсониевская церковь.

В 1721 году на территории Партикулярной верфи была возведена мазанковая Пантелеймоновская церковь, в честь побед в морских сражениях при Гангуте (1714 г.) и Гренгаме (1720 г.). Оба сражения были выиграны в день св. Пантелеймона – 27 июля. По всему городу шло возведение полковых и слободских церквей.

Пётр еще в 1704 году высказывал идею основать в Петербурге монастырь. В 1710 году, 13 июня, был взят Выборг, и таким образом была достигнута безопасность столицы со стороны ближайших границ. После этого государь, будучи в Петербурге, в июле 1710 года «осматривал место, где быть строениям». Тогда и указано было «непременно на том месте быть Монастырю». Определено было именовать монастырь «Живоначальныя Троицы и Святого благоверного Великого князя Александра Невского» и быть по правую сторону Черной речки. Пётр выбрал это место потому, что ошибочно посчитал его местом сражения князя Александра Невского со шведами в 1240 году.

20 февраля 1712 года Пётр Первый приказал объявить архимандриту Феодосию (Яновскому), «дабы начинал на осмотренном месте строить монастырь». Тогда же даны были и средства для постройки – именно к будущему Петербургскому монастырю был приписан богатый Иверский монастырь со всеми вотчинами и доходами. Кроме того, на построение и содержание в монастыре госпиталя к нему была приписана половина монастырских вотчин Олонецкого уезда. Крестьяне освобождались на 3 года от податей и подводной повинности. Точная дата начала работ скоро была утрачена из памяти. Справка из Канцелярии Невского монастыря, данная в 1723 году, устанавливает дату начала работ уже на основании изысканий в документах и относит ее к середине июня: «деревянное строение началось в 712-м году, а по уговору с плотниками значит июня 14-го дне». «В том же году заложена церковь деревянная на том месте, где водружен был крест и часовня стояла. В 1713 году оная церковь совершилась, и марта 25-го дня, при присутствии Царскаго Пресветлаго Величества с его высоким синклитом, во имя Благовещения Пресвятыя Девы Богородицы оная церковь освящена, и того дня Царское Пресветлое Величество, со всеми при нем обретающимися, в новом Монастыре изволил пировать». День 25 марта 1713 года, когда впервые в стенах обители совершена литургия, и является днем, с которого обитель должна считать начало своего бытия.

Пётр стремился сделать новый монастырь образцово-показательным примером новой русской церкви. Проект архитектурного комплекса был разработан два года спустя под руководством Доменико Трезини. Невский монастырь виделся Трезини как симметричный ансамбль каменных строений, занимающих участок между Невой и Черной речкой.

25 октября 1721 года открыли школу для детей священнослужителей. «По содержанию Его Императорского Величества указов и Духовного регламента» указано было «учредить во общую пользу при Александро-Невском монастыре для учения юных детей чтения и писания Славянскую школу, в которой, как того монастыря служительских детей, так и сирот, не имеющих родителей и своего пропитания, и посторонних, кто кого отдать похочет, принимая от 5-и до 13-и лет, – учить Славенского чтения и писания по новопечатным Букварям, и потом и грамматике». Главным учебным пособием был «Букварь или начальное учение отроком» Феофана Прокоповича.

В 1724 году сюда с великими почестями перевезли прах Александра Невского, рака которого стала одной из святынь парадиза. Во всех церквях Петербурга священники были обязаны читать проповеди в защиту строительства новой столицы. Также для того, чтобы защитить людей от «лихоимства», с 1720 года по велению царя в церквях стали зачитывать указы Сената и Камер-коллегии о сборе податей.

Пётр стремился сделать Петербург символом нового, синодального периода существования православной церкви. Как и во всех других случаях, он стремился регламентировать жизнь духовенства до мелочей.

После 1714 года отставных солдат начали размещать при монастырях: после 25-летней службы многие теряли дома и семьи, многие становились инвалидами. Другие указы запрещали уходить в монастыри тем, кто бы полезен государству: лицам моложе 30 лет, женатым людям, сыновьям без разрешения родителей, солдатам без дозволения начальства, крестьянам без «отпускного письма» от помещика и т. д. Так именно с петровского времени монастыри начинают превращаться в приюты для одиноких старых солдат, инвалидов и убогих. Им отводились земли, «дабы сами себе хлеб промышляли».

Отношения царя с духовенством были напряженными – он заставил их давать присягу, превратив архиереев в государственных чиновников, переплавлял колокола на пушки, в 1721 году учредил Святейший Синод. Странное дело – окончательное юридическое слияние церкви и государства, свершившееся при Петре, привело к секуляризации государства и общества. Это сказалось на дальнейшем развитии петровской столицы. Роль церкви в жизни Петербурга, несмотря на всю свою значительность, так никогда и не стала определяющей. Петербуржец с первого дня был светским человеком.